2012年10月30日火曜日

独立をめざすわけ

ふと周囲を見渡してみると、自分のヴィジョンを実現するにはやはり独立しなければと思うことが増えました。

自分の仕事の価値は誰よりも自分自身が一番良くわかっていますし、今なら完全に自分の裁量で研究できた方が、より生産的になれそうな気がします。

2012年10月28日日曜日

研究費申請書の書き方上達法その4

研究費申請書というより文章一般(当然論文を含む)に通じることですが、言葉として書かれた文章は、いわば著者の考えの「モデル」だということができます。

なので、一度書いた文章を読み直してみて自分の頭の中にあるアイデアと比較し、 正しく表現されていないと思うところを直してまた読み直す、という作業を続けていけば、有限回数の繰り返しによって、書いた文章と自分のアイデアの誤差が無視できるほど小さくなる点(すなわち文章の完成点)にまで到達できるはずです。

読んで直す、ということに関しては、自分の書いた文章を客観的に読める覚めた目が必要ですね。自分が査読者だったら読んでどこに疑問をもつか?その疑問に申請書は答えているか?言うは易しですが、自分の書いたものに関して自分自身が一番厳しい批評者になれるということが、おそらく一流の文章家に必要な資質なのでしょう。

申請書はどのような点について十分書かれていなければならないか、ということに関してはNIH grantのpeer review criteria and considerationsとかを参考にするといいでしょう。科研費に関するこのような項目のリストも探せばどこかに(例えば公表された審査結果のスコアのリストに)見つかるはずです。

あと、これは重要なことですが、申請書がどんなに良く書かれていたとしても、業績や予備データの不足を補うことはおそらくできません。

なので、まずは努力して論文(なければ最低でも実現性を示せるだけのひと揃いの予備データ)を出すのが吉かなと。申請書書き方うんぬんの議論は、実はその先の話です。

2012年10月26日金曜日

ヴァーチャル O O O

科研費の書類を作成しているときに、BootCampでいちいち再起動してMacとWindowsをいったりきたりするのが面倒くさくなったので、Mac上で動くヴァーチャルマシン(仮想マシン)のソフトウェアであるVMware Fusion5を導入しました。

VMware FusionからBootCampのパーティションを直接呼び出すことができるので、パーティションの再設定やWindowsの再インストールなどを行うことなく仮想マシン環境に移行できます。再起動せずにWindowsが動くのは便利なのですが、実行速度はBootCampに比べると(当然ながら)ちょっと遅いかなと。使い勝手を選ぶときは仮想マシン、速度を重視するときはBootCampと使い分けるのが良さそうです。

2012年10月23日火曜日

「覚醒」と「行動」の違い

論文やポスターのタイトルで"awake mice”とか"behaving mice"とか、よく見かけるようになったんですが、この2つは似ているようで違います。

行動中の動物からの記録は、当然行動のパラメータも同時に記録しなくてはいけませんが、覚醒動物からの記録は「単に麻酔していない(あるいは麻酔から覚ました)動物から記録しただけ」という場合もあって、その場合2つの間には実験の難易度や厳密さに質的な違いが存在します。

2012年10月22日月曜日

SfN2012その後

今年は(というか、今年も)、結局SfNには行かなかったんですが、行ってきた同僚の話や検索した抄録の内容からすると、私の分野はますますかなりの速いスピードで進んでいますね。

これまでは足元を固めるのに集中していたんですが、さすがに来年あたりは発表して存在感を示しておく必要がありそうです。どこを落としどころにするかはよくよく考えないといけません。


2012年10月19日金曜日

論文10/19/12

J. Neurosci
Spatial Information Outflow from the Hippocampal Circuit: Distributed Spatial Coding and Phase Precession in the Subiculum
Steve M. Kim, Surya Ganguli, and Loren M. Frank

Navigating the Auditory Scene: An Expert Role for the Hippocampus
Sundeep Teki, Sukhbinder Kumar, Katharina von Kriegstein, Lauren Stewart, C. Rebecca Lyness, Brian C. J. Moore, Brian Capleton, and Timothy D. Griffiths

Reward Cues in Space: Commonalities and Differences in Neural Coding by Hippocampal and Ventral Striatal Ensembles
Carien S. Lansink, Jadin C. Jackson, Jan V. Lankelma, Rutsuko Ito, Trevor W. Robbins, Barry J. Everitt, and Cyriel M.A. Pennartz

Elimination of Dendritic Spines with Long-Term Memory Is Specific to Active Circuits
Jeff Sanders, Kiriana Cowansage, Karsten Baumgärtel, and Mark Mayford

