2012年5月30日水曜日

2012年5月25日金曜日

実験システムのクローン

同じ実験系の2台目を作るということは、「単に1台目をそっくりそのままコピーすれば良い」というような理想論で片付く問題ではないことが、往々にしてあります。

例えば、1台目を作ったときに買ったコンピュータが、ハード面(プロセッサやマザーボードなど)あるいはソフト面(OSなど)において現在は入手不可能になっているために、「そっくりそのままコピーする」ということが、そもそも不可能な場合があります。

それで、現在手に入るもので組み立てるしかないのですが、新しいマシンにプログラムを単にコピーしても、微妙な互換性の問題で全く同じ動作が保証されなかったりします( 何だかちょっと人間ぽいというか、双子やきょうだいでも性格が違うようなもんですかね)。

なぜかと聞かれても、実は原因はよくわからないことも多いのですが、こういう問題をあれこれと試行錯誤で解決できるというのも、研究者の実力のうちです。

2012年5月23日水曜日

論文5/22/12

Nature Reviews Neuroscience
The origin of extracellular fields and currents — EEG, ECoG, LFP and spikes
György Buzsáki, Costas A. Anastassiou & Christof Koch

J. Neurosci
A Cre-Dependent GCaMP3 Reporter Mouse for Neuronal Imaging In Vivo
Hatim A. Zariwala, Bart G. Borghuis, Tycho M. Hoogland, Linda Madisen, Lin Tian, Chris I. De Zeeuw, Hongkui Zeng, Loren L. Looger, Karel Svoboda, and Tsai-Wen Chen

Hippocampal Dynamics Predict Interindividual Cognitive Differences in Rats
Vincent Hok, Ehsan Chah, Richard B. Reilly, and Shane M. O'Mara

Cell
Large-Scale Cellular-Resolution Gene Profiling in Human Neocortex Reveals Species-Specific Molecular Signatures
H. Zeng, E.H. Shen, J.G. Hohmann, S.W. Oh, A. Bernard, J.J. Royall, K.J. Glattfelder, S.M. Sunkin, J.A. Morris, A.L. Guillozet-Bongaarts, K.A. Smith, A.J. Ebbert, B. Swanson, L. Kuan, D.T. Page, C.C. Overly, E.S. Lein, M.J. Hawrylycz, P.R. Hof, T.M. Hyde, J.E. Kleinman, and A.R. Jones

Evolution of Human-Specific Neural SRGAP2 Genes by Incomplete Segmental Duplication
M.Y. Dennis, X. Nuttle, P.H. Sudmant, F. Antonacci, T.A. Graves, M. Nefedov, J.A. Rosenfeld, S. Sajjadian, M. Malig, H. Kotkiewicz, C.J. Curry, S. Shafer, L.G. Shaffer, P.J. de Jong, R.K. Wilson, and E.E. Eichler

Young Dentate Granule Cells Mediate Pattern Separation, whereas Old Granule Cells Facilitate Pattern Completion
T. Nakashiba, J.D. Cushman, K.A. Pelkey, S. Renaudineau, D.L. Buhl, T.J. McHugh, V.R. Barrera, R. Chittajallu, K.S. Iwamoto, C.J. McBain, M.S. Fanselow, and S. Tonegawa

Curr. Opin.Neurobiol.
Real neuroscience in virtual worlds
Daniel A. Dombeck, Michael B. Reiser

Genetically encoded neural activity indicators
Loren L Looger, Oliver Griesbeck

Functional imaging in freely moving animals
Jason ND Kerr, Axel Nimmerjahn

Sequence learning and the role of the hippocampus in rodent navigation
David J Foster, James J Knierim

Learning and Memory 
Role of the dorsal hippocampus in object memory load
Sara Sannino, Fabio Russo, Giulia Torromino, Valentina Pendolino, Paolo Calabresi, and Elvira De Leonibus

2012年5月21日月曜日

金環日食見ました

7時32分から約5分間の金環日食、うちでは家族でみました。

天気予報は曇りでしたが、実際は薄雲がかかるくらいで、フィルター越しに見るにはかえって都合がよかったかもしれません。金環食になる直前から、辺りが夕方のように少し暗くなって、ちょっと神秘的な感じがしました。

2012年5月17日木曜日

ボーダーを越える

毎日少しづつ同じ方向に進んでいけば、いつかはボーダーを越える、すなわち質的に不連続な変化が起こる、ということです。

2012年5月11日金曜日

ImageJのROIをmatlabで読み込む

ImageJ上で囲んだROIの輪郭を、その後の解析や可視化のためにmatlabに読み込みたいときがあると思いますが、そのようなときに使えるのがこのmファイルです。

ROIのファイルかアーカイブへのパスを指定すると、バイナリファイルに書かれたROI情報をmatlabのstructureとして読み込んでくれます。

ただし、freehandで描いたROIをmatlabのplotで表示するときには、bounding boxのオフセット値を調整しないと正しい位置に表示されないみたいで、ちょっと小細工が必要でした。

2012年5月8日火曜日

タケノコ代替品

日本ではタケノコがおいしい季節ですが、アメリカに住んでたときにタケノコが食べたくなったときは、食感ちょっと似ているアーティチョークを食べていました。

2012年5月4日金曜日

良くない引用の例

著者自身の過去の論文を、研究の内容が今と昔で全然違っているのに、「方法」のところで引用(しかも免疫染色とかウエスタンとか誰でもできる実験の部分で)している研究者をときどき見かけますが、本当に真面目で優秀な研究者からはバカにされるので、こういうことはやめましょう。