2012年12月30日日曜日

仕事納め、その後

大晦日+正月三が日分の自動バッチ解析のスクリプトを書いているんですが、つまらないタイポとかで途中で止まらないよう、結構気を使います。

いや、でもこれ計算全部で4日間で終わるんだろうか・・・休み明けで研究室に出てきても、まだ動いてそうですね。

2012年12月29日土曜日

論文12/27/12

PNAS
Neuronal code for extended time in the hippocampus
Emily A. Mankin, Fraser T. Sparks, Begum Slayyeh, Robert J. Sutherland, Stefan Leutgeb, and Jill K. Leutgeb

General anesthesia selectively disrupts astrocyte calcium signaling in the awake mouse cortex
Alexander Stanley Thrane, Vinita Rangroo Thrane, Douglas Zeppenfeld, Nanhong Lou, Qiwu Xu, Erlend Arnulf Nagelhus, and Maiken Nedergaard

PLoS Biology
Human-Specific Histone Methylation Signatures at Transcription Start Sites in Prefrontal Neurons
Hennady P. Shulha, Jessica L. Crisci, Denis Reshetov, Jogender S. Tushir, Iris Cheung, Rahul Bharadwaj, Hsin-Jung Chou, Isaac B. Houston, Cyril J. Peter, Amanda C. Mitchell, Wei-Dong Yao, Richard H. Myers, Jiang-fan Chen, Todd M. Preuss, Evgeny I. Rogaev, Jeffrey D. Jensen, Zhiping Weng, Schahram Akbarian

J Neurophys
Choice ball: a response interface for two-choice psychometric discrimination in head-fixed mice
Joshua I. Sanders and Adam Kepecs

Brain surface temperature under a craniotomy
Abigail S. Kalmbach and Jack Waters

Science
Pheromonal Induction of Spatial Learning in Mice
Sarah A. Roberts, Amanda J. Davidson, Lynn McLean, Robert J. Beynon, Jane L. Hurst

Transcriptional Architecture and Chromatin Landscape of the Core Circadian Clock in Mammals
Nobuya Koike et al.

Orbitofrontal Cortex Supports Behavior and Learning Using Inferred But Not Cached Values
Joshua L. Jones et al.

Frontiers in Aging Neuroscience
Virtual navigation strategies from childhood to senescence: evidence for changes across the life span
Veronique D. Bohbot, Sam McKenzie, Kyoko Konishi, Celine Fouquet, Vanessa Kurdi, Russel Schachar, Michel Boivin, and Philippe Robaey

Cell
Noninvasive Imaging beyond the Diffraction Limit of 3D Dynamics in Thickly Fluorescent Specimens
Liang Gao, Lin Shao, Christopher D. Higgins, John S. Poulton, Mark Peifer, Michael W. Davidson, Xufeng Wu, Bob Goldstein, Eric Betzig

Nature
A map of visual space in the primate entorhinal cortex
Nathaniel J. Killian, Michael J. Jutras & Elizabeth A. Buffalo

Synaptic amplification by dendritic spines enhances input cooperativity
Mark T. Harnett, Judit K. Makara, Nelson Spruston, William L. Kath & Jeffrey C. Magee

Nonlinear dendritic integration of sensory and motor input during an active sensing task
Ning-long Xu, Mark T. Harnett, Stephen R. Williams, Daniel Huber, Daniel H. O’Connor, Karel Svoboda & Jeffrey C. Magee

Hippocampal–cortical interaction during periods of subcortical silence
N. K. Logothetis, O. Eschenko, Y. Murayama, M. Augath, T. Steudel, H. C. Evrard, M. Besserve & A. Oeltermann

A prefrontal cortex–brainstem neuronal projection that controls response to behavioural challenge
Melissa R. Warden, Aslihan Selimbeyoglu, Julie J. Mirzabekov, Maisie Lo, Kimberly R. Thompson, Sung-Yon Kim, Avishek Adhikari, Kay M. Tye, Loren M. Frank & Karl Deisseroth

Inhibition dominates sensory responses in the awake cortex
Bilal Haider, Michael Häusser & Matteo Carandini

The entorhinal grid map is discretized
Hanne Stensola, Tor Stensola, Trygve Solstad, Kristian Frøland, May-Britt Moser & Edvard I. Moser

Neuron
Dynamic Sensory Representations in the Olfactory Bulb: Modulation by Wakefulness and Experience
Hiroyuki K. Kato, Monica W. Chu, Jeffry S. Isaacson, Takaki Komiyama

Nature Neuroscience
OLM interneurons differentially modulate CA3 and entorhinal inputs to hippocampal CA1 neurons
Richardson N Leão, Sanja Mikulovic, Katarina E Leão, Hermany Munguba, Henrik Gezelius, Anders Enjin, Kalicharan Patra, Anders Eriksson, Leslie M Loew, Adriano B L Tort and Klas Kullander

Reorganization of cortical population activity imaged throughout long-term sensory deprivation
David J Margolis, Henry Lütcke, Kristina Schulz, Florent Haiss, Bruno Weber, Sebastian Kügler, Mazahir T Hasan and Fritjof Helmchen

Synaptic scaffold evolution generated components of vertebrate cognitive complexity
Jess Nithianantharajah, Noboru H Komiyama, Andrew McKechanie, Mandy Johnstone, Douglas H Blackwood, David St Clair, Richard D Emes, Louie N van de Lagemaat, Lisa M Saksida, Timothy J Bussey and Seth G N Grant

Evolution of GluN2A/B cytoplasmic domains diversified vertebrate synaptic plasticity and behavior
Tomás J Ryan, Maksym V Kopanitsa, Tim Indersmitten, Jess Nithianantharajah, Nurudeen O Afinowi, Charles Pettit, Lianne E Stanford, Rolf Sprengel, Lisa M Saksida, Timothy J Bussey, Thomas J O'Dell, Seth G N Grant and Noboru H Komiyama