Disruption of Dentate Gyrus Blocks Effect of Visual Input on Spatial Firing of CA1 Neurons
Jong Won Lee, Woon Ryoung Kim, Woong Sun, and Min Whan Jung

Optimization of a GCaMP Calcium Indicator for Neural Activity Imaging
Jasper Akerboom, Tsai-Wen Chen, Trevor J. Wardill, Lin Tian, Jonathan S. Marvin, Sevinç Mutlu, Nicole Carreras Calderón, Federico Esposti, Bart G. Borghuis, Xiaonan Richard Sun, Andrew Gordus, Michael B. Orger, Ruben Portugues, Florian Engert, John J. Macklin, Alessandro Filosa, Aman Aggarwal, Rex A. Kerr, Ryousuke Takagi, Sebastian Kracun, Eiji Shigetomi, Baljit S. Khakh, Herwig Baier, Leon Lagnado, Samuel S.-H. Wang, Cornelia I. Bargmann, Bruce E. Kimmel, Vivek Jayaraman, Karel Svoboda, Douglas S. Kim, Eric R. Schreiter, and Loren L. Looger

Hippocampus 
Dynamics of decision‐related activity in hippocampus
Julien Catanese, Erika Cerasti, Michaël Zugaro, Alessandro Viggiano and Sidney I. Wiener

PNAS
Functional anatomy of neural circuits regulating fear and extinction
Ewelina Knapska, Matylda Macias, Marta Mikosz, Aleksandra Nowak, Dorota Owczarek, Marcin Wawrzyniak, Marcelina Pieprzyk, Iwona A. Cymerman, Tomasz Werka, Morgan Sheng, Stephen Maren, Jacek Jaworski, and Leszek Kaczmarek

J. Neurophys
Imaging neural circuit dynamics with a voltage-sensitive fluorescent protein Walther Akemann, Hiroki Mutoh, Amélie Perron, Yun Kyung Park, Yuka Iwamoto, and Thomas Knöpfel

Nat Methods
Improving FRET dynamic range with bright green and red fluorescent proteins
Amy J Lam, François St-Pierre, Yiyang Gong, Jesse D Marshall, Paula J Cranfill, Michelle A Baird, Michael R McKeown, Jörg Wiedenmann, Michael W Davidson, Mark J Schnitzer, Roger Y Tsien and Michael Z Lin

Nature Neuroscience
Pattern and not magnitude of neural activity determines dendritic spine stability in awake mice
Ryan M Wyatt, Elaine Tring and Joshua T Trachtenberg

Segmentation of spatial experience by hippocampal theta sequences
Anoopum S Gupta, Matthijs A A van der Meer, David S Touretzky and A David Redish

pHTomato, a red, genetically encoded indicator that enables multiplex interrogation of synaptic activity
Yulong Li and Richard W Tsien

Dissecting spatial knowledge from spatial choice by hippocampal NMDA receptor deletion
David M Bannerman, Thorsten Bus, Amy Taylor, David J Sanderson, Inna Schwarz, Vidar Jensen, Øivind Hvalby, J Nicholas P Rawlins, Peter H Seeburg and Rolf Sprengel

Behavior-dependent specialization of identified hippocampal interneurons
Damien Lapray, Balint Lasztoczi, Michael Lagler, Tim James Viney, Linda Katona, Ornella Valenti, Katja Hartwich, Zsolt Borhegyi, Peter Somogyi and Thomas Klausberger

Transient stimulation of distinct subpopulations of striatal neurons mimics changes in action value
Lung-Hao Tai, A Moses Lee, Nora Benavidez, Antonello Bonci and Linda Wilbrecht

Neural encoding of competitive effort in the anterior cingulate cortex
Kristin L Hillman and David K Bilkey

Orchestrated experience-driven Arc responses are disrupted in a mouse model of Alzheimer's disease
Nikita Rudinskiy, Jonathan M Hawkes, Rebecca A Betensky, Megumi Eguchi, Shun Yamaguchi, Tara L Spires-Jones and Bradley T Hyman

Path integration: how the head direction signal maintains and corrects spatial orientation
Stephane Valerio and Jeffrey S Taube

Biasing the content of hippocampal replay during sleep
Daniel Bendor and Matthew A Wilson

Humans can learn new information during sleep
Anat Arzi, Limor Shedlesky, Mor Ben-Shaul, Khitam Nasser, Arie Oksenberg, Ilana S Hairston and Noam Sobel

Neuron
Cell-Type-Specific Recruitment of Amygdala Interneurons to Hippocampal Theta Rhythm and Noxious Stimuli In Vivo
Thomas C.M. Bienvenu, Daniela Busti, Peter J. Magill, Francesco Ferraguti, Marco Capogna

