2013年4月30日火曜日

迷惑メールの謎

SfNの抄録の登録開始の案内メールが届かないなと思っていたら、10日も前に迷惑メールフォルダに入っていたのに今日気づきました。5/9締め切りなので結構急いで書かないといけません(連休明けの提出物がまた一つ増えました)。

webメールの迷惑メールフォルダに入っていたということは、世界中の多くの神経科学者がこれを迷惑メールとして報告していたんでしょうか??

2013年4月27日土曜日

matlabのちょっと便利な機能

長いプログラムの一部を変更して違うバージョンをいくつか作ったりすると、どこを変更したかわからなくなってくることがありますが、2つのファイルの内容を比較をするにはvisdiff関数が使えます。ファイルの比較だけでなくフォルダの内容の比較もできます。

それから、何時間もかかる計算でどれくらい進んだかを簡単に表示するには、waitbar関数があります。こういうの一から書こうと思うと結構手間なんですが、この関数を使うと2行で済むのでラクです。

2013年4月24日水曜日

最高のプロジェクトマネジメント

自分でできる人間に対しては完全放任に勝るマネジメントはありません。上は下の邪魔をしない。これに尽きます。

2013年4月23日火曜日

論文4/23/13

Neuron
Pyramidal Neurons Derived from Human Pluripotent Stem Cells Integrate Efficiently into Mouse Brain Circuits In Vivo
Ira Espuny-Camacho, Kimmo A. Michelsen, David Gall, Daniele Linaro, Anja Hasche, Jérôme Bonnefont, Camilia Bali, David Orduz, Angéline Bilheu, Adèle Herpoel, Nelle Lambert, Nicolas Gaspard, Sophie Péron, Serge N. Schiffmann, Michele Giugliano, Afsaneh Gaillard, Pierre Vanderhaeghen

A Cholinergic Mechanism for Reward Timing within Primary Visual Cortex
Alexander A. Chubykin, Emma B. Roach, Mark F. Bear, Marshall G. Hussain Shuler

Making Waves: Initiation and Propagation of Corticothalamic Ca2+ Waves In Vivo
Albrecht Stroh, Helmuth Adelsberger, Alexander Groh, Charlotta Rühlmann, Sebastian Fischer, Anja Schierloh, Karl Deisseroth, Arthur Konnerth

Hippocampal SWR Activity Predicts Correct Decisions during the Initial Learning of an Alternation Task
Annabelle C. Singer, Margaret F. Carr, Mattias P. Karlsson, Loren M. Frank

Modeling Autism by SHANK Gene Mutations in Mice
Yong-hui Jiang, Michael D. Ehlers

Imaging Patients with Psychosis and a Mouse Model Establishes a Spreading Pattern of Hippocampal Dysfunction and Implicates Glutamate as a Driver
Scott A. Schobel, Nashid H. Chaudhury, Usman A. Khan, Beatriz Paniagua, Martin A. Styner, Iris Asllani, Benjamin P. Inbar, Cheryl M. Corcoran, Jeffrey A. Lieberman, Holly Moore, Scott A. Small

Dynamic Reconfiguration of Hippocampal Interneuron Circuits during Spatial Learning
David Dupret, Joseph O'Neill, Jozsef Csicsvari

Nature Neuroscience
Memory, navigation and theta rhythm in the hippocampal-entorhinal system
György Buzsáki and Edvard I Moser

Cortico-cortical projections in mouse visual cortex are functionally target specific Lindsey L Glickfeld, Mark L Andermann, Vincent Bonin and R Clay Reid

Layer-specific excitatory circuits differentially control recurrent network dynamics in the neocortex
Riccardo Beltramo, Giulia D'Urso, Marco Dal Maschio, Pasqualina Farisello, Serena Bovetti, Yoanne Clovis, Glenda Lassi, Valter Tucci, Davide De Pietri Tonelli and Tommaso Fellin

Long-term dynamics of CA1 hippocampal place codes
Yaniv Ziv, Laurie D Burns, Eric D Cocker, Elizabeth O Hamel, Kunal K Ghosh, Lacey J Kitch, Abbas El Gamal and Mark J Schnitzer

Grid cells require excitatory drive from the hippocampus
Tora Bonnevie, Benjamin Dunn, Marianne Fyhn, Torkel Hafting, Dori Derdikman, John L Kubie, Yasser Roudi, Edvard I Moser and May-Britt Moser

Recurrent inhibitory circuitry as a mechanism for grid formation
Jonathan J Couey, Aree Witoelar, Sheng-Jia Zhang, Kang Zheng, Jing Ye, Benjamin Dunn, Rafal Czajkowski, May-Britt Moser, Edvard I Moser, Yasser Roudi and Menno P Witter

Cellular mechanisms of spatial navigation in the medial entorhinal cortex
Christoph Schmidt-Hieber and Michael Hausser

Science
Bat and Rat Neurons Differ in Theta-Frequency Resonance Despite Similar Coding of Space
James G. Heys et al.