Nature Methods
Two-photon optogenetic toolbox for fast inhibition, excitation and bistable modulation
Rohit Prakash, Ofer Yizhar, Benjamin Grewe, Charu Ramakrishnan, Nancy Wang, Inbal Goshen, Adam M Packer, Darcy S Peterka, Rafael Yuste, Mark J Schnitzer and Karl Deisseroth

Two-photon optogenetics of dendritic spines and neural circuits
Adam M Packer, Darcy S Peterka, Jan J Hirtz, Rohit Prakash, Karl Deisseroth and Rafael Yuste

Fast multicolor 3D imaging using aberration-corrected multifocus microscopy
Sara Abrahamsson, Jiji Chen, Bassam Hajj, Sjoerd Stallinga, Alexander Y Katsov, Jan Wisniewski, Gaku Mizuguchi, Pierre Soule, Florian Mueller, Claire Dugast Darzacq, Xavier Darzacq, Carl Wu, Cornelia I Bargmann, David A Agard, Maxime Dahan and Mats G L Gustafsson

J.Neurosci
High-Frequency Hippocampal Oscillations Activated by Optogenetic Stimulation of Transplanted Human ESC-Derived Neurons
Juan C. Piña-Crespo, Maria Talantova, Eun-Gyung Cho, Walid Soussou, Nima Dolatabadi, Scott D. Ryan, Rajesh Ambasudhan, Scott McKercher, Karl Deisseroth, and Stuart A. Lipton

Long-Term Stabilization of Place Cell Remapping Produced by a Fearful Experience
Melissa E. Wang, Ellen G. Wann, Robin K. Yuan, Manuel M. Ramos Álvarez, Squire M. Stead, and Isabel A. Muzzio

HippocampusCognitive demands induce selective hippocampal reorganization: Arc expression in a place and response task
Brandy Schmidt, Elham Satvat, Melissa Argraves, Etan J. Markus and Diano F. Marrone


仕事納め

一応、職場のカレンダーではそうなっているのですが、ぜんぜん納まらないですね。去年の今頃からは考えられないくらい忙しくなった2012年の暮れでした。

2012年12月20日木曜日

非windowsプラットフォームのmatlabから.xlsファイルを書き出す

一応matlabにはxlswriteというexcelファイルを書き出すための関数があるんですが、windows以外のmatlabでは動かない、というのは良く知られた話らしいです。

これを回避するために、Javaベースのxlwriteという関数がmatlab centralに公開されています。javaaddpathで添付JARファイルへのパスを書き加えておけば、あとはほとんどxlswrite関数の書式と同じに使えます。

2012年12月12日水曜日

matlabで大きなデータファイルを扱うとき

64bit版を使っていれば昔のように2GBに制限されることはないんですが、たくさんのfigureを表示したりするとJava heap spaceのメモリエラーがでることがあるので、メニューバーの"Preference"の"Jave Heap Memory"からJava heap sizeを大きくとっておくといいかもしれません。

ついでに.matフォーマットでデータを書き出す場合は、同じ"Preference"のMAT-FilesからMAT-file save formatを-v7.3にしておくと吉です。

2012年12月5日水曜日

研究費申請書書き方の上達法その5

研究費ではないんですが、例えば、かつてスタートアップだったDropboxがY combinatorに応募したときの応募書類を読んでみると、「なるほど」と思うところが必ずあります。

2012年11月30日金曜日

matlabでHDF5のデータセットを更新する

matlabにはHDF5フォーマットのデータファイルを簡単に読み書きできる便利な関数のセットがありますが、難点はh5writeを使ってデータセットを上書き更新することができないことです。(h5writeattではアトリビュートの上書き更新ができるのですが...)

データセットを更新するためには、対象となるデータセットを一旦削除して、新たに書き込むという作業が必要になります。matlabではH5Lライブラリのdeleteという関数を使うことになりますが、例えば

fid = H5F.open(’ファイル名','H5F_ACC_RDWR','H5P_DEFAULT');
        H5L.delete(fid,'削除したいデータセット,'H5P_DEFAULT');
        H5F.close(fid);

で削除することができます。

2012年11月29日木曜日

ログアウトしてもバックグラウンドジョブを継続するには

リモート接続で時間のかかる処理をするとき、普通に実行するとログアウトに伴ってジョブが終了してしまいます。

そういうときには”nohup (コマンド) &”で実行すると、ログアウトしたあともバックグラウンドジョブが継続されます。これだと家や出張先から新たな解析を走らせることができて、時間が有効に使えます。

2012年11月24日土曜日

客観的な視点を保つ

名古屋への出張は大変意義深いものになりました。関係者の皆様ありがとうございました。

やっぱり自分の仕事場から出て外の世界を見るのは大事だと思いました。自分の周囲の当たり前が世間の当たり前だと錯覚してしまうのは、かなりヤバいです。

2012年11月19日月曜日

お知らせ その5

今週21日(水)に名古屋で開かれる計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会2012で「バーチャルリアリティ環境下におけるマウス深部脳神経回路活動のイメージング」と題する講演を行います。

翌22日(木)は名古屋大学大学院理学研究科で大学院セミナー「海馬神経回路ダイナミクスのin vivoイメージング」 を行います。

よろしくどうぞ。

2012年11月16日金曜日

急な「在宅勤務」に備える

子供が熱を出したので、妻と交代で世話をするために午前中で早退しました。

データ解析やプログラミングは家でできるので、こういうときにはありがたいです。昼寝から起きた子供を片手で抱っこしながら、もう一方の手でキーボードを叩いて「在宅勤務」をしています。研究室でやるより仕事がはかどるのでは、というもっともらしいウワサもあります。