Similarity of Visual Selectivity among Clonally Related Neurons in Visual Cortex
Gen Ohtsuki, Megumi Nishiyama, Takashi Yoshida, Tomonari Murakami, Mark Histed, Carlos Lois, Kenichi Ohki

Associative Fear Learning Enhances Sparse Network Coding in Primary Sensory Cortex
Amos Gdalyahu, Elaine Tring, Pierre-Olivier Polack, Robin Gruver, Peyman Golshani, Michael S. Fanselow, Alcino J. Silva, Joshua T. Trachtenberg

Traveling Theta Waves along the Entire Septotemporal Axis of the Hippocampus
Jagdish Patel, Shigeyoshi Fujisawa, Antal Berényi, Sébastien Royer, György Buzsáki

Enhancement of Dorsal Hippocampal Activity by Knockdown of HCN1 Channels Leads to Anxiolytic- and Antidepressant-like Behaviors
Chung Sub Kim, Payne Y. Chang, Daniel Johnston

Human-Specific Transcriptional Networks in the Brain
Genevieve Konopka, Tara Friedrich, Jeremy Davis-Turak, Kellen Winden, Michael C. Oldham, Fuying Gao, Leslie Chen, Guang-Zhong Wang, Rui Luo, Todd M. Preuss, Daniel H. Geschwind

Transient Slow Gamma Synchrony Underlies Hippocampal Memory Replay
Margaret F. Carr, Mattias P. Karlsson, Loren M. Frank

REM Sleep Reorganizes Hippocampal ExcitabilityAndres D. Grosmark, Kenji Mizuseki, Eva Pastalkova, Kamran Diba, György Buzsáki 

Sensorimotor Mismatch Signals in Primary Visual Cortex of the Behaving Mouse
Georg B. Keller, Tobias Bonhoeffer, Mark Hübener


Science
Memory's Penumbra: Episodic Memory Decisions Induce Lingering Mnemonic Biases
Katherine Duncan et al.

The Connectome of a Decision-Making Neural Network
Travis A. Jarrell et al.

Hippocampal Place Fields Emerge upon Single-Cell Manipulation of Excitability During Behavior
Doyun Lee et al.

Neural Representations of Location Composed of Spatially Periodic Bands
Julija Krupic et al.

Neighborhood Effects on the Long-Term Well-Being of Low-Income Adults
Jens Ludwig, Greg J. Duncan, Lisa A. Gennetian, Lawrence F. Katz, Ronald C. Kessler, Jeffrey R. Kling, and Lisa Sanbonmatsu

Shared Synaptic Pathophysiology in Syndromic and Nonsyndromic Rodent Models of Autism
Stéphane J. Baudouin, Julien Gaudias, Stefan Gerharz, Laetitia Hatstatt, Kuikui Zhou, Pradeep Punnakkal, Kenji F. Tanaka, Will Spooren, Rene Hen, Chris I. De Zeeuw,Kaspar Vogt, and Peter Scheiffele

Network Resets in Medial Prefrontal Cortex Mark the Onset of Behavioral Uncertainty
Mattias P. Karlsson, Dougal G. R. Tervo, and Alla Y. Karpova

Nature
Activity in motor–sensory projections reveals distributed coding in somatosensation
Leopoldo Petreanu, Diego A. Gutnisky, Daniel Huber, Ning-long Xu, Dan H. O’Connor et al.







An anatomically comprehensive atlas of the adult human brain transcriptome
Michael J. Hawrylycz, et al.

Division and subtraction by distinct cortical inhibitory networks in vivo
Nathan R. Wilson, Caroline A. Runyan, Forea L. Wang & Mriganka Sur

Nonlinear dendritic processing determines angular tuning of barrel cortex neurons in vivo
Maria Lavzin, Sophia Rapoport, Alon Polsky, Liora Garion & Jackie Schiller

Genetic dissection of the circuit for hand dexterity in primates
Masaharu Kinoshita, Ryosuke Matsui, Shigeki Kato, Taku Hasegawa, Hironori Kasahara et al.

