2013年12月31日火曜日

論文12/30/13

Nature
Prefrontal parvalbumin interneurons shape neuronal activity to drive fear expression
Julien Courtin, Fabrice Chaudun, Robert R. Rozeske, Nikolaos Karalis, Cecilia Gonzalez-Campo, Hélène Wurtz, Azzedine Abdi, Jerome Baufreton, Thomas C. M. Bienvenu & Cyril Herry

Parvalbumin-expressing basket-cell network plasticity induced by experience regulates adult learning
Flavio Donato, Santiago Belluco Rompani & Pico Caroni

Science
Long-Distance Integration of Nuclear ERK Signaling Triggered by Activation of a Few Dendritic Spines
Shenyu Zhai, Eugene D. Ark, Paula Parra-Bueno, Ryohei Yasuda

Neural Activity in Human Hippocampal Formation Reveals the Spatial Context of Retrieved Memories
Jonathan F. Miller, Markus Neufang, Alec Solway, Armin Brandt, Michael Trippel, Irina Mader, Stefan Hefft, Max Merkow, Sean M. Polyn, Joshua Jacobs, Michael J. Kahana, Andreas Schulze-Bonhage

Though They May Be Unaware, Newlyweds Implicitly Know Whether Their Marriage Will Be Satisfying
James K. McNulty, Michael A. Olson, Andrea L. Meltzer, Matthew J. Shaffer

Oscillatory Control of Factors Determining Multipotency and Fate in Mouse Neural Progenitors
Itaru Imayoshi, Akihiro Isomura, Yukiko Harima, Kyogo Kawaguchi, Hiroshi Kori, Hitoshi Miyachi, Takahiro Fujiwara, Fumiyoshi Ishidate, Ryoichiro Kageyama

Neuron
Cingulate-Hippocampus Coherence and Trajectory Coding in a Sequential Choice Task
Miguel Remondes, Matthew A. Wilson

Nature Neuroscience
Integration of visual motion and locomotion in mouse visual cortex
Aman B Saleem, Asli Ayaz, Kathryn J Jeffery, Kenneth D Harris and Matteo Carandini

Parental olfactory experience influences behavior and neural structure in subsequent generations
Brian G Dias and Kerry J Ressler

Maternal hematopoietic TNF, via milk chemokines, programs hippocampal development and memory
Bingfang Liu, Bojana Zupan, Emma Laird, Shifra Klein, Georgia Gleason et al.

2013年12月28日土曜日

今年のまとめ

ひとことで言うと、自分はまだまだだと思い知った1年でした。

ただ、何か近いところへは来ているという感覚もあります。
来年は転機の一年にしたいですね。

2013年12月22日日曜日

進行状況

いろいろな方々のお力添えで、マイ二光子顕微鏡のための除振台がようやく先週設置されました。
これからが楽しみです。

2013年12月16日月曜日

matlabの図を論文用に出力する

いろいろな人に聞いたところ、matlabのfigureは「eps形式で保存してAdobe Illustratorで加工する」という人が多かったです。

出版のための微妙かつ度重なる修正のことを考えると、いきなりeps形式で出力するのではなく、いったん.fig形式で保存した後、figure inspectorで好みの見え方に調整してからeps形式で保存するほうが良さそうですね。

2013年12月2日月曜日

論文12/2/13

Nature Neuroscience
Spontaneous cortical activity alternates between motifs defined by regional axonal projections 
Majid H Mohajerani, Allen W Chan, Mostafa Mohsenvand, Jeffrey LeDue, Rui Liu et al.

ReaChR: a red-shifted variant of channelrhodopsin enables deep transcranial optogenetic excitation
John Y Lin, Per Magne Knutsen, Arnaud Muller, David Kleinfeld and Roger Y Tsien


Science
Mice Genetically Deficient in Vasopressin V1a and V1b Receptors Are Resistant to Jet Lag
Yoshiaki Yamaguchi et al.

Nature
Dendritic spikes enhance stimulus selectivity in cortical neurons in vivo
Spencer L. Smith, Ikuko T. Smith, Tiago Branco, Michael Häusser

Context-dependent computation by recurrent dynamics in prefrontal cortex
Valerio Mante, David Sussillo, Krishna V. Shenoy & William T. Newsome

Genetic identification of a neural circuit that suppresses appetite
Matthew E. Carter, Marta E. Soden, Larry S. Zweifel, Richard D. Palmiter

The activity-dependent transcription factor NPAS4 regulates domain-specific inhibition
Brenda L. Bloodgood, Nikhil Sharma, Heidi Adlman Browne, Alissa Z. Trepman,Michael E. Greenberg

Cell
Coexpression Networks Implicate Human Midfetal Deep Cortical Projection Neurons in the Pathogenesis of Autism
A. Jeremy Willsey, Stephan J. Sanders, Mingfeng Li, Shan Dong, Andrew T. Tebbenkamp, Rebecca A. Muhle, Steven K. Reilly, Leon Lin, Sofia Fertuzinhos, Jeremy A. Miller, Michael T. Murtha, Candace Bichsel, Wei Niu, Justin Cotney, A. Gulhan Ercan-Sencicek, Jake Gockley, Abha R. Gupta, Wenqi Han, Xin He, Ellen J. Hoffman, Lambertus Klei, Jing Lei, Wenzhong Liu, Li Liu, Cong Lu, Xuming Xu, Ying Zhu, Shrikant M. Mane, Ed S. Lein, Liping Wei, James P. Noonan, Kathryn Roeder, Bernie Devlin, Nenad Sestan, Matthew W. State

Integrative Functional Genomic Analyses Implicate Specific Molecular Pathways and Circuits in Autism

Neelroop N. Parikshak, Rui Luo, Alice Zhang, Hyejung Won, Jennifer K. Lowe, Vijayendran Chandran, Steve Horvath, Daniel H. Geschwind

Nature Methods
Inducible control of gene expression with destabilized Cre
Richard Sando III, Karsten Baumgaertel, Simon Pieraut, Nina Torabi-Rander, Thomas J Wandless et al.


Genetically encoded fluorescent thermosensors visualize subcellular thermoregulation in living cells
Shigeki Kiyonaka, Taketoshi Kajimoto, Reiko Sakaguchi, Daisuke Shinmi, Mariko Omatsu-Kanbe et al. 
 


Neuron
The New Science of Mind and the Future of Knowledge
Eric Kandel


Engineering Approaches to Illuminating Brain Structure and Dynamics
Karl Deisseroth, Mark J. Schnitzer


Memorable Trends
Yadin Dudai, Richard G.M. Morris


Scaling Brain Size, Keeping Timing: Evolutionary Preservation of Brain Rhythms
György Buzsáki, Nikos Logothetis, Wolf Singer


Grid Cells and Neural Coding in High-End Cortices
Edvard I. Moser, May-Britt Moser


Chronic Cellular Imaging of Entire Cortical Columns in Awake Mice Using Microprisms
Mark L. Andermann, Nathan B. Gilfoy, Glenn J. Goldey, Robert N.S. Sachdev, Markus Wölfel, David A. McCormick, R. Clay Reid, Michael J. Levene 

2013年12月1日日曜日

ウワサ話

研究者に限らず人間の一般的な習性かもしれませんが、特にウワサ話の広まり方というのは、自分の関わる話、関わらない話を問わず、スゴいなと思うことがあります。
 
あるときは、私も聞いたことがあるこの業界のかなり限定的な内容の話を、初対面の人の口から聞いてビックリしたことがあります(「どこから聞いとんねん」と)。こういうのの困った点は、一度広まってしまうとその情報が「固定」してしまい、後のアップデートが困難になってしまうことですね(ちなみにそのとき私が聞いた話は「古い方の話」でした)。

実際のところ「研究」という活動は情報戦としての側面もあるので、むしろ研究者は一般の人よりもウワサに敏感なのかもしれません。科学者がある意味で非科学的なコミュニケーションに翻弄されるというのは、皮肉と言うか、おもしろいですね。私個人としては、多少鈍いくらいがちょうどいいのではないかと思っています。



