2012年12月30日日曜日

仕事納め、その後

大晦日+正月三が日分の自動バッチ解析のスクリプトを書いているんですが、つまらないタイポとかで途中で止まらないよう、結構気を使います。

いや、でもこれ計算全部で4日間で終わるんだろうか・・・休み明けで研究室に出てきても、まだ動いてそうですね。

2012年12月29日土曜日

論文12/27/12

PNAS
Neuronal code for extended time in the hippocampus
Emily A. Mankin, Fraser T. Sparks, Begum Slayyeh, Robert J. Sutherland, Stefan Leutgeb, and Jill K. Leutgeb

General anesthesia selectively disrupts astrocyte calcium signaling in the awake mouse cortex
Alexander Stanley Thrane, Vinita Rangroo Thrane, Douglas Zeppenfeld, Nanhong Lou, Qiwu Xu, Erlend Arnulf Nagelhus, and Maiken Nedergaard

PLoS Biology
Human-Specific Histone Methylation Signatures at Transcription Start Sites in Prefrontal Neurons
Hennady P. Shulha, Jessica L. Crisci, Denis Reshetov, Jogender S. Tushir, Iris Cheung, Rahul Bharadwaj, Hsin-Jung Chou, Isaac B. Houston, Cyril J. Peter, Amanda C. Mitchell, Wei-Dong Yao, Richard H. Myers, Jiang-fan Chen, Todd M. Preuss, Evgeny I. Rogaev, Jeffrey D. Jensen, Zhiping Weng, Schahram Akbarian

J Neurophys
Choice ball: a response interface for two-choice psychometric discrimination in head-fixed mice
Joshua I. Sanders and Adam Kepecs

Brain surface temperature under a craniotomy
Abigail S. Kalmbach and Jack Waters

Science
Pheromonal Induction of Spatial Learning in Mice
Sarah A. Roberts, Amanda J. Davidson, Lynn McLean, Robert J. Beynon, Jane L. Hurst

Transcriptional Architecture and Chromatin Landscape of the Core Circadian Clock in Mammals
Nobuya Koike et al.

Orbitofrontal Cortex Supports Behavior and Learning Using Inferred But Not Cached Values
Joshua L. Jones et al.

Frontiers in Aging Neuroscience
Virtual navigation strategies from childhood to senescence: evidence for changes across the life span
Veronique D. Bohbot, Sam McKenzie, Kyoko Konishi, Celine Fouquet, Vanessa Kurdi, Russel Schachar, Michel Boivin, and Philippe Robaey

Cell
Noninvasive Imaging beyond the Diffraction Limit of 3D Dynamics in Thickly Fluorescent Specimens
Liang Gao, Lin Shao, Christopher D. Higgins, John S. Poulton, Mark Peifer, Michael W. Davidson, Xufeng Wu, Bob Goldstein, Eric Betzig

Nature
A map of visual space in the primate entorhinal cortex
Nathaniel J. Killian, Michael J. Jutras & Elizabeth A. Buffalo

Synaptic amplification by dendritic spines enhances input cooperativity
Mark T. Harnett, Judit K. Makara, Nelson Spruston, William L. Kath & Jeffrey C. Magee

Nonlinear dendritic integration of sensory and motor input during an active sensing task
Ning-long Xu, Mark T. Harnett, Stephen R. Williams, Daniel Huber, Daniel H. O’Connor, Karel Svoboda & Jeffrey C. Magee

Hippocampal–cortical interaction during periods of subcortical silence
N. K. Logothetis, O. Eschenko, Y. Murayama, M. Augath, T. Steudel, H. C. Evrard, M. Besserve & A. Oeltermann

A prefrontal cortex–brainstem neuronal projection that controls response to behavioural challenge
Melissa R. Warden, Aslihan Selimbeyoglu, Julie J. Mirzabekov, Maisie Lo, Kimberly R. Thompson, Sung-Yon Kim, Avishek Adhikari, Kay M. Tye, Loren M. Frank & Karl Deisseroth

Inhibition dominates sensory responses in the awake cortex
Bilal Haider, Michael Häusser & Matteo Carandini

The entorhinal grid map is discretized
Hanne Stensola, Tor Stensola, Trygve Solstad, Kristian Frøland, May-Britt Moser & Edvard I. Moser

Neuron
Dynamic Sensory Representations in the Olfactory Bulb: Modulation by Wakefulness and Experience
Hiroyuki K. Kato, Monica W. Chu, Jeffry S. Isaacson, Takaki Komiyama