ターミナルのscpコマンドを使うと、リモートホストで解析した結果のファイルをローカルに転送できるのですが、そのときに唱える呪文は、

scp -P ポート番号 ユーザー@リモートホストのIPアドレス:ディレクトリへのパス/ファイル名 ローカルのディレクトリへのパス

です。

2012年11月14日水曜日

独立をめざすわけ3

あ、あと、いい歳こいて独立してないと、ちょっと恥ずかしいというのもあります。肩身が狭いというか。能力的には違いがなくても、いつまでも半人前と思われているような感じです。

2012年11月10日土曜日

独立をめざすわけ2

JSTの「さきがけ」は、日本ではアメリカのNIH grant K99/R00 (Pathway to Independence Award)のような独立への橋渡しをするようなグラント(transition grant)という位置づけになると思うんですが(ただし、制度としてK99は「さきがけ」よりもずっと後にできたものです)、JSTの事務手続き上でも、さきがけ研究者は一応「研究管理職」(つまりprincipal investigator)ってことになっています。

ま、「個人研究」ってことなので、劇団ひとりならぬ「ひとり研究室」なんですが、実体としての研究室はまだ間借りであっても、身分上はすでに半分独立していることになります。

これって、研究者の成長過程で言えば、「なんとなく歯が抜けかかっててブラブラと中途半端な感じ」なので、どうせならがんばって早く永久歯に生え変わろうと思っています。

2012年11月7日水曜日

怒濤の毎日

毎日めちゃくちゃ忙しいです。

滝に打たれるというか、 急流を下るというか、そんな感じです。
(実はどちらもしたことはないのですが・・・あくまで想像です。)

2012年10月30日火曜日

独立をめざすわけ

ふと周囲を見渡してみると、自分のヴィジョンを実現するにはやはり独立しなければと思うことが増えました。

自分の仕事の価値は誰よりも自分自身が一番良くわかっていますし、今なら完全に自分の裁量で研究できた方が、より生産的になれそうな気がします。

2012年10月28日日曜日

研究費申請書の書き方上達法その4

研究費申請書というより文章一般(当然論文を含む)に通じることですが、言葉として書かれた文章は、いわば著者の考えの「モデル」だということができます。

なので、一度書いた文章を読み直してみて自分の頭の中にあるアイデアと比較し、 正しく表現されていないと思うところを直してまた読み直す、という作業を続けていけば、有限回数の繰り返しによって、書いた文章と自分のアイデアの誤差が無視できるほど小さくなる点(すなわち文章の完成点)にまで到達できるはずです。

読んで直す、ということに関しては、自分の書いた文章を客観的に読める覚めた目が必要ですね。自分が査読者だったら読んでどこに疑問をもつか?その疑問に申請書は答えているか?言うは易しですが、自分の書いたものに関して自分自身が一番厳しい批評者になれるということが、おそらく一流の文章家に必要な資質なのでしょう。

申請書はどのような点について十分書かれていなければならないか、ということに関してはNIH grantのpeer review criteria and considerationsとかを参考にするといいでしょう。科研費に関するこのような項目のリストも探せばどこかに(例えば公表された審査結果のスコアのリストに)見つかるはずです。

あと、これは重要なことですが、申請書がどんなに良く書かれていたとしても、業績や予備データの不足を補うことはおそらくできません。

なので、まずは努力して論文(なければ最低でも実現性を示せるだけのひと揃いの予備データ)を出すのが吉かなと。申請書書き方うんぬんの議論は、実はその先の話です。

2012年10月26日金曜日

ヴァーチャル O O O

科研費の書類を作成しているときに、BootCampでいちいち再起動してMacとWindowsをいったりきたりするのが面倒くさくなったので、Mac上で動くヴァーチャルマシン(仮想マシン)のソフトウェアであるVMware Fusion5を導入しました。

VMware FusionからBootCampのパーティションを直接呼び出すことができるので、パーティションの再設定やWindowsの再インストールなどを行うことなく仮想マシン環境に移行できます。再起動せずにWindowsが動くのは便利なのですが、実行速度はBootCampに比べると(当然ながら)ちょっと遅いかなと。使い勝手を選ぶときは仮想マシン、速度を重視するときはBootCampと使い分けるのが良さそうです。

2012年10月23日火曜日

「覚醒」と「行動」の違い

論文やポスターのタイトルで"awake mice”とか"behaving mice"とか、よく見かけるようになったんですが、この2つは似ているようで違います。

行動中の動物からの記録は、当然行動のパラメータも同時に記録しなくてはいけませんが、覚醒動物からの記録は「単に麻酔していない(あるいは麻酔から覚ました)動物から記録しただけ」という場合もあって、その場合2つの間には実験の難易度や厳密さに質的な違いが存在します。

2012年10月22日月曜日

SfN2012その後

今年は(というか、今年も)、結局SfNには行かなかったんですが、行ってきた同僚の話や検索した抄録の内容からすると、私の分野はますますかなりの速いスピードで進んでいますね。

これまでは足元を固めるのに集中していたんですが、さすがに来年あたりは発表して存在感を示しておく必要がありそうです。どこを落としどころにするかはよくよく考えないといけません。


2012年10月19日金曜日

論文10/19/12

J. Neurosci
Spatial Information Outflow from the Hippocampal Circuit: Distributed Spatial Coding and Phase Precession in the Subiculum
Steve M. Kim, Surya Ganguli, and Loren M. Frank

Navigating the Auditory Scene: An Expert Role for the Hippocampus
Sundeep Teki, Sukhbinder Kumar, Katharina von Kriegstein, Lauren Stewart, C. Rebecca Lyness, Brian C. J. Moore, Brian Capleton, and Timothy D. Griffiths

Reward Cues in Space: Commonalities and Differences in Neural Coding by Hippocampal and Ventral Striatal Ensembles
Carien S. Lansink, Jadin C. Jackson, Jan V. Lankelma, Rutsuko Ito, Trevor W. Robbins, Barry J. Everitt, and Cyriel M.A. Pennartz