2013年11月28日木曜日

衝撃の一日

いや、びっくりしました。
世の中、最後までわからないな、と。
これを一つのチャンスと受け止めて有効に活用したいです。

2013年11月10日日曜日

明日からSfN

発表が最終日なので、明日から後半のみの参加です。
アメリカから帰って来てすぐに、さきがけの領域会議があるので出張続きです。
SfNの翌週に予定されているBSIのリトリートには、
日程の都合で参加できなくなりました(これまで毎年参加していたのですが・・・)。

以前だったら出張が連続するとか、日程が重なるとか、
考えられなかったですけどね。

海外出張は実に3年ぶりです。
その間、世界の情報にはすっかり乗り遅れましたが、
子供はずいぶん成長しました。
どちらが幸せかというのは、言うまでもありません。

2013年11月5日火曜日

留学時代を思い出す歌

Jame Blunt -- You are beautiful
The Fray -- How to save a life
Augustana -- Boston
Jewel -- Standing still

こんなところですかね。
なんだか久しぶりにアメリカに行くので思い出しちゃいました。

2013年10月29日火曜日

来年の神経科学会

 「脳の現実感を操作する―げっ歯類の神経科学におけるバーチャルリアリティの可能性」と題する大会企画シンポジウムのオーガナイザーを、東北大学の片山先生と務めさせていただくことになりました。どうぞよろしくお願いします。

2013年10月28日月曜日

論文10/28/13

Nature Methods
Functional labeling of neurons and their projections using the synthetic activity-dependent promoter E-SARE
Takashi Kawashima, Kazuo Kitamura, Kanzo Suzuki, Mio Nonaka, Satoshi Kamijo et al.

Nature
Topoisomerases facilitate transcription of long genes linked to autism
Ian F. King, Chandri N. Yandava, Angela M. Mabb, Jack S. Hsiao, Hsien-Sung Huang, Brandon L. Pearson, J. Mauro Calabrese, Joshua Starmer, Joel S. Parker, Terry Magnuson, Stormy J. Chamberlain, Benjamin D. Philpot & Mark J. Zylka
Cerebral organoids model human brain development and microcephaly
Madeline A. Lancaster, Magdalena Renner, Carol-Anne Martin, Daniel Wenzel, Louise S. Bicknell, Matthew E. Hurles, Tessa Homfray, Josef M. Penninger, Andrew P. Jackson & Juergen A. Knoblich

A disinhibitory microcircuit initiates critical-period plasticity in the visual cortex
Sandra J. Kuhlman, Nicholas D. Olivas, Elaine Tring, Taruna Ikrar, Xiangmin Xu & Joshua T. Trachtenberg

Video game training enhances cognitive control in older adults
J. A. Anguera, J. Boccanfuso, J. L. Rintoul, O. Al-Hashimi, F. Faraji, J. Janowich, E. Kong, Y. Larraburo, C. Rolle, E. Johnston & A. Gazzaley

Evolutionary origins of the avian brain
Amy M. Balanoff, Gabe S. Bever, Timothy B. Rowe & Mark A. Norell

Cortical interneurons that specialize in disinhibitory control
Hyun-Jae Pi, Balázs Hangya, Duda Kvitsiani, Joshua I. Sanders, Z. Josh Huang & Adam Kepecs

SHANK3 and IGF1 restore synaptic deficits in neurons from 22q13 deletion syndrome patients
Aleksandr Shcheglovitov, Olesya Shcheglovitova, Masayuki Yazawa, Thomas Portmann, Rui Shu, Vittorio Sebastiano, Anna Krawisz, Wendy Froehlich, Jonathan A. Bernstein, Joachim F. Hallmayer & Ricardo E. Dolmetsch

SHANK3 overexpression causes manic-like behaviour with unique pharmacogenetic properties
Kihoon Han, J. Lloyd Holder Jr, Christian P. Schaaf, Hui Lu, Hongmei Chen, Hyojin Kang, Jianrong Tang, Zhenyu Wu, Shuang Hao, Sau Wai Cheung, Peng Yu, Hao Sun, Amy M. Breman, Ankita Patel, Hui-Chen Lu & Huda Y. Zoghbi

Genetic identification of a neural circuit that suppresses appetite
Matthew E. Carter, Marta E. Soden, Larry S. Zweifel & Richard D. Palmiter


Science
Sleep Drives Metabolite Clearance from the Adult Brain
Lulu Xie, Hongyi Kang, Qiwu Xu, Michael J. Chen, Yonghong Liao, Meenakshisundaram Thiyagarajan, John O’Donnell, Daniel J. Christensen, Charles Nicholson, Jeffrey J. Iliff, Takahiro Takano, Rashid Deane, Maiken Nedergaard

Atypical Combinations and Scientific Impact
Brian Uzzi, Satyam Mukherjee, Michael Stringer, Ben Jones

Neuron
Laminar and Columnar Development of Barrel Cortex Relies on Thalamocortical Neurotransmission
Hong Li, Sofia Fertuzinhos, Ethan Mohns, Thomas S. Hnasko, Matthijs Verhage, Robert Edwards, Nenad Sestan, Michael C. Crair

Imaging of Tau Pathology in a Tauopathy Mouse Model and in Alzheimer Patients Compared to Normal Controls
Masahiro Maruyama, Hitoshi Shimada, Tetsuya Suhara, Hitoshi Shinotoh, Bin Ji, Jun Maeda, Ming-Rong Zhang, John Q. Trojanowski, Virginia M.-Y. Lee, Maiko Ono, Kazuto Masamoto, Harumasa Takano, Naruhiko Sahara, Nobuhisa Iwata, Nobuyuki Okamura, Shozo Furumoto, Yukitsuka Kudo, Qing Chang, Takaomi C. Saido, Akihiko Takashima, Jada Lewis, Ming-Kuei Jang, Ichio Aoki, Hiroshi Ito, Makoto Higuchi
Inhibitory Gradient along the Dorsoventral Axis in the Medial Entorhinal Cortex
Prateep Beed, Anja Gundlfinger, Sophie Schneiderbauer, Jie Song, Claudia Böhm, Andrea Burgalossi, Michael Brecht, Imre Vida, Dietmar Schmitz

A Cortico-Hippocampal Learning Rule Shapes Inhibitory Microcircuit Activity to Enhance Hippocampal Information Flow
Jayeeta Basu, Kalyan V. Srinivas, Stephanie K. Cheung, Hiroki Taniguchi, Z. Josh Huang, Steven A. Siegelbaum

Synaptic Scaling and Homeostatic Plasticity in the Mouse Visual Cortex In Vivo
Tara Keck, Georg B. Keller, R. Irene Jacobsen, Ulf T. Eysel, Tobias Bonhoeffer, Mark Hübener


Firing Rate Homeostasis in Visual Cortex of Freely Behaving Rodents
Keith B. Hengen, Mary E. Lambo, Stephen D. Van Hooser, Donald B. Katz, Gina G. Turrigiano


Subthreshold Mechanisms Underlying State-Dependent Modulation of Visual Responses
Corbett Bennett, Sergio Arroyo, Shaul Hestrin

Cellular Resolution Functional Imaging in Behaving Rats Using Voluntary Head Restraint
Benjamin B. Scott, Carlos D. Brody, David W. Tank

Impaired Hippocampal Ripple-Associated Replay in a Mouse Model of Schizophrenia
Junghyup Suh, David J. Foster, Heydar Davoudi, Matthew A. Wilson, Susumu Tonegawa

Nature Neuroscience
Septo-hippocampal GABAergic signaling across multiple modalities in awake mice
Patrick Kaifosh, Matthew Lovett-Barron, Gergely F Turi, Thomas R Reardon and Attila Losonczy

Cellular mechanisms of brain state-dependent gain modulation in visual cortex Pierre-Olivier Polack, Jonathan Friedman and Peyman Golshani

Dual origins of functionally distinct O-LM interneurons revealed by differential 5-HT3AR expression
Ramesh Chittajallu, Michael T Craig, Ashley McFarland, Xiaoqing Yuan, Scott Gerfen et al.