Programmable single-cell mammalian biocomputers
Simon Ausländer, David Ausländer, Marius Müller, Markus Wieland & Martin Fussenegger

Complex brain and optic lobes in an early Cambrian arthropod
Xiaoya Ma, Xianguang Hou, Gregory D. Edgecombe & Nicholas J. Strausfeld

A neural circuit for spatial summation in visual cortex
Hillel Adesnik, William Bruns, Hiroki Taniguchi, Z. Josh Huang & Massimo Scanziani

Intrinsically determined cell death of developing cortical interneurons
Derek G. Southwell, Mercedes F. Paredes,
Rui P. Galvao, Daniel L. Jones, Robert C. Froemke, Joy Y. Sebe,
Clara Alfaro-Cervello, Yunshuo Tang, Jose M. Garcia-Verdugo, John L. Rubenstein,
Scott C. Baraban & Arturo Alvarez-Buylla

Retinal waves coordinate patterned activity throughout the developing visual system James B. Ackman, Timothy J. Burbridge & Michael C. Crair

Deconstruction of a neural circuit for hungerDeniz Atasoy, J. Nicholas Betley, Helen H. Su & Scott M. Sternson

Neuronal circuitry mechanism regulating adult quiescent neural stem-cell fate decision Juan Song, Chun Zhong, Michael A. Bonaguidi, Gerald J. Sun, Derek Hsu, Yan Gu, Konstantinos Meletis, Z. Josh Huang, Shaoyu Ge, Grigori Enikolopov, Karl Deisseroth, Bernhard Luscher, Kimberly M. Christian, Guo-li Ming & Hongjun Song
Activation of specific interneurons improves V1 feature selectivity and visual perception
Seung-Hee Lee, Alex C. Kwan, Siyu Zhang, Victoria Phoumthipphavong, John G. Flannery, Sotiris C. Masmanidis, Hiroki Taniguchi, Z. Josh Huang, Feng Zhang, Edward S. Boyden, Karl Deisseroth & Yang Dan


 








2012年10月18日木曜日

土曜の夕方のお楽しみ

NHKEテレのアニメ「バクマン。」も第3シリーズに突入しました。

主人公の真城と高木をはじめ、どのマンガ家も(そして彼らの描くマンガも)個性豊かに描かれていますが、誰か一人と言われれば、やっぱり新妻エイジですかね。無邪気な天才って感じで、毎回笑わしてもらってます。

しかしアニメの中だからいいものの、こんな人が実際身近にいたら大変だろうなあ・・・。

2012年10月16日火曜日

論文10/16/12

PLoS Biology
Radar Tracking and Motion-Sensitive Cameras on Flowers Reveal the Development of Pollinator Multi-Destination Routes over Large Spatial Scales
Mathieu Lihoreau, Nigel E. Raine, Andrew M. Reynolds, Ralph J. Stelzer, Ka S. Lim, Alan D. Smith, Juliet L. Osborne, Lars Chittka

Cell
Heteroplasmy of Mouse mtDNA Is Genetically Unstable and Results in Altered Behavior and CognitionMark S. Sharpley, Christine Marciniak, Kristin Eckel-Mahan, Meagan McManus, Marco Crimi, Katrina Waymire, Chun Shi Lin, Satoru Masubuchi, Nicole Friend, Maya Koike, Dimitra Chalkia, Grant MacGregor, Paolo Sassone-Corsi, Douglas C. Wallace

The Transcription Factor MEF2 Directs Developmental Visually Driven Functional and Structural Metaplasticity
Simon Xuan Chen, Angus Cherry, Parisa Karimi Tari, Kaspar Podgorski, Yue Kay Kali Kwong, Kurt Haas   
 
The RacGAP ß2-Chimaerin Selectively Mediates Axonal Pruning in the Hippocampus
Martin M. Riccomagno, Andrés Hurtado, HongBin Wang, Joshua G.J. Macopson, Erin M. Griner, Andrea Betz, Nils Brose, Marcelo G. Kazanietz, Alex L. Kolodkin
 
Hippocampus
Learned integration of visual, vestibular, and motor cues in multiple brain regions computes head direction during visually guided navigation
Bret Fortenberry, Anatoli Gorchetchnikov and Stephen Grossberg

The balance of forward and backward hippocampal sequences shifts across behavioral states
Andrew M. Wikenheiser and A. David Redish

Hippocampal involvement in retrieval of odor vs. object memories
Hanne Lehn, Lisa J. Kjønigsen, Grete Kjelvik and Asta K. Håberg

Representation of three‐dimensional objects by the rat perirhinal cortex
S.N. Burke, A.P. Maurer, A.L. Hartzell, S. Nematollahi, A. Uprety, J.L. Wallace and C.A. Barnes

Perirhinal cortex represents nonspatial, but not spatial, information in rats foraging in the presence of objects: Comparison with lateral entorhinal cortex
Sachin S. Deshmukh, Jeremy L. Johnson and James J. Knierim

Layer V perirhinal cortical ensemble activity during object exploration: A comparison between young and aged rats
S.N. Burke, A.L. Hartzell, J.P. Lister, L.T. Hoang and C.A. Barnes