Representation of Three-Dimensional Space in the Hippocampus of Flying Bats
Michael M. Yartsev and Nachum Ulanovsky

Optogenetic Dissection of Entorhinal-Hippocampal Functional Connectivity
Sheng-Jia Zhang et al.

Injectable, Cellular-Scale Optoelectronics with Applications for Wireless Optogenetics
Tae-il Kim et al.

J.Neurosci.
Dissociation between Dorsal and Ventral Hippocampal Theta Oscillations during Decision-Making Brandy Schmidt, James R. Hinman, Tara K. Jacobson, Emily Szkudlarek, Melissa Argraves, Monty A. Escabí, and Etan J. Markus

Nature

Inhibition dominates sensory responses in the awake cortex
Bilal Haider, Michael Häusser & Matteo Carandini

Concurrent activation of striatal direct and indirect pathways during action initiation
Guohong Cui, Sang Beom Jun, Xin Jin, Michael D. Pham, Steven S. Vogel, David M. Lovinger & Rui M. Costa

The emergence of functional microcircuits in visual cortex
Ho Ko, Lee Cossell, Chiara Baragli, Jan Antolik, Claudia Clopath, Sonja B. Hofer & Thomas D. Mrsic-Flogel

2013年4月22日月曜日

論文4/22/13

Nature Reviews Neuroscience
Power failure: why small sample size undermines the reliability of neuroscience
Katherine S. Button, John P. A. Ioannidis, Claire Mokrysz, Brian A. Nosek, Jonathan Flint, Emma S. J. Robinson & Marcus R. Munafó

Hippocampus
Influence of local objects on hippocampal representations: Landmark vectors and memory
Sachin S. Deshmukh and James J. Knierim

Rats use hippocampus to recognize positions of objects located in an inaccessible space
D. Levcik, T. Nekovarova, A. Stuchlik and D. Klement

Dynamic coding of dorsal hippocampal neurons between tasks that differ in structure and memory demand
Henry L. Hallock and Amy L. Griffin

J. Neurophys
High-performance execution of psychophysical tasks with complex visual stimuli in MATLAB
Wael F. Asaad, Navaneethan Santhanam, Steven McClellan, and David J. Freedman

Science
A Neural Circuit for Memory Specificity and Generalization
Wei Xu and Thomas C. Südhof

The Spatial and Temporal Origin of Chandelier Cells in Mouse Neocortex
Hiroki Taniguchi et al.

To Favor Survival Under Food Shortage, the Brain Disables Costly Memory
Pierre-Yves Plaçais and Thomas Preat

Fasting Launches CRTC to Facilitate Long-Term Memory Formation in Drosophila
Yukinori Hirano et al.

Current Biology
Reactivation of Neural Ensembles during the Retrieval of Recent and Remote Memory
Kaycie K. Tayler, Kazumasa Z. Tanaka, Leon G. Reijmers, Brian J. Wiltgen

Traces of Experience in the Lateral Entorhinal Cortex
Albert Tsao, May-Britt Moser, Edvard I. Moser

Source Memory in the Rat
Jonathon D. Crystal, Wesley T. Alford, Wenyi Zhou, Andrea G. Hohmann


Nature Methods
An optimized fluorescent probe for visualizing glutamate neurotransmission
Jonathan S Marvin, Bart G Borghuis, Lin Tian, Joseph Cichon, Mark T Harnett, Jasper Akerboom, Andrew Gordus, Sabine L Renninger, Tsai-Wen Chen, Cornelia I Bargmann, Michael B Orger, Eric R Schreiter, Jonathan B Demb, Wen-Biao Gan, S Andrew Hires and Loren L Looger


J. Neurosci
Tracking the Course of Hippocampal Representations during Learning: When Is the Map Required?
Lesley A. Schimanski, Peter Lipa, and Carol A. Barnes

Prefrontal Cortex Focally Modulates Hippocampal Place Cell Firing Patterns Vincent Hok, Ehsan Chah, Etienne Save, and Bruno Poucet

Mice Create What–Where–When Hippocampus-Dependent Memories of Unique Experiences
Laetitia Fellini and Fabio Morellini

The Postsubiculum and Spatial Learning: The Role of Postsubicular Synaptic Activity and Synaptic Plasticity in Hippocampal Place Cell, Object, and Object-Location Memory
David Bett, Cassie H. Stevenson, Kate L. Shires, Michael T. Smith, Stephen J. Martin, Paul A. Dudchenko, and Emma R. Wood Cerebral Cortex

Distinct Roles of Medial and Lateral Entorhinal Cortex in Spatial Cognition
Tiffany Van Cauter, Jeremy Camon, Alice Alvernhe, Coralie Elduayen, Francesca Sargolini, and Etienne Save