Optogenetic identification of a rapid eye movement sleep modulatory circuit in the hypothalamus
Sonia Jego, Stephen D Glasgow, Carolina Gutierrez Herrera, Mats Ekstrand, Sean J Reed et al.


Hippocampus
Selective deficit in spatial memory strategies contrast to intact response strategies in patients with schizophrenia spectrum disorders tested in a virtual navigation task
Leanne K. Wilkins, Todd A. Girard, Kyoko Konishi, Matthew King, Katherine A. Herdman, Jelena King, Bruce Christensen and Veronique D. Bohbot

Tactile modulation of hippocampal place fields
Thomas Gener, Lorena Perez‐Mendez and Maria V. Sanchez‐Vives

J.Neurosci.
Distinct Hippocampal Time Cell Sequences Represent Odor Memories in Immobilized Rats Christopher J. MacDonald, Stephen Carrow, Ryan Place, and Howard Eichenbaum

Transgenically Targeted Rabies Virus Demonstrates a Major Monosynaptic Projection from Hippocampal Area CA2 to Medial Entorhinal Layer II Neurons David C. Rowland, Aldis P. Weible, Ian R. Wickersham, Haiyan Wu, Mark Mayford, Menno P. Witter, and Clifford G. Kentros

Local Generation and Propagation of Ripples along the Septotemporal Axis of the Hippocampus
Jagdish Patel, Erik W. Schomburg, Antal Berényi, Shigeyoshi Fujisawa, and György Buzsáki

Current Biology 
The Rodent Hippocampus Is Essential for Nonspatial Object Memory
Sarah J. Cohen, Alcira H. Munchow, Lisa M. Rios, Gongliang Zhang, Herborg N. Ásgeirsdóttir, Robert W. Stackman

2013年10月25日金曜日

オリンパスFVMPE-RSの使用感

今年リリースされた、GaAsP検出器とレゾナントとガルボのデュアルスキャナを搭載したオリンパスの野心作です。画像データのフォーマットやソフトウェアのウインドウ構成も新しく変更されています。

2、3度使わせてもらう機会があったのですが、操作感はずいぶん変わりました。ひとことで言えば、FV1000MPEのころと比べて「複雑」になったという印象です。他社では白い顕微鏡本体を黒くしたのも思い切ったデザインですね。これもひとことで言えば、まるで「サイコガンダム」です。

2013年10月21日月曜日

オフィスのレイアウトと生産性

オープンプランのオフィス(「研究室」のオフィスのレイアウトはほとんどオープンプランだと思いますが)ではなぜ生産性が上がらないか、私が共感できる説明を与えてくれている記事(特に前半部分、後半の音楽うんぬんはどうかな・・・)がこれです。

2013年10月20日日曜日

良くある質問2

Q:「それいけ!アンパンマン」のキャラクターの中で一番好きなのは誰ですか?
A:  やきそばパンマンです。

2013年10月15日火曜日

やなせたかし氏を悼む

昨日、今日と沖縄に出張だったんですが、向こうでは台風の影響はあまり受けず(帰りの飛行機がちょっと遅れたくらい)に帰ってこれました。むしろ関東のこれからの方が大変ですね。

出張中でニュースに接する時間がなかったので、帰宅して「アンパンマン」のやなせたかし氏死去のニュースを知りました。私も子をもつ親として大変寂しいかぎりです。

アンパンマンの主題歌の歌詞に「なんのために生まれて、なにをして生きるのか。こたえられないなんて、そんなのはいやだ」ってありますが、子供向けの歌にこんな歌詞を真面目に書けるなんてスゴいなと、いつも思っていました。

謹んでご冥福をお祈りします。

2013年10月12日土曜日

創造における孤独の効用

私は多人数で議論するよりも一人で考えたほうが良いアイデアが浮かぶ人間なんですが、ライフハッカーに面白い記事がありました。「手を動かす前に良く考える」「散歩する」「邪魔の入らない孤独な環境で仕事する」。まさにこれですね。

2013年9月30日月曜日

科研費の季節

・・・が今年もやってまいりました。こういうのすらすらっと書けるといいなと、いつも思っているんですけどね。。。私は凡人なので、毎年相当苦労しながら書いています。

私が考える申請書の書き方のコツは、ちゃんと審査の着目点から外れないで書くとか、大事なことは申請書の最初に書くとか、そんな基本的なことですね。

あとは自分の研究のファンをつくると言ったらいいのか、「おもしろい研究だから、ぜひ頑張ってください」と誰かに(それが審査員なら最高ですが)言ってもらえるよう、自分の研究とアイデアを磨くことだと思っています。

2013年9月20日金曜日

文化の違い

in vivo用二光子顕微鏡のアメリカでの最近の動向を聞こうと、最近あちらで独立した友人にメールしたら、やっぱり日本とは文化がちょっと違うな、と再認識しました。

私にとってはアメリカ式の方がしっくりくるんですけどね。。。そういう好みを共有できる日本人研究者も何人かはいるのですが、 私もその一人としてがんばりたいと思います。

2013年9月8日日曜日

良くある質問

最近、学会等でお会いする初対面の方から「もともと工学系のバックグラウンドの方ですか?」と聞かれることがあるのですが、私はもともと薬学部で学部教育を受けた人間です。

薬学部で脳を研究しようと思うと、たいてい薬理学の研究室に行って神経薬理の研究をすることになるのですが、私はそれに満足できずに、博士課程の大学院は隣の医学部の研究室に進学して、まずは分子神経科学の本格的な訓練を受けました。

今の研究につながるin vivoイメージングを始めたのはアメリカに行ってからです。ちなみにVRとか大規模イメージングデータ解析とかを始めたのは日本に帰ってきてからです(つまり独学)。

アメリカにいたときにそれらの準備をしていたわけでは全くないのですが、当時のデキる同僚の仕事ぶりを横目で見ながら「良い仕事とはこのようにするものなのか」ということを学んだのが今に生きていますね。

なので、スキル的には学部とか大学院時代に受けた教育というのは、今の研究にはほとんど役にたっていません。今いる研究室の機械も、この仕事を始めたときは古い物が多かったので、必要なスペックをもった新しいものにほとんど置き換えました。

光学の分野で有名なある日本の先生にアメリカでお会いしたときに「研究分野を変えても、5年くらいかければ一から始めてもその分野の専門家になれる」とおっしゃっていたのを覚えていますが、それは確かにそうなのかもしれないなと思っています。

2013年8月27日火曜日

明日から班会議

明日から新学術領域「マイクロ精神病態」の班会議で名古屋出張です。

そろそろ私も自分専用のin vivo用の二光子レーザー顕微鏡を購入のことを具体的に考え始めようとしているところです。とりあえず機能を必要最低限のものに限定し、セットアップの労力と時間を惜しまなければ、限られた予算でもレーザー+顕微鏡を購入することは可能という感触を得ています。

予算的に買い直しがきかないものなので、どこまで自分で組むかは難しいところですね。本気でパーツから組むつもりならば、おそらく日本で一番安いin vivoカルシウムイメージング用顕微鏡を組むこともできるのではないかと思っています。


2013年8月22日木曜日

論文8/21/13

Nature Methods
Near-infrared fluorescent proteins for multicolor in vivo imaging
Daria M Shcherbakova and Vladislav V Verkhusha

Neuron
Cellular and Synaptic Architecture of Multisensory Integration in the Mouse Neocortex
Umberto Olcese, Giuliano Iurilli, Paolo Medini

Evidence for Hubs in Human Functional Brain Networks
Jonathan D. Power, Bradley L. Schlaggar, Christina N. Lessov-Schlaggar, Steven E. Petersen

Nature Neuroscience
Impaired hippocampal rate coding after lesions of the lateral entorhinal cortex
Li Lu, Jill K Leutgeb, Albert Tsao, Espen J Henriksen, Stefan Leutgeb, Carol A Barnes, Menno P Witter, May-Britt Moser & Edvard I Moser 