Nature Neuroscience
OLM interneurons differentially modulate CA3 and entorhinal inputs to hippocampal CA1 neurons
Richardson N Leão, Sanja Mikulovic, Katarina E Leão, Hermany Munguba, Henrik Gezelius, Anders Enjin, Kalicharan Patra, Anders Eriksson, Leslie M Loew, Adriano B L Tort and Klas Kullander

Reorganization of cortical population activity imaged throughout long-term sensory deprivation
David J Margolis, Henry Lütcke, Kristina Schulz, Florent Haiss, Bruno Weber, Sebastian Kügler, Mazahir T Hasan and Fritjof Helmchen

Synaptic scaffold evolution generated components of vertebrate cognitive complexity
Jess Nithianantharajah, Noboru H Komiyama, Andrew McKechanie, Mandy Johnstone, Douglas H Blackwood, David St Clair, Richard D Emes, Louie N van de Lagemaat, Lisa M Saksida, Timothy J Bussey and Seth G N Grant

Evolution of GluN2A/B cytoplasmic domains diversified vertebrate synaptic plasticity and behavior
Tomás J Ryan, Maksym V Kopanitsa, Tim Indersmitten, Jess Nithianantharajah, Nurudeen O Afinowi, Charles Pettit, Lianne E Stanford, Rolf Sprengel, Lisa M Saksida, Timothy J Bussey, Thomas J O'Dell, Seth G N Grant and Noboru H Komiyama

Nature Methods
Two-photon optogenetic toolbox for fast inhibition, excitation and bistable modulation
Rohit Prakash, Ofer Yizhar, Benjamin Grewe, Charu Ramakrishnan, Nancy Wang, Inbal Goshen, Adam M Packer, Darcy S Peterka, Rafael Yuste, Mark J Schnitzer and Karl Deisseroth

Two-photon optogenetics of dendritic spines and neural circuits
Adam M Packer, Darcy S Peterka, Jan J Hirtz, Rohit Prakash, Karl Deisseroth and Rafael Yuste

Fast multicolor 3D imaging using aberration-corrected multifocus microscopy
Sara Abrahamsson, Jiji Chen, Bassam Hajj, Sjoerd Stallinga, Alexander Y Katsov, Jan Wisniewski, Gaku Mizuguchi, Pierre Soule, Florian Mueller, Claire Dugast Darzacq, Xavier Darzacq, Carl Wu, Cornelia I Bargmann, David A Agard, Maxime Dahan and Mats G L Gustafsson

J.Neurosci
High-Frequency Hippocampal Oscillations Activated by Optogenetic Stimulation of Transplanted Human ESC-Derived Neurons
Juan C. Piña-Crespo, Maria Talantova, Eun-Gyung Cho, Walid Soussou, Nima Dolatabadi, Scott D. Ryan, Rajesh Ambasudhan, Scott McKercher, Karl Deisseroth, and Stuart A. Lipton

Long-Term Stabilization of Place Cell Remapping Produced by a Fearful Experience
Melissa E. Wang, Ellen G. Wann, Robin K. Yuan, Manuel M. Ramos Álvarez, Squire M. Stead, and Isabel A. Muzzio

HippocampusCognitive demands induce selective hippocampal reorganization: Arc expression in a place and response task
Brandy Schmidt, Elham Satvat, Melissa Argraves, Etan J. Markus and Diano F. Marrone


仕事納め

一応、職場のカレンダーではそうなっているのですが、ぜんぜん納まらないですね。去年の今頃からは考えられないくらい忙しくなった2012年の暮れでした。

2012年12月20日木曜日

非windowsプラットフォームのmatlabから.xlsファイルを書き出す

一応matlabにはxlswriteというexcelファイルを書き出すための関数があるんですが、windows以外のmatlabでは動かない、というのは良く知られた話らしいです。

これを回避するために、Javaベースのxlwriteという関数がmatlab centralに公開されています。javaaddpathで添付JARファイルへのパスを書き加えておけば、あとはほとんどxlswrite関数の書式と同じに使えます。

2012年12月12日水曜日

matlabで大きなデータファイルを扱うとき

64bit版を使っていれば昔のように2GBに制限されることはないんですが、たくさんのfigureを表示したりするとJava heap spaceのメモリエラーがでることがあるので、メニューバーの"Preference"の"Jave Heap Memory"からJava heap sizeを大きくとっておくといいかもしれません。

ついでに.matフォーマットでデータを書き出す場合は、同じ"Preference"のMAT-FilesからMAT-file save formatを-v7.3にしておくと吉です。

2012年12月5日水曜日

研究費申請書書き方の上達法その5

研究費ではないんですが、例えば、かつてスタートアップだったDropboxがY combinatorに応募したときの応募書類を読んでみると、「なるほど」と思うところが必ずあります。