Elimination of Dendritic Spines with Long-Term Memory Is Specific to Active Circuits
Jeff Sanders, Kiriana Cowansage, Karsten Baumgärtel, and Mark Mayford

Disruption of Dentate Gyrus Blocks Effect of Visual Input on Spatial Firing of CA1 Neurons
Jong Won Lee, Woon Ryoung Kim, Woong Sun, and Min Whan Jung

Optimization of a GCaMP Calcium Indicator for Neural Activity Imaging
Jasper Akerboom, Tsai-Wen Chen, Trevor J. Wardill, Lin Tian, Jonathan S. Marvin, Sevinç Mutlu, Nicole Carreras Calderón, Federico Esposti, Bart G. Borghuis, Xiaonan Richard Sun, Andrew Gordus, Michael B. Orger, Ruben Portugues, Florian Engert, John J. Macklin, Alessandro Filosa, Aman Aggarwal, Rex A. Kerr, Ryousuke Takagi, Sebastian Kracun, Eiji Shigetomi, Baljit S. Khakh, Herwig Baier, Leon Lagnado, Samuel S.-H. Wang, Cornelia I. Bargmann, Bruce E. Kimmel, Vivek Jayaraman, Karel Svoboda, Douglas S. Kim, Eric R. Schreiter, and Loren L. Looger

Hippocampus 
Dynamics of decision‐related activity in hippocampus
Julien Catanese, Erika Cerasti, Michaël Zugaro, Alessandro Viggiano and Sidney I. Wiener

PNAS
Functional anatomy of neural circuits regulating fear and extinction
Ewelina Knapska, Matylda Macias, Marta Mikosz, Aleksandra Nowak, Dorota Owczarek, Marcin Wawrzyniak, Marcelina Pieprzyk, Iwona A. Cymerman, Tomasz Werka, Morgan Sheng, Stephen Maren, Jacek Jaworski, and Leszek Kaczmarek

J. Neurophys
Imaging neural circuit dynamics with a voltage-sensitive fluorescent protein Walther Akemann, Hiroki Mutoh, Amélie Perron, Yun Kyung Park, Yuka Iwamoto, and Thomas Knöpfel

Nat Methods
Improving FRET dynamic range with bright green and red fluorescent proteins
Amy J Lam, François St-Pierre, Yiyang Gong, Jesse D Marshall, Paula J Cranfill, Michelle A Baird, Michael R McKeown, Jörg Wiedenmann, Michael W Davidson, Mark J Schnitzer, Roger Y Tsien and Michael Z Lin

Nature Neuroscience
Pattern and not magnitude of neural activity determines dendritic spine stability in awake mice
Ryan M Wyatt, Elaine Tring and Joshua T Trachtenberg

Segmentation of spatial experience by hippocampal theta sequences
Anoopum S Gupta, Matthijs A A van der Meer, David S Touretzky and A David Redish

pHTomato, a red, genetically encoded indicator that enables multiplex interrogation of synaptic activity
Yulong Li and Richard W Tsien

Dissecting spatial knowledge from spatial choice by hippocampal NMDA receptor deletion
David M Bannerman, Thorsten Bus, Amy Taylor, David J Sanderson, Inna Schwarz, Vidar Jensen, Øivind Hvalby, J Nicholas P Rawlins, Peter H Seeburg and Rolf Sprengel

Behavior-dependent specialization of identified hippocampal interneurons
Damien Lapray, Balint Lasztoczi, Michael Lagler, Tim James Viney, Linda Katona, Ornella Valenti, Katja Hartwich, Zsolt Borhegyi, Peter Somogyi and Thomas Klausberger

Transient stimulation of distinct subpopulations of striatal neurons mimics changes in action value
Lung-Hao Tai, A Moses Lee, Nora Benavidez, Antonello Bonci and Linda Wilbrecht

Neural encoding of competitive effort in the anterior cingulate cortex
Kristin L Hillman and David K Bilkey

Orchestrated experience-driven Arc responses are disrupted in a mouse model of Alzheimer's disease
Nikita Rudinskiy, Jonathan M Hawkes, Rebecca A Betensky, Megumi Eguchi, Shun Yamaguchi, Tara L Spires-Jones and Bradley T Hyman

Path integration: how the head direction signal maintains and corrects spatial orientation
Stephane Valerio and Jeffrey S Taube

Biasing the content of hippocampal replay during sleep
Daniel Bendor and Matthew A Wilson

Humans can learn new information during sleep
Anat Arzi, Limor Shedlesky, Mor Ben-Shaul, Khitam Nasser, Arie Oksenberg, Ilana S Hairston and Noam Sobel

Neuron
Cell-Type-Specific Recruitment of Amygdala Interneurons to Hippocampal Theta Rhythm and Noxious Stimuli In Vivo
Thomas C.M. Bienvenu, Daniela Busti, Peter J. Magill, Francesco Ferraguti, Marco Capogna

Similarity of Visual Selectivity among Clonally Related Neurons in Visual Cortex
Gen Ohtsuki, Megumi Nishiyama, Takashi Yoshida, Tomonari Murakami, Mark Histed, Carlos Lois, Kenichi Ohki

Associative Fear Learning Enhances Sparse Network Coding in Primary Sensory Cortex
Amos Gdalyahu, Elaine Tring, Pierre-Olivier Polack, Robin Gruver, Peyman Golshani, Michael S. Fanselow, Alcino J. Silva, Joshua T. Trachtenberg

Traveling Theta Waves along the Entire Septotemporal Axis of the Hippocampus
Jagdish Patel, Shigeyoshi Fujisawa, Antal Berényi, Sébastien Royer, György Buzsáki