Nature
Ultrasensitive fluorescent proteins for imaging neuronal activity
Tsai-Wen Chen, Trevor J. Wardill, Yi Sun, Stefan R. Pulver, Sabine L. Renninger, Amy Baohan, Eric R. Schreiter, Rex A. Kerr, Michael B. Orger, Vivek Jayaraman, Loren L. Looger, Karel Svoboda & Douglas S. Kim

Connectomic reconstruction of the inner plexiform layer in the mouse retina
Moritz Helmstaedter, Kevin L. Briggman, Srinivas C. Turaga, Viren Jain, H. Sebastian Seung  & Winfried Denk

2013年8月16日金曜日

論文8/16/13

Cell
Genetically Targeted Optical Electrophysiology in Intact Neural Circuits
Guan Cao, Jelena Platisa, Vincent A. Pieribone, Davide Raccuglia, Michael Kunst, Michael N. Nitabach

Spatial and Temporal Mapping of De Novo Mutations in Schizophrenia to a Fetal Prefrontal Cortical Network
Suleyman Gulsuner, Tom Walsh, Amanda C. Watts, Ming K. Lee, Anne M. Thornton, Silvia Casadei, Caitlin Rippey, Hashem Shahin, Consortium on the Genetics of Schizophrenia (COGS), PAARTNERS Study Group, Vishwajit L. Nimgaonkar, Rodney C.P. Go, Robert M. Savage, Neal R. Swerdlow, Raquel E. Gur, David L. Braff, Mary-Claire King, Jon M. McClellan

Genetic and Neural Mechanisms that Inhibit Drosophila from Mating with Other Species
Pu Fan, Devanand S. Manoli, Osama M. Ahmed, Yi Chen, Neha Agarwal, Sara Kwong, Allen G. Cai, Jeffrey Neitz, Adam Renslo, Bruce S. Baker, Nirao M. Shah

PNAS
Encoded multisite two-photon microscopyMathieu Ducros, Yannick Goulam Houssen, Jonathan Bradley, Vincent de Sars, and Serge Charpak


J. Neurophys. 
Two-Photon Processor and SeNeCA: a freely available software package to process data from two-photon calcium imaging at speeds down to several milliseconds per frame Jakub Tomek, Ondrej Novak, and Josef SykaJ Neurophysiol 2013;110 243-256

Trends in Neurosci. 
Steady or changing? Long-term monitoring of neuronal population activityPages 375-384
Henry Lütcke, David J. Margolis, Fritjof Helmchen

Nature Protocols
Closed-loop optogenetic intervention in mice
Caren Armstrong, Esther Krook-Magnuson, Mikko Oijala and Ivan Soltesz


J. Neurosci.
In Vivo Two-Photon Ca2+ Imaging Reveals Selective Reward Effects on Stimulus-Specific Assemblies in Mouse Visual Cortex
Pieter M. Goltstein, Emily B. J. Coffey, Pieter R. Roelfsema, and Cyriel M. A. Pennartz

Frontiers in Human Neuroscience
Studying autism in rodent models: reconciling endophenotypes with comorbidities
Andrew Argyropoulos, Krista L. Gilby and Elisa L. Hill-Yardin












2013年8月12日月曜日

HDF5 library version mismatch errorが出たら

複数のHDF5ライブラリが存在して、コンフリクトを起こしている可能性がありますが、応急処置的には、HDF5_DISABLE_VERSION_CHECKというシェルの環境変数を1または2に設定することで(シェルならexport、matlabならsetenv関数を使う)、処理を中断させずに最後まで行うことができます。

Linux版matlabのインストールと起動2

インストール時にシンボリックリンクを作成しないと、起動のたびにmatlabのインストールディレクトリに移動して"./matlab"で起動する羽目になりますが、/usr/local/bin/ で、
ln -s $MATLAB/bin/matlab matlab

($MATLAB は MATLAB のインストール ディレクトリ)

のように手動でリンクを作成すれば、どこのディレクトリにいても”matlab"と入力するだけで起動できます。

2013年8月9日金曜日

若手イメージング研究者の独立

一番問題になるのは、顕微鏡をどのように調達するかです。

特に二光子の場合はかなり厳しいです。日本で二光子顕微鏡が買えるくらいの予算となると、普通はCRESTか基盤S、あるいは理研のチームリーダーくらいのレベルです。若手でそのような予算をとるのは不可能ではないかもしれませんが、それができるのは、かなり限られた人でしょう。

私はさきがけの予算でも顕微鏡が買えることをなんとか実証したいと考えています。予算が足りない部分は工夫のしどころですね。

2013年7月27日土曜日

無人島にもっていきたい小説

一時亡命を希望してモスクワの空港に足止めさせられている元CIA職員のもとに、弁護士からドストエフスキーの『罪と罰』が差し入れられたというニュースがありました。

イラクのフセイン元大統領の隠れ家にもあったという『罪と罰』ですが、私がもし無人島に一つだけ小説をもっていっていいと言われたら、やっぱり『罪と罰』(もしくは同じドストエフスキーの『カラマーゾフ』)にするんじゃないでしょうか。

かつて黒澤明が「本当の映画は、どこの一部分をとっても「映画」になっている」と言ったそうですが(そして確かに彼の「七人の侍」はそのような条件を満たしていると思いますが)、 ドストエフスキーの長篇は、どこを読んでも金太郎アメのように、ちゃんと「小説」になっているなと感心させられます。これならおそらく無人島で何度繰り返し読んでも退屈しないでしょう。

読み手から見た良い論文

読み手は必ずしも論文を最初から最後まで読む時間があるとは限りませんから、図が一目見ただけで瞬時に理解できるように(=レジェンドさえも読まないで済むように)工夫されている論文を見ると、著者に感謝したい気分になります。

本文を拾い読みするときも、欲しい情報がどの段落に書かれているかわかりやすい(=「一つの段落に一つの内容」の原則が守られていて、段落の最初の文を読むと、以下に何が書いてあるか瞬時にわかる)論文はありがたいですね。そういう論文は、読み手の時間と労力を節約してくれています。

2013年7月21日日曜日

あの学校の競争率

数多くのスターを輩出し、競争率が高いことで有名な宝塚音楽学校の倍率は、例年20倍程度、過去最高でも50倍弱だそうです。

これって、最近の研究界における一部の研究費や求人公募の倍率を考えると、意外と低い気がしません?

2013年7月18日木曜日

偉大な研究者の回想録

多くをなした偉大な研究者が、昔の個人的な思い出をつづったエッセイを読むのは大変面白く、また研究の歴史を知る上でも価値があります。

そのようなエッセイで、例えば私が読んで面白かったものには、以下のようなものがあります。

Hubel DH, Wiesel TN.
Neuron. 1998 Mar;20(3):401-12.
McNaughton BL. 
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2003 Apr 29;358(1432):629-34

2013年7月17日水曜日

良い研究に必要なもの

 一人でじっくり考える時間でしょうか。最近は早朝、家族が起きてくるまでの時間か、仕事の合間の昼食の時間を充てています。

世の中に、「一生懸命働くこと」を奨励する研究室は多いけど、「一生懸命考えること」を奨励する研究室は少ないですね。考えている姿は、はたから見て仕事してないように見えることが一つの原因じゃないかと思うのですが、この2つを行ったり来たりすることが、良い研究には必須なんじゃないかと思います(特にシステム神経科学のような学問では)。

私が将来研究室をもつことがあれば、正確な知識をもつこと、良く考えることを基礎に据えた研究室をつくりたいですね。これは私の反省でもあります。

2013年7月11日木曜日

常に良い研究を心がける理由

特に直接声をかけられたり、メールをもらうことがなくても、自分の研究を注目して見てくれている人というのは必ずいるものです。

自分の研究のスタンダードを高く保つ理由の一つに、「つまらないことをして、そういう人たちを失望させたくない」という気持ちはありますね。

2013年7月9日火曜日

男女共同参画 次の段階

研究者の公募や助成金で、いわゆる「女性枠」というものをときどき目にするのですが、これが一巡したら、次はぜひ男性限定の「イクメン枠」というのを作ってほしいですね。

女性が子育てをしながら仕事を続けるためには、配偶者の協力が不可欠だと思うんですが、男性が安心して子育てに参加できる環境が整えば、それは間接的にその配偶者の社会進出を支援することにつながるんじゃないかな、と。

