2016年12月16日金曜日

装置(ほぼ)完成ーその後のその後

その後、装置は改良してかなり高速でも動くようになりました。あとは実戦投入の予定。これがマウスで見れればとりあえずOKですね。

2016年12月14日水曜日

2016年12月13日火曜日

今月の投稿一つ目

締め切りに追われていた原稿を一つ投稿したところ。うまく通るといいんですがね。

2016年12月7日水曜日

装置(ほぼ)完成ーその後

生理研の研究会に行ってきたんですが、面白かったですね。小規模でトークのレベルが高く、日本版のゴードンカンファレンスという感じでした。

作った装置は、やっぱりもっと高速で動かないと本当の意味ではもの足りない気がしてきました。 「普通の奴らの上を行け」ですね。

2016年11月30日水曜日

装置(ほぼ)完成

簡単な電気回路ですが、顕微鏡ソフトウェアからの制御もうまくいきそうです。

顕微鏡の性能が数倍に跳ね上がる、なんてことはないと思いますが、「持っていけ、そしてすぐに取り付けて試すんだ」とアムロの父ちゃんの気分ですね。

追記:実際にイメージングしたら思いのほかうまく動きました。これはいけそうです。

2016年11月28日月曜日

あそぶ!ゲーム展 ステージ2

川口市のSKIPシティで行われている「あそぶ!ゲーム展 ステージ2」に先日子供連れていったんですが、1980年代のアーケードゲームがプレイし放題で、超なつかしくてもう涙出そうになりました。

1980年代といえば、まだまだアーケードゲームと家庭用ゲーム機の性能差が大きかった頃ですね。展示してあったゲームの中でも、コナミの沙羅曼蛇(私は個人的にスクロール型シューティングゲームの最高峰だと思っています)、ナムコの源平討魔伝、セガのアウトラン、などは当時夢中で遊びました。

アーケードゲーム史上画期的だったゼビウスも、子供に爆弾ボタン連打させながら一緒にプレイしましたよ。浮遊要塞アンドアジェネシスも撃破しました。ゲームの開発に関する展示資料も開発者の思いが伝わってきて、なんだか胸熱でした。

2016年11月25日金曜日

外は大学祭

にぎやかですね。昨日は雪で大変だったと思いますが。

年末のNHK紅白歌合戦の出場歌手の発表がありましたが、どこの世界も同じようなものです。

2016年11月21日月曜日

SfN終わりました

帰りの飛行機でまだ見てなかった「シン・ゴジラ」見たんですが、リアルで面白かったです。理研でゴジラのサンプルの解析していたなんて知りませんでした。

あと「半沢直樹」最終回、取締役会での大和田常務の土下座シーンね。ひさびさに見ました。

ええと学会はですね、やっぱりSfNはいろんな意味でいろんなところにチャンスが転がっているもんだなと。ポスター発表もしたんですが、今まで参加した中では最も有意義な参加となりました。アメリカ時代のボスと同僚にあって旧交を温めることができたのもよかったです。今思えばやっぱアメリカは楽しかったなと。

それからinscopixを使った研究が増えていましたね。日本人に会って聞いても、みんな話題はinscopix。カルシウムイメージングは終末に近づいたという感じです。わたしは新しい研究ネタを探そうかと思っております。

2016年10月28日金曜日

2016年10月20日木曜日

論文の書き方

とりあえず手元にある原稿を全部出版するのが当面の目標なんですが、論文の書き方も以前よりは多少は上手になったかもしれません。「ただ書く」だけではなく「良く書く」とはどういうことか。今の職場が落ち着いて勉強できる環境というのが大きいですが、研究を支える知識の量が変わると、書き方はこんなにも変わるのだと。良い勉強になりました。

2016年10月6日木曜日

深部イメージングの極意4

これはすごい。今まで見たことがないものを見る、というのがイメージングの醍醐味というものです。

2016年9月25日日曜日

最近の読書

山崎拓『YKK秘録』。1990年代〜2000年代前半当時の社会情勢を思い出しながら読んで、なかなか面白かったです。

2016年9月7日水曜日

深部イメージングの極意3

ここまで深く見たことは今までないですね。土管から出てきたアベ首相のように地球の裏側まで達しちゃいそうです。あはは。

2016年8月30日火曜日

総説公開のお知らせ

和文総説「生きた脳のはたらきを細胞レベルで見るー海馬セルアセンブリ動態のin vivoイメージングー」が日本神経精神薬理学雑誌の2016年8月号に掲載されました。

2016年8月23日火曜日

2016年8月15日月曜日

S■AP騒動その後

今年の初めの解散騒動で揺れていた国民的人気グループが、ついに年末での解散を発表しました。

グループを解散しても事務所に残るというのが、私としてはちと??なのですが、(1人を除く残りの)メンバーはいずれは大手事務所から独立して、自分の目指す活動をしてほしいなと思っております。

2016年7月30日土曜日

inscopixと二光子、どちらがいいか?