Enhancement of Dorsal Hippocampal Activity by Knockdown of HCN1 Channels Leads to Anxiolytic- and Antidepressant-like Behaviors
Chung Sub Kim, Payne Y. Chang, Daniel Johnston

Human-Specific Transcriptional Networks in the Brain
Genevieve Konopka, Tara Friedrich, Jeremy Davis-Turak, Kellen Winden, Michael C. Oldham, Fuying Gao, Leslie Chen, Guang-Zhong Wang, Rui Luo, Todd M. Preuss, Daniel H. Geschwind

Transient Slow Gamma Synchrony Underlies Hippocampal Memory Replay
Margaret F. Carr, Mattias P. Karlsson, Loren M. Frank

REM Sleep Reorganizes Hippocampal ExcitabilityAndres D. Grosmark, Kenji Mizuseki, Eva Pastalkova, Kamran Diba, György Buzsáki 

Sensorimotor Mismatch Signals in Primary Visual Cortex of the Behaving Mouse
Georg B. Keller, Tobias Bonhoeffer, Mark Hübener


Science
Memory's Penumbra: Episodic Memory Decisions Induce Lingering Mnemonic Biases
Katherine Duncan et al.

The Connectome of a Decision-Making Neural Network
Travis A. Jarrell et al.

Hippocampal Place Fields Emerge upon Single-Cell Manipulation of Excitability During Behavior
Doyun Lee et al.

Neural Representations of Location Composed of Spatially Periodic Bands
Julija Krupic et al.

Neighborhood Effects on the Long-Term Well-Being of Low-Income Adults
Jens Ludwig, Greg J. Duncan, Lisa A. Gennetian, Lawrence F. Katz, Ronald C. Kessler, Jeffrey R. Kling, and Lisa Sanbonmatsu

Shared Synaptic Pathophysiology in Syndromic and Nonsyndromic Rodent Models of Autism
Stéphane J. Baudouin, Julien Gaudias, Stefan Gerharz, Laetitia Hatstatt, Kuikui Zhou, Pradeep Punnakkal, Kenji F. Tanaka, Will Spooren, Rene Hen, Chris I. De Zeeuw,Kaspar Vogt, and Peter Scheiffele

Network Resets in Medial Prefrontal Cortex Mark the Onset of Behavioral Uncertainty
Mattias P. Karlsson, Dougal G. R. Tervo, and Alla Y. Karpova

Nature
Activity in motor–sensory projections reveals distributed coding in somatosensation
Leopoldo Petreanu, Diego A. Gutnisky, Daniel Huber, Ning-long Xu, Dan H. O’Connor et al.







An anatomically comprehensive atlas of the adult human brain transcriptome
Michael J. Hawrylycz, et al.

Division and subtraction by distinct cortical inhibitory networks in vivo
Nathan R. Wilson, Caroline A. Runyan, Forea L. Wang & Mriganka Sur

Nonlinear dendritic processing determines angular tuning of barrel cortex neurons in vivo
Maria Lavzin, Sophia Rapoport, Alon Polsky, Liora Garion & Jackie Schiller

Genetic dissection of the circuit for hand dexterity in primates
Masaharu Kinoshita, Ryosuke Matsui, Shigeki Kato, Taku Hasegawa, Hironori Kasahara et al.

Programmable single-cell mammalian biocomputers
Simon Ausländer, David Ausländer, Marius Müller, Markus Wieland & Martin Fussenegger

Complex brain and optic lobes in an early Cambrian arthropod
Xiaoya Ma, Xianguang Hou, Gregory D. Edgecombe & Nicholas J. Strausfeld

A neural circuit for spatial summation in visual cortex
Hillel Adesnik, William Bruns, Hiroki Taniguchi, Z. Josh Huang & Massimo Scanziani

Intrinsically determined cell death of developing cortical interneurons
Derek G. Southwell, Mercedes F. Paredes,
Rui P. Galvao, Daniel L. Jones, Robert C. Froemke, Joy Y. Sebe,
Clara Alfaro-Cervello, Yunshuo Tang, Jose M. Garcia-Verdugo, John L. Rubenstein,
Scott C. Baraban & Arturo Alvarez-Buylla

Retinal waves coordinate patterned activity throughout the developing visual system James B. Ackman, Timothy J. Burbridge & Michael C. Crair

Deconstruction of a neural circuit for hungerDeniz Atasoy, J. Nicholas Betley, Helen H. Su & Scott M. Sternson

Neuronal circuitry mechanism regulating adult quiescent neural stem-cell fate decision Juan Song, Chun Zhong, Michael A. Bonaguidi, Gerald J. Sun, Derek Hsu, Yan Gu, Konstantinos Meletis, Z. Josh Huang, Shaoyu Ge, Grigori Enikolopov, Karl Deisseroth, Bernhard Luscher, Kimberly M. Christian, Guo-li Ming & Hongjun Song
Activation of specific interneurons improves V1 feature selectivity and visual perception
Seung-Hee Lee, Alex C. Kwan, Siyu Zhang, Victoria Phoumthipphavong, John G. Flannery, Sotiris C. Masmanidis, Hiroki Taniguchi, Z. Josh Huang, Feng Zhang, Edward S. Boyden, Karl Deisseroth & Yang Dan


 








2012年10月18日木曜日

土曜の夕方のお楽しみ

NHKEテレのアニメ「バクマン。」も第3シリーズに突入しました。

主人公の真城と高木をはじめ、どのマンガ家も(そして彼らの描くマンガも)個性豊かに描かれていますが、誰か一人と言われれば、やっぱり新妻エイジですかね。無邪気な天才って感じで、毎回笑わしてもらってます。