子育てと仕事の両立というと、女性の立場に立って語られることがほとんどだけど、実は働く妻をもつ男性だって、限られた時間で成果をあげるために結構苦労してるんだぜ、と。

もしそんな制度ができたら、ぜひ応募してみたいですね。

2013年7月7日日曜日

相転移

最近あることを契機に自分が少し研究者として変化した気がしますね。この変化はひとことで言えば「相転移」っていう感じです。構成要素は変わらないけど配置が変わった感じです。

「相転移」といって思い出すのは、岡崎京子の『リバーズ・エッジ』の物語のクライマックスで引用されていたウイリアム・ギブソンの詩です。このギブソンって『ニューロマンサー』のギブソンかと昔から疑問だったんですが、やっぱりそうでした。引用されていたのは日本語訳でしたが、最近見つけた英語原文を見ると、やはり英語の方が良いですね。

岡崎京子の影響で日本では有名な詩になってしまいましたが、もともとギブソンファンの間でもレア物のようです。

THE BELOVED (VOICES FOR THREE HEADS)
BY WILLIAM GIBSON

III.

THIS CITY
IN PLAGUE TIME
KNEW OUR BRIEF ETERNITY

OUR BRIEF ETERNITY

OUR LOVE

OUR LOVE KNEW
THE BLANK WALLS AT STREET
LEVEL

OUR LOVE KNEW
THE FREQUENCY OF SILENCE

OUR LOVE KNEW
THE FLAT FIELD

WE BECAME FIELD OPERATORS
WE SOUGHT TO DECODE THE
LATTICES

TO PHASE-SHIFT TO NEW
ALIGNMENTS

TO PATROL THE DEEP FAULTS

TO MAP THE FLOW

LOOK AT THE LEAVES
HOW THEY CIRCLE
IN THE DRY FOUNTAIN

HOW WE SURVIVE
IN THE FLAT FIELD

2013年7月6日土曜日

さきがけ勉強会終わりました

さきがけ「細胞構成」第2期生の有志で行った勉強会(上高地)が終わりました。

天気はあいにくだったんですが、お互いの研究の深いところまで議論できて非常に有意義な会になりました。私は、ふだんは脳研究に囲まれているので、こうした機会に幅広い生物学に触れることができるのは、(自分の視野を広く保つ上でも)ありがたいです。
 
さきがけ「細胞構成」の、こういう協力的な雰囲気は良いですね。私にとっての楽園の一つです。

2013年7月1日月曜日

論文7/1/13

Nature
Hippocampal place-cell sequences depict future paths to remembered goals
Brad E. Pfeiffer & David J. Foster

Hierarchy of orofacial rhythms revealed through whisking and breathing
Jeffrey D. Moore, Martin Deschênes, Takahiro Furuta, Daniel Huber, Matthew C. Smear, Maxime Demers & David Kleinfeld

Hypothalamic programming of systemic ageing involving IKK-β, NF-κB and GnRH
Guo Zhang, Juxue Li, Sudarshana Purkayastha, Yizhe Tang, Hai Zhang, Ye Yin, Bo Li, Gang Liu & Dongsheng Cai

Structural and molecular interrogation of intact biological systems
Kwanghun Chung, Jenelle Wallace, Sung-Yon Kim, Sandhiya Kalyanasundaram,
Aaron S. Andalman, Thomas J. Davidson, Julie J. Mirzabekov, Kelly A. Zalocusky, Joanna Mattis, Aleksandra K. Denisin, Sally Pak, Hannah Bernstein, Charu Ramakrishnan, Logan Grosenick, Viviana Gradinaru & Karl Deisseroth

Rats maintain an overhead binocular field at the expense of constant fusion
Damian J. Wallace, David S. Greenberg, Juergen Sawinski, Stefanie Rulla, Giuseppe Notaro & Jason N. D. Kerr

Distinct behavioural and network correlates of two interneuron types in prefrontal cortex
D. Kvitsiani, S. Ranade, B. Hangya, H. Taniguchi, J. Z. Huang & A. Kepecs

Behaviour-dependent recruitment of long-range projection neurons in somatosensory cortex
Jerry L. Chen, Stefano Carta, Joana Soldado-Magraner, Bernard L. Schneider & Fritjof Helmchen

Nature Neuroscience

Circadian glucocorticoid oscillations promote learning-dependent synapse formation and maintenance
Conor Liston, Joseph M Cichon, Freddy Jeanneteau, Zhengping Jia, Moses V Chao and Wen-Biao Gan

Sublinear integration underlies binocular processing in primary visual cortex
Fabio Longordo, Minh-Son To, Kaori Ikeda and Greg J Stuart
  the output of binocular neurons and enhances orientation selectivity.

Adaptation maintains population homeostasis in primary visual cortex
Andrea Benucci, Aman B Saleem and Matteo Carandini

Segregation of cortical head direction cell assemblies on alternating theta cycles
Mark P Brandon, Andrew R Bogaard, Nathan W Schultheiss and Michael E Hasselmo

Circuit level defects in the developing neocortex of Fragile X mice
J Tiago Gonçalves, James E Anstey, Peyman Golshani and Carlos Portera-Cailliau

Neural coding during active somatosensation revealed using illusory touch
Daniel H O'Connor, S Andrew Hires, Zengcai V Guo, Nuo Li, Jianing Yu, Qian-Quan Sun, Daniel Huber & Karel Svoboda

Science
Neurotransmitter Switching in the Adult Brain Regulates Behavior
Davide Dulcis, Pouya Jamshidi, Stefan Leutgeb, Nicholas C. Spitzer

Neural Decoding of Visual Imagery During Sleep
T. Horikawa, M. Tamaki, Y. Miyawaki, Y. Kamitani

Geniculocortical Input Drives Genetic Distinctions Between Primary and Higher-Order Visual Areas
Shen-Ju Chou, Zoila Babot, Axel Leingärtner, Michele Studer,Yasushi Nakagawa, Dennis D. M. O'Leary

Multisensory Control of Hippocampal Spatiotemporal Selectivity
Pascal Ravassard, Ashley Kees, Bernard Willers, David Ho, Daniel Aharoni, Jesse Cushman, Zahra M. Aghajan, Mayank R. Mehta

Neuron
The Ventral Hippocampus Is the Embryonic Origin for Adult Neural Stem Cells in the Dentate Gyrus
Guangnan Li, Li Fang, Gloria Fernández, Samuel J. Pleasure

Recombinant Probes for Visualizing Endogenous Synaptic Proteins in Living Neurons
Garrett G. Gross, Jason A. Junge, Rudy J. Mora, Hyung-Bae Kwon, C. Anders Olson, Terry T. Takahashi, Emily R. Liman, Graham C.R. Ellis-Davies, Aaron W. McGee, Bernardo L. Sabatini, Richard W. Roberts, Don B. Arnold

Hippocampal "Time Cells": Time versus Path Integration
Benjamin J. Kraus, Robert J. Robinson, John A. White, Howard EiMichael E. Hasselmo

2013年6月27日木曜日

論文6/27/13

PNAS
Generation of induced neurons via direct conversion in vivo
Olof Torper, Ulrich Pfisterer, Daniel A. Wolf, Maria Pereira, Shong Lau, Johan Jakobsson, Anders Björklund, Shane Grealish, and Malin Parmar Science

Emergence of Individuality in Genetically Identical Mice
Julia Freund et al.