私はinscopixが出るまえから行動マウスのイメージングをしていたこともあり、二光子派なんですが、二光子の良いところは画質が良い、イメージングに独自の工夫ができる、などでしょうか。欠点は、頭部固定である(これは良し悪しで、メカニズムの解明には自由行動より良いという考え方もあります)、持ち運びができない、といった点が挙げられます。inscopixの長所と短所は、マア上記の裏返しということになります。それから両方の欠点としては、高いというのがありますが、inscopixは買ったら行動動物のイメージングしかできませんが、二光子はレーザーと顕微鏡を別の用途に使ったり、サンプルもいろいろなものを見ることができたりと、こちらのほうが汎用性は高いです。

二光子を使っている人々は、もともとイメージングの方法論の開発から来た人が多く、inscopixを使っている人は、もともと特定の行動や脳部位の研究をしていた人が、「イメージングが簡単にできるようになったからやってみよう」的な人が多いような気がします。自由行動下のテトロード記録をしていた人々が、テトロードを埋め込む代わりにGRINレンズを埋め込んでイメージングすれば、同じ行動パラダイムを使って実験することができるので、そのような人々にとっては魅力的な技術となることでしょう。

私がinscopixを(少なくとも今のところ)あまり自分で使う気になれない理由は、なんというか、結局は一企業の製品の枠組みの中であれこれやっているに過ぎないと思うんですよね。 手術がうまくなって、きれいな画像がとれるようになったとしても、結局は自分で作った方法によるものではなくて、なんというか、パソコンの例で言えば「マイクロソフトExcelの名人です」みたいな、誰かが作った出来合いのものをうまく使えているに過ぎないとに思うんですよ。だから、上の例でいうと、私はExcelの名人になるよりは、Excelのようなものを作る側になりたい、ということだと思います。

2016年7月23日土曜日

Macで.aviファイルの動画を.mp4ファイルに変換する

一番簡単で確実なのはiMovieを使うことですね。世の中にたくさんあるファイル変換ソフトの類を使う必要はありません。
 
iMovieで.aviの動画を読み込んで、共有>ファイル>品質 高にすると、mp4で書き出してくれます。品質を最高にしてしまうと.movフォーマットになってしまうので注意が必要です。

2016年7月18日月曜日

牛は人間を押す

岩波文庫の『漱石書簡集』面白いですね。しばらく読書から遠ざかっていたのですが、久しぶりに良いものを読んだという気がしています。

2016年7月9日土曜日

論文公開のお知らせ

ウインドウ埋め込みによるマウス線条体のin vivoイメージングに関する主著論文がNeurobiology of Learning and Memory誌に公開されました。

In vivo two-photon imaging of striatal neuronal circuits in mice
Masaaki Sato†, Masako Kawano, Yuchio Yanagawa and Yasunori Hayashi (†corresponding author)
Neurobiology of Learning and Memory, in press, doi:10.1016/j.nlm.2016.07.006

2016年6月24日金曜日

なんとか・・・

いけそうな気がしてきました。
 読んでる人は何のことかわからないと思いますが。

2016年6月5日日曜日

円高が続けば・・・

最近急速に円高が進んでいます。このまましばらく円高が続くようであれば、この1-2年の円安で値上げをした業者は、ぜひ値下げをしてほしいものだと思っております。海外から輸入する試薬や機器などは、最近は本当に高くなってしまいました。

2016年6月3日金曜日

昔とったアレ

だいぶ以前にやった実験を久々に自分でしてみたら、意外といけるなと。自分の技術にちょっと自信がもてました。

2016年5月23日月曜日

カメレオン発見

コヒレントのChameleon Discovery、2波長出力なんですが、外から見ると形はダブルデッカーのようで、さしずめ「Maxやまびこ」というところでしょうか。


2016年5月21日土曜日

成功する論文投稿のために

以前は、論文を書くときにはresultsの内容と質が最も重要だと思っていたのですが、その後、アブストラクトとカバーレター(あと加えるならばイントロ)が重要という意見をある人から聞いて、なぜなのかなと思っておりました。

自分で書いて投稿することを繰り返すうちに、その理由がようやくわかってきた気がします。

2016年5月15日日曜日

名盤

小沢健二の「犬が吠えるがキャラバンは進む」は90年代の名盤ですね。最近、車の中でまた聴いていますが、当時の雰囲気を思い出します。

2016年5月13日金曜日

いい天気

昨日、今日といい天気が続いています。こんな爽やかな晴れの日は、カリフォルニアに住んでいた頃のことを思い出しますね。

ちなみに外が暑い季節になると、二光子顕微鏡の部屋は涼むのにもってこいです。たいていどこのラボでもレーザー保護のために23度くらいに設定されているので、冬は暖かく、夏は涼しい、これはまるで霧のないサンフランシスコです。