PNAS
NMDA receptor function in large-scale anticorrelated neural systems with implications for cognition and schizophrenia
Alan Anticevic, Mark Gancsos, John D. Murray, Grega Repovs, Naomi R. Driesen, Debra J. Ennis, Mark J. Niciu, Peter T. Morgan, Toral S. Surti, Michael H. Bloch, Ramachandran Ramani, Mark A. Smith, Xiao-Jing Wang, John H. Krystal, and Philip R. Corlett

Nucleus basalis-enabled stimulus-specific plasticity in the visual cortex is mediated by astrocytes
Naiyan Chen, Hiroki Sugihara, Jitendra Sharma, Gertrudis Perea, Jeremy Petravicz, Chuong Le, and Mriganka Sur

Altered fear learning across development in both mouse and human
Siobhan S. Pattwell, Stéphanie Duhoux, Catherine A. Hartley, David C. Johnson, Deqiang Jing, Mark D. Elliott, Erika J. Ruberry, Alisa Powers, Natasha Mehta, Rui R. Yang, Fatima Soliman, Charles E. Glatt, B. J. Casey, Ipe Ninan, and Francis S. Lee

J. Neurophys
Diode probes for spatiotemporal optical control of multiple neurons in freely moving animals Eran Stark, Tibor Koos, and György Buzsáki

Curr Opin Neurobiol
A single microcircuit with multiple functions: state dependent information processing in the hippocampus
Margaret F Carr, Loren M Frank

Learning and Memory
Involvement of the anterior cingulate cortex in formation, consolidation, and reconsolidation of recent and remote contextual fear memory
Einar Ö. Einarsson and Karim Nader
Spontaneous object recognition memory in aged rats: Complexity versus similarity
Fernando Gámiz and Milagros Gallo

Nature Protocols
Fabrication and operation of GRIN probes for in vivo fluorescence cellular imaging of internal organs in small animals
Jun Ki Kim et al.

Nature Methods
Multicolor two-photon tissue imaging by wavelength mixing
Pierre Mahou, Maxwell Zimmerley, Karine Loulier, Katherine S Matho, Guillaume Labroille, Xavier Morin, Willy Supatto, Jean Livet, Delphine Débarre and Emmanuel Beaurepaire  

Nat Rev Neurosci
Two cortical systems for memory-guided behaviour
Charan Ranganath & Maureen Ritchey

Current Biology
Dissection of Cortical Microcircuits by Single-Neuron Stimulation In Vivo
Alex C. Kwan, Yang Dan
Nature
Human dorsal anterior cingulate cortex neurons mediate ongoing behavioural adaptation 
Sameer A. Sheth, Matthew K. Mian, Shaun R. Patel, Wael F. Asaad, Ziv M. Williams et al.
 







     

2012年10月13日土曜日

研究費申請書の書き方の上達法その3

作家・評論家の丸谷才一さんが亡くなって大変残念です。ご冥福をお祈りします。

世間は(というか日本の研究界は)、今は科研費応募のシーズンです。よい文章をいかに書くかということで言えば、私がこれまでの限られた読書生活で読んだ日本語の評論の文章で上手いなと思ったのは、吉田秀和、丸谷才一、本多勝一の三氏ですね(吉田氏も今年5月に亡くなられました)。どの方も平易な日本語で、明快な文章を書いています。

おそらく、論文や申請書の書き方の極意も、これに尽きるんじゃないでしょうか。文字は大きく読みやすく(11ポイント?)、文章は平易に要点を絞って、かつ論旨は明快で内容は面白い(ちょっとしたストーリー性がある)。そういうのがいいんじゃないでしょうか。難しい言葉を使って立派そうに書いたり、小さな字でたくさんの情報を詰め込むように書くのはあまりおすすめできません。書くときは肩の力を抜いて書きましょう。

申請書をあれこれ実際に書いていると、新しいアイデアに導かれることがあって面白いですね。言葉ってやっぱり思考の道具だなと。数学や物理で、数式の変形によって新たな関係性に気づくようなものかもしれません。

それから、これはテクニカルなことですが、知らず知らず用紙の枠ズレやフォントの不一致などが起こると厄介なので、 私は科研費の申請書だけはWindowsで書いています(正確にはMacのBootCamp上で動くWindowsですが)。

2012年10月8日月曜日

歴史的な日

山中教授のノーベル賞受賞、本当に素晴らしいですね。おめでとうございます。
日本人では待望の、25年ぶりの生理学・医学賞です。

ちなみにうちの理事長とセンター長のお祝いのコメントはこちらです。