しかしアニメの中だからいいものの、こんな人が実際身近にいたら大変だろうなあ・・・。

2012年10月16日火曜日

論文10/16/12

PLoS Biology
Radar Tracking and Motion-Sensitive Cameras on Flowers Reveal the Development of Pollinator Multi-Destination Routes over Large Spatial Scales
Mathieu Lihoreau, Nigel E. Raine, Andrew M. Reynolds, Ralph J. Stelzer, Ka S. Lim, Alan D. Smith, Juliet L. Osborne, Lars Chittka

Cell
Heteroplasmy of Mouse mtDNA Is Genetically Unstable and Results in Altered Behavior and CognitionMark S. Sharpley, Christine Marciniak, Kristin Eckel-Mahan, Meagan McManus, Marco Crimi, Katrina Waymire, Chun Shi Lin, Satoru Masubuchi, Nicole Friend, Maya Koike, Dimitra Chalkia, Grant MacGregor, Paolo Sassone-Corsi, Douglas C. Wallace

The Transcription Factor MEF2 Directs Developmental Visually Driven Functional and Structural Metaplasticity
Simon Xuan Chen, Angus Cherry, Parisa Karimi Tari, Kaspar Podgorski, Yue Kay Kali Kwong, Kurt Haas   
 
The RacGAP ß2-Chimaerin Selectively Mediates Axonal Pruning in the Hippocampus
Martin M. Riccomagno, Andrés Hurtado, HongBin Wang, Joshua G.J. Macopson, Erin M. Griner, Andrea Betz, Nils Brose, Marcelo G. Kazanietz, Alex L. Kolodkin
 
Hippocampus
Learned integration of visual, vestibular, and motor cues in multiple brain regions computes head direction during visually guided navigation
Bret Fortenberry, Anatoli Gorchetchnikov and Stephen Grossberg

The balance of forward and backward hippocampal sequences shifts across behavioral states
Andrew M. Wikenheiser and A. David Redish

Hippocampal involvement in retrieval of odor vs. object memories
Hanne Lehn, Lisa J. Kjønigsen, Grete Kjelvik and Asta K. Håberg

Representation of three‐dimensional objects by the rat perirhinal cortex
S.N. Burke, A.P. Maurer, A.L. Hartzell, S. Nematollahi, A. Uprety, J.L. Wallace and C.A. Barnes

Perirhinal cortex represents nonspatial, but not spatial, information in rats foraging in the presence of objects: Comparison with lateral entorhinal cortex
Sachin S. Deshmukh, Jeremy L. Johnson and James J. Knierim

Layer V perirhinal cortical ensemble activity during object exploration: A comparison between young and aged rats
S.N. Burke, A.L. Hartzell, J.P. Lister, L.T. Hoang and C.A. Barnes

PNAS
NMDA receptor function in large-scale anticorrelated neural systems with implications for cognition and schizophrenia
Alan Anticevic, Mark Gancsos, John D. Murray, Grega Repovs, Naomi R. Driesen, Debra J. Ennis, Mark J. Niciu, Peter T. Morgan, Toral S. Surti, Michael H. Bloch, Ramachandran Ramani, Mark A. Smith, Xiao-Jing Wang, John H. Krystal, and Philip R. Corlett

Nucleus basalis-enabled stimulus-specific plasticity in the visual cortex is mediated by astrocytes
Naiyan Chen, Hiroki Sugihara, Jitendra Sharma, Gertrudis Perea, Jeremy Petravicz, Chuong Le, and Mriganka Sur

Altered fear learning across development in both mouse and human
Siobhan S. Pattwell, Stéphanie Duhoux, Catherine A. Hartley, David C. Johnson, Deqiang Jing, Mark D. Elliott, Erika J. Ruberry, Alisa Powers, Natasha Mehta, Rui R. Yang, Fatima Soliman, Charles E. Glatt, B. J. Casey, Ipe Ninan, and Francis S. Lee

J. Neurophys
Diode probes for spatiotemporal optical control of multiple neurons in freely moving animals Eran Stark, Tibor Koos, and György Buzsáki

Curr Opin Neurobiol
A single microcircuit with multiple functions: state dependent information processing in the hippocampus
Margaret F Carr, Loren M Frank

Learning and Memory
Involvement of the anterior cingulate cortex in formation, consolidation, and reconsolidation of recent and remote contextual fear memory
Einar Ö. Einarsson and Karim Nader
Spontaneous object recognition memory in aged rats: Complexity versus similarity
Fernando Gámiz and Milagros Gallo

Nature Protocols
Fabrication and operation of GRIN probes for in vivo fluorescence cellular imaging of internal organs in small animals
Jun Ki Kim et al.

Nature Methods
Multicolor two-photon tissue imaging by wavelength mixing
Pierre Mahou, Maxwell Zimmerley, Karine Loulier, Katherine S Matho, Guillaume Labroille, Xavier Morin, Willy Supatto, Jean Livet, Delphine Débarre and Emmanuel Beaurepaire  

Nat Rev Neurosci
Two cortical systems for memory-guided behaviour
Charan Ranganath & Maureen Ritchey

Current Biology
Dissection of Cortical Microcircuits by Single-Neuron Stimulation In Vivo
Alex C. Kwan, Yang Dan
Nature
Human dorsal anterior cingulate cortex neurons mediate ongoing behavioural adaptation 
Sameer A. Sheth, Matthew K. Mian, Shaun R. Patel, Wael F. Asaad, Ziv M. Williams et al.
 