2016年5月11日水曜日

ふわふわのあれです

キャンパスはポプラの綿毛が大量に舞っております。この季節の風物詩ですかね。

2016年5月4日水曜日

GRINレンズの再利用法

私の場合、使用後に取り出したGRINレンズは、アセトンに一晩漬けて接着剤やデンタルセメントを除去したのち、ProteinaseK(0.5mg/ml in TE buffer)で37度でもう一晩処理して、埋め込んだ先端部に付着したタンパク性のゴミを除去しています。

ProK処理はgenotypingの組織の消化で使うものと同じ品質のものを使っています。ゴミが取れればいいので反応条件は(至適ではないが)最も簡便な条件を使っています。

クリーニング済みのGRINレンズは実体顕微鏡下でのぞきこんで、下に置いた文字などがキレイに映ることを確認して、再利用しています。

ちなみに、私の使っているGRINレンズはinscopixのものでも、Grintechのものでもありません。悪しからず。

2016年5月2日月曜日

とりあえず2・・・

論文を一つ、某誌に投稿したところ。
手元にある原稿を全て出版することを、今年の目標としております。

2016年4月20日水曜日

衝撃の結果

最近の解析結果をまとめていたのですが、すごいね、これ。私の想像を超えていました。

2016年4月16日土曜日

とりあえず・・・

二光子レーザー顕微鏡とバーチャルリアリティシステムの移設がほぼ完了しました。いちおう一通り動作はしそうですね。よかったです。

2016年3月11日金曜日

極私的ブレイクスルー7.0

前からこんなことがしてみたかった。一つ壁を越えたという感じですね。
これが本当ならスゴいです。

2016年2月27日土曜日

いよいよ

前半戦は無事終了。
後半も難関が待ち受けていますが、なんとかクリアしたいところ。
ちょっとずつ肩の荷が下りていくようです。


2016年2月6日土曜日

親子2代で...

土曜の夕方にNHKで放映している「サンダーバード ARE GO」、子供と一緒に見ていますが、やはり好きなメカはサンダーバード2号ですね。

我々の世代には昔の人形劇の方がなじみが深いですが、今のリメイク版でも、2号の出動のシーンで滑走路の脇のヤシの木がパタンと倒れるのが再現されているところなどは、思わず胸が熱くなります。

2016年2月5日金曜日

モード変換

締切が近づいてきた総説を書き始めたところ。12月、1月は実験中心でしたが、再びライティングモードに入ろうとしていることです。

2016年1月24日日曜日

自分が目指しているものが何なのか、少しづつわかり始めてきた気がしました。

2016年1月10日日曜日

講演のお知らせ

2016年1月23日(土)に名古屋大学鶴友会館で行われる第60回脳の医学・生物学研究会において、「生きた脳のはたらきを細胞レベルで見るー海馬セルアセンブリ動態のin vivoイメージング」と題する講演を行います。

2016年1月6日水曜日

InscopixのMosaicの使用感

nVistaというmicroendoscopeを販売しているInscopix社のカルシウムイメージングの解析ソフトウェアMosaicを使ってみました。

基本的にはMukamel et al, Neuron 2009の論文にあるPCA-ICA法による細胞の自動検出をGUIで行えるようにしたものです。matlabライセンスをもっていない人のためにmatlabを必要としないスタンドアローン版もあります。サンプルデータをダウンロードしてtutorialに沿って解析していけば、基本的な使い方は半日で学習できます。

Mukamelの論文当時のCellSortと呼ばれるソフトウェアのときもそうでしたが、サンプルデータはさすがにきれいに解析できるのですが、自分の実験のデータを解析するときには、うまく動くものとそうでないものを選ぶのかもしれません。データの時間的な長さによるのかもしれませんが、比較的同期性の高い複数の細胞が一つのフィルターに含まれてしまう場合があり、個人的にはこれを単一細胞にsegmentationするステップが欲しいところです(CellSortにはあった記憶があるのですが)。

microendoscopeで得られる画像は二光子イメージングで得られる画像よりもバックグラウンドが高く、蛍光強度の変化がないとどこに細胞があるのかわかりにくいのですが,、nVista+Mosaicを使った研究では、Mosaicでうまく分離できた(一部の)細胞だけ解析し、そうでない細胞は捨てるという使い方になるのかもしれません。その場合「ある反応選択性をもった細胞がそこに存在する」ということを示す場合はいいのですが、もう少し網羅的なマップを得ようと思った場合に、それでいいのかと、ちょっと不安を覚えるところはあります。

とはいえ、これまであまり画像データの解析をしたことがなかった人が最初に使ってみるものとしては良いのかもしれません。特に画像のダウンサンプリング/ビニングとか連結とかブレ補正とかは使い勝手がよく、PCA-ICAが自分のデータに合わない場合でも、この前処理の部分だけを使うのはありだと思います。