2013年8月27日火曜日

明日から班会議

明日から新学術領域「マイクロ精神病態」の班会議で名古屋出張です。

そろそろ私も自分専用のin vivo用の二光子レーザー顕微鏡を購入のことを具体的に考え始めようとしているところです。とりあえず機能を必要最低限のものに限定し、セットアップの労力と時間を惜しまなければ、限られた予算でもレーザー+顕微鏡を購入することは可能という感触を得ています。

予算的に買い直しがきかないものなので、どこまで自分で組むかは難しいところですね。本気でパーツから組むつもりならば、おそらく日本で一番安いin vivoカルシウムイメージング用顕微鏡を組むこともできるのではないかと思っています。


2013年8月22日木曜日

論文8/21/13

Nature Methods
Near-infrared fluorescent proteins for multicolor in vivo imaging
Daria M Shcherbakova and Vladislav V Verkhusha

Neuron
Cellular and Synaptic Architecture of Multisensory Integration in the Mouse Neocortex
Umberto Olcese, Giuliano Iurilli, Paolo Medini

Evidence for Hubs in Human Functional Brain Networks
Jonathan D. Power, Bradley L. Schlaggar, Christina N. Lessov-Schlaggar, Steven E. Petersen

Nature Neuroscience
Impaired hippocampal rate coding after lesions of the lateral entorhinal cortex
Li Lu, Jill K Leutgeb, Albert Tsao, Espen J Henriksen, Stefan Leutgeb, Carol A Barnes, Menno P Witter, May-Britt Moser & Edvard I Moser 

Nature
Ultrasensitive fluorescent proteins for imaging neuronal activity
Tsai-Wen Chen, Trevor J. Wardill, Yi Sun, Stefan R. Pulver, Sabine L. Renninger, Amy Baohan, Eric R. Schreiter, Rex A. Kerr, Michael B. Orger, Vivek Jayaraman, Loren L. Looger, Karel Svoboda & Douglas S. Kim

Connectomic reconstruction of the inner plexiform layer in the mouse retina
Moritz Helmstaedter, Kevin L. Briggman, Srinivas C. Turaga, Viren Jain, H. Sebastian Seung  & Winfried Denk

2013年8月16日金曜日

論文8/16/13

Cell
Genetically Targeted Optical Electrophysiology in Intact Neural Circuits
Guan Cao, Jelena Platisa, Vincent A. Pieribone, Davide Raccuglia, Michael Kunst, Michael N. Nitabach

Spatial and Temporal Mapping of De Novo Mutations in Schizophrenia to a Fetal Prefrontal Cortical Network
Suleyman Gulsuner, Tom Walsh, Amanda C. Watts, Ming K. Lee, Anne M. Thornton, Silvia Casadei, Caitlin Rippey, Hashem Shahin, Consortium on the Genetics of Schizophrenia (COGS), PAARTNERS Study Group, Vishwajit L. Nimgaonkar, Rodney C.P. Go, Robert M. Savage, Neal R. Swerdlow, Raquel E. Gur, David L. Braff, Mary-Claire King, Jon M. McClellan

Genetic and Neural Mechanisms that Inhibit Drosophila from Mating with Other Species
Pu Fan, Devanand S. Manoli, Osama M. Ahmed, Yi Chen, Neha Agarwal, Sara Kwong, Allen G. Cai, Jeffrey Neitz, Adam Renslo, Bruce S. Baker, Nirao M. Shah

PNAS
Encoded multisite two-photon microscopyMathieu Ducros, Yannick Goulam Houssen, Jonathan Bradley, Vincent de Sars, and Serge Charpak


J. Neurophys. 
Two-Photon Processor and SeNeCA: a freely available software package to process data from two-photon calcium imaging at speeds down to several milliseconds per frame Jakub Tomek, Ondrej Novak, and Josef SykaJ Neurophysiol 2013;110 243-256

Trends in Neurosci. 
Steady or changing? Long-term monitoring of neuronal population activityPages 375-384
Henry Lütcke, David J. Margolis, Fritjof Helmchen

Nature Protocols
Closed-loop optogenetic intervention in mice
Caren Armstrong, Esther Krook-Magnuson, Mikko Oijala and Ivan Soltesz


J. Neurosci.
In Vivo Two-Photon Ca2+ Imaging Reveals Selective Reward Effects on Stimulus-Specific Assemblies in Mouse Visual Cortex
Pieter M. Goltstein, Emily B. J. Coffey, Pieter R. Roelfsema, and Cyriel M. A. Pennartz

Frontiers in Human Neuroscience
Studying autism in rodent models: reconciling endophenotypes with comorbidities
Andrew Argyropoulos, Krista L. Gilby and Elisa L. Hill-Yardin












2013年8月12日月曜日

HDF5 library version mismatch errorが出たら

複数のHDF5ライブラリが存在して、コンフリクトを起こしている可能性がありますが、応急処置的には、HDF5_DISABLE_VERSION_CHECKというシェルの環境変数を1または2に設定することで(シェルならexport、matlabならsetenv関数を使う)、処理を中断させずに最後まで行うことができます。

Linux版matlabのインストールと起動2

インストール時にシンボリックリンクを作成しないと、起動のたびにmatlabのインストールディレクトリに移動して"./matlab"で起動する羽目になりますが、/usr/local/bin/ で、
ln -s $MATLAB/bin/matlab matlab

($MATLAB は MATLAB のインストール ディレクトリ)

のように手動でリンクを作成すれば、どこのディレクトリにいても”matlab"と入力するだけで起動できます。

2013年8月9日金曜日

若手イメージング研究者の独立

一番問題になるのは、顕微鏡をどのように調達するかです。

特に二光子の場合はかなり厳しいです。日本で二光子顕微鏡が買えるくらいの予算となると、普通はCRESTか基盤S、あるいは理研のチームリーダーくらいのレベルです。若手でそのような予算をとるのは不可能ではないかもしれませんが、それができるのは、かなり限られた人でしょう。

私はさきがけの予算でも顕微鏡が買えることをなんとか実証したいと考えています。予算が足りない部分は工夫のしどころですね。