     

2012年10月13日土曜日

研究費申請書の書き方の上達法その3

作家・評論家の丸谷才一さんが亡くなって大変残念です。ご冥福をお祈りします。

世間は(というか日本の研究界は)、今は科研費応募のシーズンです。よい文章をいかに書くかということで言えば、私がこれまでの限られた読書生活で読んだ日本語の評論の文章で上手いなと思ったのは、吉田秀和、丸谷才一、本多勝一の三氏ですね(吉田氏も今年5月に亡くなられました)。どの方も平易な日本語で、明快な文章を書いています。

おそらく、論文や申請書の書き方の極意も、これに尽きるんじゃないでしょうか。文字は大きく読みやすく(11ポイント?)、文章は平易に要点を絞って、かつ論旨は明快で内容は面白い(ちょっとしたストーリー性がある)。そういうのがいいんじゃないでしょうか。難しい言葉を使って立派そうに書いたり、小さな字でたくさんの情報を詰め込むように書くのはあまりおすすめできません。書くときは肩の力を抜いて書きましょう。

申請書をあれこれ実際に書いていると、新しいアイデアに導かれることがあって面白いですね。言葉ってやっぱり思考の道具だなと。数学や物理で、数式の変形によって新たな関係性に気づくようなものかもしれません。

それから、これはテクニカルなことですが、知らず知らず用紙の枠ズレやフォントの不一致などが起こると厄介なので、 私は科研費の申請書だけはWindowsで書いています(正確にはMacのBootCamp上で動くWindowsですが)。

2012年10月8日月曜日

歴史的な日

山中教授のノーベル賞受賞、本当に素晴らしいですね。おめでとうございます。
日本人では待望の、25年ぶりの生理学・医学賞です。

ちなみにうちの理事長とセンター長のお祝いのコメントはこちらです。

2012年9月30日日曜日

学会終わったばかりで恐縮ですが・・・

来年6月に京都で行われる第36回日本神経科学大会(Neuro2013)の企画シンポジウム「海馬ー内嗅皮質系における認知記憶情報のダイナミクス」でオーガナイザーを務めさせていただくことになりました。

どうぞよろしくお願いします。

2012年9月22日土曜日

神経科学会終わりました

子供が熱が出てしまったので発表の日だけの参加になってしまったのですが、ポスターに来ていただいた方々の中から、貴重なフィードバックも得られました。ありがとうございます。

研究はやっぱり論文になってナンボというところがあるので、個人的にはまだまだだなと思っています。技術的に最先端(cutting edge)を目指すだけではなく、やはりそれを使って重要な発見ができなくては一流の研究とは言えません。他の演題を見ても、若手で優秀な人はやっぱりきちんと重要なところを突いているなと思いました(さすがです)。私も見習って、つまらない論文は書かないようにがんばりたいです。


2012年9月15日土曜日

今年の神経科学会

9/20(木)(大会3日目)にポスタ−発表します。

P3-a32 二光子カルシウムイメージングのためのマウス仮想ナビゲーションシステム

よろしくどうぞ。


2012年9月7日金曜日

ルイス・カーンの言葉

「私はまさに、何ものかの本質を求めているのです。たとえば学校を設計しているとき、私は「あるひとつの学校」ではなく、「学校そのもの」の答えを見つけようとします。第一に「学校」は他のものとなぜ違うのか、という論点があります。私は企画プログラムを文字通り読むことはしません。・・・予算はいくらか、どこに建てるのか、何と何が必要か、といったことは、問題の本質とは何の関わりもありません。したがって、まず本質を見、そしてそれからプログラムと向き合うべきです。その本質を理解すれば、あなたはそのプログラムの中に求めているものを、たとえば「あるひとつの図書館」を見いだすでしょう。なさるべき最初のことは企画プログラムの書き直しです。・・・あなたが扱おうとしているのは空間なのですから。したがってあなたは、その本質が何であるかという考えを示したスケッチを返すことになるでしょう。そのとき必ず新たな空間が必要となります。なぜなら、建築家でない人によってかかれた企画プログラムはすべて、他の学校のコピーか、他の何かの建物のコピーに過ぎないからです。」

2012年8月29日水曜日

お知らせ その4

研究課題が、JSTさきがけ「細胞機能の構成的理解と制御」領域に採択されました。プレスリリースはこちらです。

2012年8月26日日曜日

生物学の未来?

wired.jpって、一般向けメディアの割に生物学とか脳科学に関する記事がよく出てるんだけど、例えば合成生物学のような新しくて面白い(=「クール」な)ところを、ちゃんと突いているのが良いですね。

2012年8月18日土曜日

一流の仕事をするカギ

一つ挙げるとすれば「ダブルスタンダードを排す」ってことじゃないでしょうか?私はまだその領域には達することができていませんが、できるだけそうありたいと考えています。

2012年8月16日木曜日

GNU Octaveを使う

解析の関係上、linux上で動くmatlabクローンのGNU octaveで動作する簡単なスクリプトを書くことにしました。matlabに比べて良い点は、ターミナルウインドウから簡単に呼び出せて、処理がおわったら、またすぐにターミナルに戻れるところですね。

mファイルを書くときは、普段使っているmacのmatlabで書いて(途中経過を図示したりデバッグがしやすいので)、動作を確認してからoctaveのフォルダにコピーして使っています。

基本的な命令や関数だけを使ってシンプルに書けば、修正無しでもoctaveで動きます。使いたいmatlabコマンドがOctaveにあるかどうかは、helpで簡単にわかります。

Octaveはmatlabとの互換性をより高めたモードでも起動することができるのですが、そのオプションが"--braindead"というのは、ちょっと皮肉が利いていますね(ちなみに"--traditional"オプションも同義です。保守的な人向け?)。

2012年8月13日月曜日

今日は何の日

今日は良いことがあった一日でした。人生たまにはこんな日があってもいいですね。

2012年8月9日木曜日

大規模データ解析

コンピュータのメモリを32GBに増やし、バッチ解析のスクリプトを書いて昨日の帰宅前に走らせたのですが、今朝来てもまだ一生懸命動いてました。だんだん高速、大容量のマシンが欲しくなってきますね。