Current Biology
Locomotion Controls Spatial Integration in Mouse Visual Cortex
Asli Ayaz, Aman B. Saleem, Marieke L. Schölvinck, Matteo Carandini

Neuron
Imaging of Neural Ensemble for the Retrieval of a Learned Behavioral Program
Tazu Aoki, Masae Kinoshita, Ryo Aoki, Masakazu Agetsuma, Hidenori Aizawa, Masako Yamazaki, Mikako Takahoko, Ryunosuke Amo, Akiko Arata, Shin-ichi Higashijima, Takashi Tsuboi, Hitoshi Okamoto

Nature Methods 
Whole-brain functional imaging at cellular resolution using light-sheet microscopy
Misha B Ahrens, Michael B Orger, Drew N Robson, Jennifer M Li and Philipp J Keller

Frontiers in Neural Circuits 
Two-photon calcium imaging during fictive navigation in virtual environments Misha B. Ahrens, Kuo Hua Huang, Sujatha Narayan, Brett D. Mensh, and Florian Engert

Cell
Dynamics of Hippocampal Neurogenesis in Adult Humans
Kirsty L. Spalding, Olaf Bergmann, Kanar Alkass, Samuel Bernard, Mehran Salehpour, Hagen B. Huttner, Emil Boström, Isabelle Westerlund, Céline Vial, Bruce A. Buchholz, Göran Possnert, Deborah C. Mash, Henrik Druid, Jonas Frisén

2013年6月26日水曜日

特殊文字つきファイル名のファイルを削除する

Emacsなどのテキストエディタが異常終了した場合、#ファイル名#のようにファイル名がシャープでくくられた自動リカバリ用のファイルが生成されることがありますが、#はシェルのコメント記号なので、rmで削除したいときには ' または ” などのクオーテーションマークでファイル名全体をくくるか、バックスラッシュの後にファイル名全体を書くと、削除することができます。

学会おわりました

京都の学会でのシンポジウムは無事終わりました。

当日は多くの方々にご来場いただき、終了後には何人かの著名な先生方に面白かったと声をかけていただいて、大変うれしく思っています。

2時間ほどの小さなセッションでしたが、提案書の作成から始まって準備はほぼ1年がかりでした。当日が近づくにつれて調整や連絡の業務も増えてくるので、思っていたほど楽な仕事ではなかったのですが、機会があればまた別のテーマでオーガナイザーをしてみたいですね。

外国人スピーカーのS.L.博士とは、理研でセミナーをしていただいた後、一緒に新幹線で京都入りし、研究に関するさまざまな話をすることができました。私は海馬の分野では新参者なので、彼からは非常に学ぶことが多かったです。


2013年6月8日土曜日

お知らせ その7

6月20日に京都で行われるNeuro2013で、企画シンポジウム「海馬-嗅内皮質系における認知記憶情報のダイナミクス」のオーガナイザー兼、「生体における海馬神経回路活動の可視化」と題するトークのスピーカーを務めます。

たくさんの皆様のご参加をお待ちしています。

よろしくお願いします。

2013年6月7日金曜日

ssh接続でシェルスクリプトからmatlabスクリプトを実行するとき

ssh接続したサーバでシェルスクリプトからmatlabスクリプトを呼び出して実行したいとき、例えば、

「matlab -nodisplay -nosplash -r "mファイル名"」

と書いたシェルスクリプトを、nohupを用いたバックグラウンドジョブとして実行したいときがあると思うのですが、このとき標準入力を閉じておかないと、“bad file descriptor"というエラーが無限に繰り返し表示されたログ(放っておくと数十GBになってしまうことがある)が返されることがあります。

このようなときは忘れずに、
「nohup シェルスクリプト名 </dev/null &」
 として実行しましょう。

2013年5月28日火曜日

男性研究者の子育て その後

今年2月から家庭では保育園の送迎担当ですが、最近はソーセージの飾り切りやお弁当作りまでできるようになりました。

子供はかわいいですね。親になってはじめて、なんだか自分が悠久の昔から続く大きな生命の流れの一部になった気持ちがしたのですが、生物学的に見れば、遺伝や脳の発達の力ってすごいな、と日々思っています。

2013年5月19日日曜日

次の職探し2

どんな環境でも数年働けばおのずからわかることですが、「今の環境でできること」と「できないこと」(=つまり独立して研究するということ)もかなりはっきりしてきたので、その「できないこと」をすることの方に、より大きな興味をもち始めたというのもあります。

2013年5月18日土曜日

次の職探し

私の人生ではほぼ5年に一度の恒例行事なんですが、そろそろまたその時期がやってきました。

2013年5月15日水曜日

2013年5月14日火曜日

メンタリングで気をつけること その1

研究のグループが大きくなったり、共同研究が増えたりすると、複雑な人間関係のなかで研究することになりますが、自分が部下をもったときに気をつけないといけないこと、というのがいくつかあります。

おそらく一番大事なことは、「部下に対して敬意をもつ」ということですね。

彼らがなぜあなたのために働くのか?単にあなたが彼らに給料をはらっているからか、威圧的な態度でプレッシャーをかけているからか、あなたが彼らよりも職位が上だからなのか、あなたに対する人間的な尊敬が根底にあるからなのか、などなど、よくよく胸に手を当てて考えてみる必要があります。

そして彼らが働く時間と労力を無駄にしないために、仕事の迷走は避けなければいけません。上からの指示や判断がしょっちゅう変わると、部下は混乱し、彼らのモチベーションとパフォーマンスは下がります。人の上に立ったら、言行一致、首尾一貫というのが鉄則ですね。

部下が思ったような働きをしないとき、彼らを責めるのは見当違いです。自分のメンタリングに何か問題があるのではないか?と自省するような上司に、部下はついてゆきます。


2013年5月3日金曜日

研究費申請書の書き方上達法その6

科研費の書類審査をされたことのある某先生に雑談中にお伺いしたところ、読んで良いと思う申請書は「全体の2%くらい」だそうです。2%というのは50通に1つということです。

ま、もちろんこの数字は審査員の先生それぞれによっても異なるでしょうし(私のお話した先生は見る目の厳しい先生でしたので)、わざわざ上位2%に入らなくても、そこそこ上位であればたいていの研究費には通りますが 、自分で書いたものを読み直して「これは上位2%に入るかどうか」自問してみるのも一つの訓練かもしれません。

2013年4月30日火曜日

迷惑メールの謎

SfNの抄録の登録開始の案内メールが届かないなと思っていたら、10日も前に迷惑メールフォルダに入っていたのに今日気づきました。5/9締め切りなので結構急いで書かないといけません(連休明けの提出物がまた一つ増えました)。

webメールの迷惑メールフォルダに入っていたということは、世界中の多くの神経科学者がこれを迷惑メールとして報告していたんでしょうか??

2013年4月27日土曜日

matlabのちょっと便利な機能

長いプログラムの一部を変更して違うバージョンをいくつか作ったりすると、どこを変更したかわからなくなってくることがありますが、2つのファイルの内容を比較をするにはvisdiff関数が使えます。ファイルの比較だけでなくフォルダの内容の比較もできます。

それから、何時間もかかる計算でどれくらい進んだかを簡単に表示するには、waitbar関数があります。こういうの一から書こうと思うと結構手間なんですが、この関数を使うと2行で済むのでラクです。

2013年4月24日水曜日

最高のプロジェクトマネジメント

自分でできる人間に対しては完全放任に勝るマネジメントはありません。上は下の邪魔をしない。これに尽きます。

2013年4月23日火曜日

論文4/23/13

Neuron
Pyramidal Neurons Derived from Human Pluripotent Stem Cells Integrate Efficiently into Mouse Brain Circuits In Vivo
Ira Espuny-Camacho, Kimmo A. Michelsen, David Gall, Daniele Linaro, Anja Hasche, Jérôme Bonnefont, Camilia Bali, David Orduz, Angéline Bilheu, Adèle Herpoel, Nelle Lambert, Nicolas Gaspard, Sophie Péron, Serge N. Schiffmann, Michele Giugliano, Afsaneh Gaillard, Pierre Vanderhaeghen

A Cholinergic Mechanism for Reward Timing within Primary Visual Cortex
Alexander A. Chubykin, Emma B. Roach, Mark F. Bear, Marshall G. Hussain Shuler