PNAS
In vivo quantitative proteomics of somatosensory cortical synapses shows which protein levels are modulated by sensory deprivation
Margaret T. Butko, Jeffrey N. Savas, Beth Friedman, Claire Delahunty, Ford Ebner, John R. Yates III, and Roger Y. Tsien

Spatially clustered neuronal assemblies comprise the microstructure of synchrony in chronically epileptic networks
Sarah Feldt Muldoon, Ivan Soltesz, and Rosa Cossart

Posttraining optogenetic manipulations of basolateral amygdala activity modulate consolidation of inhibitory avoidance memory in rats
Mary L. Huff, Rachel L. Miller, Karl Deisseroth, David E. Moorman, and Ryan T. LaLumiere

Learning and Memory
Cell-type specific inactivation of hippocampal CA1 disrupts location-dependent object recognition in the mouse
Jakob Haettig, Yanjun Sun, Marcelo A. Wood, and Xiangmin Xu

PLoS Biology
Impairment of TrkB-PSD-95 Signaling in Angelman Syndrome
Cong Cao, Mengia S. Rioult-Pedotti, Paolo Migani, Crystal J. Yu, Rakesh Tiwari, Keykavous Parang, Mark R. Spaller, Dennis J. Goebel, John Marshall


Frontiers in Aging Neuroscience
Spatial navigational strategies correlate with gray matter in the hippocampus of healthy older adults tested in a virtual maze
Kyoko Konishi and Véronique D. Bohbot


Frontiers in Molecular Neuroscience

Genetically encoded calcium indicators for multi-color neural activity imaging and combination with optogenetics
Jasper Akerboom, Nicole Carreras Calderón, Lin Tian, Sebastian Wabnig, Matthias Prigge, Johan Tolö, Andrew Gordus, Michael B. Orger, Kristen E. Severi, John J. Macklin, Ronak Patel, Stefan R. Pulver, Trevor J. Wardill, Elisabeth Fischer, Christina Schüler, Tsai-Wen Chen, Karen S. Sarkisyan, Jonathan S. Marvin, Cornelia I. Bargmann, Douglas S. Kim, Sebastian Kügler, Leon Lagnado, Peter Hegemann, Alexander Gottschalk, Eric R. Schreiter, and Loren L. Looger

2013年4月20日土曜日

科研費審査開示2

出張で2日くらい見ないだけでも、子供って成長するもんだなと思っています。

ところで、今年度の科研費の審査結果の開示が始まり、不採択になった方の課題のスコアがわかったのですが、あまりに低かったのでちょっとビックリしちゃいました。

メインでないプロジェクトは、内容の面白さや予備データの厚み、計画の緻密さの点で、書いても採択にまで至るのはなかなか難しいですね。やはりこういうものは「自分の強みで勝負する」というのが基本のようです。

2013年4月15日月曜日

もうすぐ領域会議

あまりに忙しくて最近はまともに更新できていません。

あさってからは「さきがけ」の領域会議です。

そもそも私は神経科学者でありながら、システム合成生物学の領域で採択された時点で、神経科学者としては異端だと思っているのですが、異端上等ってことで、このまま突っ走りたいと思います。

研究は、また新たな次元に入ってきました。おもしろいですね。

2013年4月11日木曜日

今年度の体制

新たに研究員1名、テクニカルスタッフ1名がプロジェクトに参加することになり、私自身を含めて5名のグループになりました。

複数の研究費による複数のプロジェクトが同時に走るようになったので、マネジメントにもそれなりの工夫が必要です。

2013年4月6日土曜日

2013年4月3日水曜日

研究の進捗を早めるコツ

研究の結果や方向性を相談するときに、自分が一番信用できると思える人に最初から相談するのが良いですね。そうでない人に聞いても、「この人はこう言っているけど、あの人だったらどうなのだろう」と聞き直さなければいけないのは二度手間になります。

そういう意味では、研究の相談だけにとどまらず、物事の進むスピードを早める一般的なコツがあるとしたら、「二度手間をなくす」 ということに尽きるのかもしれません。ちなみに、私は本当に「二度手間」が嫌いで(「二度手間」は一言で言えば「人生の無駄」です)、同じことを二回言われたり、他人に対して言わなくてはいけない状況(特に「報告」)に陥ると、暗澹たる気分になります。

仕事をよく考えないうちに始めてしまい、あるところで全部やり直さなくてはいけないとしたら、これは壮大な二度手間になります。なので、仕事はよく考えてから始め(得られる結果から何らかの結論が導けるようにデザインする、もしくは成功の判断基準を明確にしておく)、一度で終わらせるというのが吉です。

2013年4月1日月曜日

科研費内定情報を見る

例年だったら外部資金部からのメールで採否を知るんですが、今年はe-radの科研費申請システムの「応募者向けメニュー」の「交付内定時の手続き」(または「交付決定後の手続き」)という欄に、すでに内定した課題が表示されています。

ちなみにエープリルフールではない、本当の話です。