2012年11月30日金曜日

matlabでHDF5のデータセットを更新する

matlabにはHDF5フォーマットのデータファイルを簡単に読み書きできる便利な関数のセットがありますが、難点はh5writeを使ってデータセットを上書き更新することができないことです。(h5writeattではアトリビュートの上書き更新ができるのですが...)

データセットを更新するためには、対象となるデータセットを一旦削除して、新たに書き込むという作業が必要になります。matlabではH5Lライブラリのdeleteという関数を使うことになりますが、例えば

fid = H5F.open(’ファイル名','H5F_ACC_RDWR','H5P_DEFAULT');
        H5L.delete(fid,'削除したいデータセット,'H5P_DEFAULT');
        H5F.close(fid);

で削除することができます。

2012年11月29日木曜日

ログアウトしてもバックグラウンドジョブを継続するには

リモート接続で時間のかかる処理をするとき、普通に実行するとログアウトに伴ってジョブが終了してしまいます。

そういうときには”nohup (コマンド) &”で実行すると、ログアウトしたあともバックグラウンドジョブが継続されます。これだと家や出張先から新たな解析を走らせることができて、時間が有効に使えます。

2012年11月24日土曜日

客観的な視点を保つ

名古屋への出張は大変意義深いものになりました。関係者の皆様ありがとうございました。

やっぱり自分の仕事場から出て外の世界を見るのは大事だと思いました。自分の周囲の当たり前が世間の当たり前だと錯覚してしまうのは、かなりヤバいです。

2012年11月19日月曜日

お知らせ その5

今週21日(水)に名古屋で開かれる計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会2012で「バーチャルリアリティ環境下におけるマウス深部脳神経回路活動のイメージング」と題する講演を行います。

翌22日(木)は名古屋大学大学院理学研究科で大学院セミナー「海馬神経回路ダイナミクスのin vivoイメージング」 を行います。

よろしくどうぞ。

2012年11月16日金曜日

急な「在宅勤務」に備える

子供が熱を出したので、妻と交代で世話をするために午前中で早退しました。

データ解析やプログラミングは家でできるので、こういうときにはありがたいです。昼寝から起きた子供を片手で抱っこしながら、もう一方の手でキーボードを叩いて「在宅勤務」をしています。研究室でやるより仕事がはかどるのでは、というもっともらしいウワサもあります。

ターミナルのscpコマンドを使うと、リモートホストで解析した結果のファイルをローカルに転送できるのですが、そのときに唱える呪文は、

scp -P ポート番号 ユーザー@リモートホストのIPアドレス:ディレクトリへのパス/ファイル名 ローカルのディレクトリへのパス

です。

2012年11月14日水曜日

独立をめざすわけ3

あ、あと、いい歳こいて独立してないと、ちょっと恥ずかしいというのもあります。肩身が狭いというか。能力的には違いがなくても、いつまでも半人前と思われているような感じです。

2012年11月10日土曜日

独立をめざすわけ2

JSTの「さきがけ」は、日本ではアメリカのNIH grant K99/R00 (Pathway to Independence Award)のような独立への橋渡しをするようなグラント(transition grant)という位置づけになると思うんですが(ただし、制度としてK99は「さきがけ」よりもずっと後にできたものです)、JSTの事務手続き上でも、さきがけ研究者は一応「研究管理職」(つまりprincipal investigator)ってことになっています。

ま、「個人研究」ってことなので、劇団ひとりならぬ「ひとり研究室」なんですが、実体としての研究室はまだ間借りであっても、身分上はすでに半分独立していることになります。

これって、研究者の成長過程で言えば、「なんとなく歯が抜けかかっててブラブラと中途半端な感じ」なので、どうせならがんばって早く永久歯に生え変わろうと思っています。

2012年11月7日水曜日

怒濤の毎日

毎日めちゃくちゃ忙しいです。

滝に打たれるというか、 急流を下るというか、そんな感じです。
(実はどちらもしたことはないのですが・・・あくまで想像です。)