Making Waves: Initiation and Propagation of Corticothalamic Ca2+ Waves In Vivo
Albrecht Stroh, Helmuth Adelsberger, Alexander Groh, Charlotta Rühlmann, Sebastian Fischer, Anja Schierloh, Karl Deisseroth, Arthur Konnerth

Hippocampal SWR Activity Predicts Correct Decisions during the Initial Learning of an Alternation Task
Annabelle C. Singer, Margaret F. Carr, Mattias P. Karlsson, Loren M. Frank

Modeling Autism by SHANK Gene Mutations in Mice
Yong-hui Jiang, Michael D. Ehlers

Imaging Patients with Psychosis and a Mouse Model Establishes a Spreading Pattern of Hippocampal Dysfunction and Implicates Glutamate as a Driver
Scott A. Schobel, Nashid H. Chaudhury, Usman A. Khan, Beatriz Paniagua, Martin A. Styner, Iris Asllani, Benjamin P. Inbar, Cheryl M. Corcoran, Jeffrey A. Lieberman, Holly Moore, Scott A. Small

Dynamic Reconfiguration of Hippocampal Interneuron Circuits during Spatial Learning
David Dupret, Joseph O'Neill, Jozsef Csicsvari

Nature Neuroscience
Memory, navigation and theta rhythm in the hippocampal-entorhinal system
György Buzsáki and Edvard I Moser

Cortico-cortical projections in mouse visual cortex are functionally target specific Lindsey L Glickfeld, Mark L Andermann, Vincent Bonin and R Clay Reid

Layer-specific excitatory circuits differentially control recurrent network dynamics in the neocortex
Riccardo Beltramo, Giulia D'Urso, Marco Dal Maschio, Pasqualina Farisello, Serena Bovetti, Yoanne Clovis, Glenda Lassi, Valter Tucci, Davide De Pietri Tonelli and Tommaso Fellin

Long-term dynamics of CA1 hippocampal place codes
Yaniv Ziv, Laurie D Burns, Eric D Cocker, Elizabeth O Hamel, Kunal K Ghosh, Lacey J Kitch, Abbas El Gamal and Mark J Schnitzer

Grid cells require excitatory drive from the hippocampus
Tora Bonnevie, Benjamin Dunn, Marianne Fyhn, Torkel Hafting, Dori Derdikman, John L Kubie, Yasser Roudi, Edvard I Moser and May-Britt Moser

Recurrent inhibitory circuitry as a mechanism for grid formation
Jonathan J Couey, Aree Witoelar, Sheng-Jia Zhang, Kang Zheng, Jing Ye, Benjamin Dunn, Rafal Czajkowski, May-Britt Moser, Edvard I Moser, Yasser Roudi and Menno P Witter

Cellular mechanisms of spatial navigation in the medial entorhinal cortex
Christoph Schmidt-Hieber and Michael Hausser

Science
Bat and Rat Neurons Differ in Theta-Frequency Resonance Despite Similar Coding of Space
James G. Heys et al.

Representation of Three-Dimensional Space in the Hippocampus of Flying Bats
Michael M. Yartsev and Nachum Ulanovsky

Optogenetic Dissection of Entorhinal-Hippocampal Functional Connectivity
Sheng-Jia Zhang et al.

Injectable, Cellular-Scale Optoelectronics with Applications for Wireless Optogenetics
Tae-il Kim et al.

J.Neurosci.
Dissociation between Dorsal and Ventral Hippocampal Theta Oscillations during Decision-Making Brandy Schmidt, James R. Hinman, Tara K. Jacobson, Emily Szkudlarek, Melissa Argraves, Monty A. Escabí, and Etan J. Markus

Nature

Inhibition dominates sensory responses in the awake cortex
Bilal Haider, Michael Häusser & Matteo Carandini

Concurrent activation of striatal direct and indirect pathways during action initiation
Guohong Cui, Sang Beom Jun, Xin Jin, Michael D. Pham, Steven S. Vogel, David M. Lovinger & Rui M. Costa

The emergence of functional microcircuits in visual cortex
Ho Ko, Lee Cossell, Chiara Baragli, Jan Antolik, Claudia Clopath, Sonja B. Hofer & Thomas D. Mrsic-Flogel

2013年4月22日月曜日

論文4/22/13

Nature Reviews Neuroscience
Power failure: why small sample size undermines the reliability of neuroscience
Katherine S. Button, John P. A. Ioannidis, Claire Mokrysz, Brian A. Nosek, Jonathan Flint, Emma S. J. Robinson & Marcus R. Munafó

Hippocampus
Influence of local objects on hippocampal representations: Landmark vectors and memory
Sachin S. Deshmukh and James J. Knierim

Rats use hippocampus to recognize positions of objects located in an inaccessible space
D. Levcik, T. Nekovarova, A. Stuchlik and D. Klement

Dynamic coding of dorsal hippocampal neurons between tasks that differ in structure and memory demand
Henry L. Hallock and Amy L. Griffin

J. Neurophys
High-performance execution of psychophysical tasks with complex visual stimuli in MATLAB
Wael F. Asaad, Navaneethan Santhanam, Steven McClellan, and David J. Freedman

Science
A Neural Circuit for Memory Specificity and Generalization
Wei Xu and Thomas C. Südhof

The Spatial and Temporal Origin of Chandelier Cells in Mouse Neocortex
Hiroki Taniguchi et al.

To Favor Survival Under Food Shortage, the Brain Disables Costly Memory
Pierre-Yves Plaçais and Thomas Preat

Fasting Launches CRTC to Facilitate Long-Term Memory Formation in Drosophila
Yukinori Hirano et al.

Current Biology
Reactivation of Neural Ensembles during the Retrieval of Recent and Remote Memory
Kaycie K. Tayler, Kazumasa Z. Tanaka, Leon G. Reijmers, Brian J. Wiltgen

Traces of Experience in the Lateral Entorhinal Cortex
Albert Tsao, May-Britt Moser, Edvard I. Moser

Source Memory in the Rat
Jonathon D. Crystal, Wesley T. Alford, Wenyi Zhou, Andrea G. Hohmann


Nature Methods
An optimized fluorescent probe for visualizing glutamate neurotransmission
Jonathan S Marvin, Bart G Borghuis, Lin Tian, Joseph Cichon, Mark T Harnett, Jasper Akerboom, Andrew Gordus, Sabine L Renninger, Tsai-Wen Chen, Cornelia I Bargmann, Michael B Orger, Eric R Schreiter, Jonathan B Demb, Wen-Biao Gan, S Andrew Hires and Loren L Looger


J. Neurosci
Tracking the Course of Hippocampal Representations during Learning: When Is the Map Required?
Lesley A. Schimanski, Peter Lipa, and Carol A. Barnes

Prefrontal Cortex Focally Modulates Hippocampal Place Cell Firing Patterns Vincent Hok, Ehsan Chah, Etienne Save, and Bruno Poucet

Mice Create What–Where–When Hippocampus-Dependent Memories of Unique Experiences
Laetitia Fellini and Fabio Morellini

The Postsubiculum and Spatial Learning: The Role of Postsubicular Synaptic Activity and Synaptic Plasticity in Hippocampal Place Cell, Object, and Object-Location Memory
David Bett, Cassie H. Stevenson, Kate L. Shires, Michael T. Smith, Stephen J. Martin, Paul A. Dudchenko, and Emma R. Wood Cerebral Cortex

Distinct Roles of Medial and Lateral Entorhinal Cortex in Spatial Cognition
Tiffany Van Cauter, Jeremy Camon, Alice Alvernhe, Coralie Elduayen, Francesca Sargolini, and Etienne Save

PNAS
In vivo quantitative proteomics of somatosensory cortical synapses shows which protein levels are modulated by sensory deprivation
Margaret T. Butko, Jeffrey N. Savas, Beth Friedman, Claire Delahunty, Ford Ebner, John R. Yates III, and Roger Y. Tsien

Spatially clustered neuronal assemblies comprise the microstructure of synchrony in chronically epileptic networks
Sarah Feldt Muldoon, Ivan Soltesz, and Rosa Cossart

Posttraining optogenetic manipulations of basolateral amygdala activity modulate consolidation of inhibitory avoidance memory in rats
Mary L. Huff, Rachel L. Miller, Karl Deisseroth, David E. Moorman, and Ryan T. LaLumiere

Learning and Memory
Cell-type specific inactivation of hippocampal CA1 disrupts location-dependent object recognition in the mouse
Jakob Haettig, Yanjun Sun, Marcelo A. Wood, and Xiangmin Xu

PLoS Biology
Impairment of TrkB-PSD-95 Signaling in Angelman Syndrome
Cong Cao, Mengia S. Rioult-Pedotti, Paolo Migani, Crystal J. Yu, Rakesh Tiwari, Keykavous Parang, Mark R. Spaller, Dennis J. Goebel, John Marshall


Frontiers in Aging Neuroscience
Spatial navigational strategies correlate with gray matter in the hippocampus of healthy older adults tested in a virtual maze
Kyoko Konishi and Véronique D. Bohbot


Frontiers in Molecular Neuroscience

Genetically encoded calcium indicators for multi-color neural activity imaging and combination with optogenetics
Jasper Akerboom, Nicole Carreras Calderón, Lin Tian, Sebastian Wabnig, Matthias Prigge, Johan Tolö, Andrew Gordus, Michael B. Orger, Kristen E. Severi, John J. Macklin, Ronak Patel, Stefan R. Pulver, Trevor J. Wardill, Elisabeth Fischer, Christina Schüler, Tsai-Wen Chen, Karen S. Sarkisyan, Jonathan S. Marvin, Cornelia I. Bargmann, Douglas S. Kim, Sebastian Kügler, Leon Lagnado, Peter Hegemann, Alexander Gottschalk, Eric R. Schreiter, and Loren L. Looger

2013年4月20日土曜日

科研費審査開示2

出張で2日くらい見ないだけでも、子供って成長するもんだなと思っています。

ところで、今年度の科研費の審査結果の開示が始まり、不採択になった方の課題のスコアがわかったのですが、あまりに低かったのでちょっとビックリしちゃいました。

メインでないプロジェクトは、内容の面白さや予備データの厚み、計画の緻密さの点で、書いても採択にまで至るのはなかなか難しいですね。やはりこういうものは「自分の強みで勝負する」というのが基本のようです。

2013年4月15日月曜日

もうすぐ領域会議

あまりに忙しくて最近はまともに更新できていません。

あさってからは「さきがけ」の領域会議です。

そもそも私は神経科学者でありながら、システム合成生物学の領域で採択された時点で、神経科学者としては異端だと思っているのですが、異端上等ってことで、このまま突っ走りたいと思います。

研究は、また新たな次元に入ってきました。おもしろいですね。

2013年4月11日木曜日

今年度の体制

新たに研究員1名、テクニカルスタッフ1名がプロジェクトに参加することになり、私自身を含めて5名のグループになりました。

複数の研究費による複数のプロジェクトが同時に走るようになったので、マネジメントにもそれなりの工夫が必要です。

2013年4月6日土曜日

2013年4月3日水曜日

研究の進捗を早めるコツ

研究の結果や方向性を相談するときに、自分が一番信用できると思える人に最初から相談するのが良いですね。そうでない人に聞いても、「この人はこう言っているけど、あの人だったらどうなのだろう」と聞き直さなければいけないのは二度手間になります。

そういう意味では、研究の相談だけにとどまらず、物事の進むスピードを早める一般的なコツがあるとしたら、「二度手間をなくす」 ということに尽きるのかもしれません。ちなみに、私は本当に「二度手間」が嫌いで(「二度手間」は一言で言えば「人生の無駄」です)、同じことを二回言われたり、他人に対して言わなくてはいけない状況(特に「報告」)に陥ると、暗澹たる気分になります。

仕事をよく考えないうちに始めてしまい、あるところで全部やり直さなくてはいけないとしたら、これは壮大な二度手間になります。なので、仕事はよく考えてから始め(得られる結果から何らかの結論が導けるようにデザインする、もしくは成功の判断基準を明確にしておく)、一度で終わらせるというのが吉です。

2013年4月1日月曜日

科研費内定情報を見る

例年だったら外部資金部からのメールで採否を知るんですが、今年はe-radの科研費申請システムの「応募者向けメニュー」の「交付内定時の手続き」(または「交付決定後の手続き」)という欄に、すでに内定した課題が表示されています。

ちなみにエープリルフールではない、本当の話です。

2013年3月29日金曜日

幻想的な風景

研究所の近く、和光樹林公園と朝霞駐屯地の南側の道路に結構な長さの桜並木があるのですが、満開の今の時期、車の通りの少ない夜に走っていると大変幻想的な気分になります。

2013年3月19日火曜日

理想の研究体制

生理学ではまだ結構多く見かけるのですが、私がアメリカで書いた論文のように、著者が自分とボスの2人だけ、というのが本来は一番良いですね。

英語で言うと"jump on the bandwagon"、日本語で言うと「おみこしワッショイ」のように、どんどん著者の数が増えてくるというのは、本来はあまり好ましいことではありません。だんだん科学から離れて「政治」になっていく気がします。良い研究をするためにはチームは少数精鋭で、というのが原則でしょう。

2013年2月28日木曜日

CRESTシンポ

先日はJST CREST「生命システムの動作原理と基盤技術」領域の公開シンポジウムに参加してポスター発表を行いました。

私の所属するJSTさきがけ「細胞構成」は、平成18年度に始まった「生命システム」の後継領域ということになっているそうなのですが、シンポジウムでは、そちらのさきがけ研究者の何名かの方々とお知り合いになれて、非常に有意義な会になりました。

CRESTの先生方の講演も、どの方も「自分の研究」を確立されている方ばかりで、さすがという感じでした。 ああいうレベルになりたいですね。

2013年2月26日火曜日

リモートホストでmatlabを使った解析をするとき

ssh接続した後、”matlab -nodisplay -nosplash”とオプションをつけて起動すると、CUIモードでmファイルが実行できます。

2013年2月8日金曜日

2013年1月25日金曜日

ほっと一息

neuro2013の抄録の登録も済んで、ようやく一段落です。

研究は、また新たなステージに入りました。多くの人たちの努力に支えられていることを再認識しています。大変ありがたいことです。

2013年1月12日土曜日

epstopdfのエラー

.epsファイルを.pdfファイルに変換してくれる便利なepstopdfですが、何度やっても"unable to open the initial device, quitting"というエラーがでるなと思っていたら、ファイル名に"%"が含まれているのがいけなかったみたいですね。除いたら変換できました     

2013年1月10日木曜日

脱皮が必要

収穫の多い関西出張になりました。自分に欠けているものがはっきりとわかったというか...これでは全然いけません。

2013年1月8日火曜日

お知らせ その6

明日、大阪大学産業科学研究所で「海馬神経回路ダイナミクスのin vivoイメージング」というセミナーを行います。昨年11月の名古屋での内容に、さらに新しい内容を加えてのトークです。翌日は京都大学を訪問します。久々の関西出張で楽しみです。よろしくどうぞ。

2013年1月6日日曜日

最近読んだ面白い本

米国カーネギーメロン大の金出武雄先生の書いた『独創はひらめかない』(日本経済新聞出版社)は、読んでて正論というか痛快というか、研究者が独創性について語った本の中では、面白い本でした(実はこれって結構珍しいことなのではないかと思っています)。

金出先生の名前はバイオの人にはあまり知られていないと思いますが、コンピュータヴィジョンの分野では非常に有名な先生です。画像中の物体を追従するアルゴリズムにLucas-Kanade法というのがあるのですが、それを発明したのが金出先生です。

Lucas-Kanade法って、無麻酔動物のin vivoイメージングの画像ブレ補正のアルゴリズムにも使われていますよね(Greenberg and Kerr, J Neurosci Methods, 2009)。 ちなみにImage StabilizerっていうImageJのpluginもあります。あんまり大きなブレは除けないみたいですけど。