2012年8月8日水曜日

効率の良い議論

私は、時間を決めて皆で集まって、という形のミーティング(主に報告を目的とした)はあまり好みません(必要最小限にしたいと思っています)。往々にして形式的になりやすく、その時間に仕事したほうが生産的なのでは、と思うことも多いです。どちらかといえば、話すことや決めることができたその場で必要に応じて話す"on the fly"式のほうが(たいてい立ったまま5-10分間話す)、仕事のスピード感が失われなくて済むので好きですね。

2012年8月6日月曜日

少々マニアックな話題ですが・・・

ついに視聴率が一桁になってしまったNHK『平清盛』ですが、先日土曜日の再放送時にテレビをつけてみたら、吉松隆の「サイバーバード協奏曲」がほぼそのまま使われていて、ちょっと感激しました。吉松ブログによると、これは「大河」のための新録音だとか。

このサキソフォン協奏曲、吉松の作品の中でも極私的もっとも美しい音楽の一つだと思っています(朝、ときどき車の中で聴いています)。須川氏の演奏も素晴らしいです。

2012年8月4日土曜日

ImageJマクロにショートカットを割り当てる

マクロの.txtファイルを、macrosフォルダではなくpluginsフォルダ(の中のmacrosサブフォルダ)に保存すると、わざわざPlugins->Macros->Run...から探さなくても、Pluginsのプルダウンメニューから選択して実行できるようになるんですが(さらにキーボードショートカットも割当可能)、ここではファイル名に"_"が含まれていないと、ファイルがなぜか認識されないみたいですね。

2012年8月2日木曜日

ubuntuがフリーズしたとき

電源スイッチを落とす前に、SysRqキーを試す価値はあります。

あと"System program problem detected"メッセージが繰り返し現れる場合、
sudo rm /var/crash/*
で古いクラッシュレポートを削除してみましょう。

2012年7月31日火曜日

オリンピックを見ていると・・・

「世界のトップレベルで戦う」ことがいかに大変かわかりますね。たった1回勝つだけでも大変なのですから、連覇する選手はどうやったらそんなことができるのか、本当にすごいです。

追記:もしイメージングやオプトジェネティクスのオリンピックのようなものがあったら、日本はメダルはおろか、果たして入賞さえもできるのでしょうか?日本のレベルの現状を真摯に受け止める必要があります。(8/6/12)

2012年7月27日金曜日

ImageJのマクロを書く

データ解析に必要な画像処理プログラムがどこかに落ちていないかと検索してみたのですが無いようなので、しかたなくImageJのマクロを書くことにしました。

実はいままでImageJのマクロなんて書いたことはなかったのですが、 documentationを見ながら試行錯誤しているうちに、ゼロから初めて一応半日くらいで欲しいものを書くことはできました。言葉の知らない国に行ってすぐに挨拶と買い物ができるくらいの、最低限のサバイバル会話能力です。

ImageJは多機能かつ高機能かつ操作の柔軟性が高く、動作も軽くてその上フリーなのがいいですね。いろんな人が過去に書いたプラグインなどの蓄積もあって、そういうものを使うのも楽しく、私の好きなソフトウェアの一つです。

当たり前ですが、ImageJのマニュアル操作でできることであれば、原理的には全てマクロを書くことで自動化できます。これとmatlabがあれば、ほとんどの画像処理には困りません。まあ、私の場合ですけどね。

2012年7月26日木曜日

クラタス

人間が乗って操縦できる巨大ロボット、クラタス。こんなの作れるなんて、ちょっとうらやましいです。なんだか胸が熱くなるね。

2012年7月23日月曜日

今年の包括脳

明日、日帰りで仙台にいってきます。発表はほんの10分足らずですが。よろしくどうぞ。

2012年7月16日月曜日

研究者の生命線

数年に一度であってもきちんとしたストーリーと質をもった論文を評価の高い雑誌に発表するか、つまらない結果でも、論文を毎年どこかの雑誌(それが例え著者自身以外に読まれもせず引用もされないようなものだったとしても)に発表するかは、意見の分かれるところです。

特に研究者としての基盤がまだまだ弱い若手にとってはそうですね。研究費に応募するにしても、職に応募するにしても、継続的に成果を残しているという「アリバイ」が必要とされることは多いので、ついつい後者の様な研究を行いたくなる誘惑は大きいです。

ちなみに私のアメリカ時代のボスは「つまらない論文を書いても、研究者としての名声を築くのには役立たない」といっていました。私も同感です。

2012年7月12日木曜日

makeとくれば・・・

以前銀座に行ったときだったかな、ソニービルの壁にでっかく”make.believe"っていうソニーのブランドメッセージの書かれた広告が掲げられてたんだけど、あれ、なんだか“make install"に思えてしかたがないですね。Unix/Linux使いがmakeとくればやはりinstallでしょう。

2012年7月4日水曜日

サマープログラム始まりました。

震災の影響で昨年は中止だったサマープログラム、今年は昨年開催されるはずだったプログラムをそのまま1年順送りにして行われていますが、レクチャーコースには神経回路ダイナミクスの有名研究者たちが呼ばれていて、聞きごたえがありそうです。

数年前のゴードンのトークでも聞いたのですが、MW博士のplace cellのモノマネは面白いですよね。見たことがない人は一見の価値ありです。

2012年6月29日金曜日

やはりバルトークは良い

最近、通勤途中のカーステでバルトーク聞き直しましたが、改めていいもんですね。3つのピアノ協奏曲、2つのバイオリン協奏曲、絶筆となったビオラ協奏曲など、どれも良いです。ハンガリーを旅行したときにバルトークの家を訪れる事ができたのは、一生モノの思い出です。

2012年6月27日水曜日

解剖学は回路理解の基本

分子レベルの生物学研究者が遺伝子やタンパク質に理解の基礎をおいているように、解剖学はシステム神経科学者が理解しようとしている神経回路に対し、実在するモノとしての基盤を与えてくれます。そうですよね? でも解剖だけ知っていればいいというものでもありません。

2012年6月22日金曜日

Be the worst (最低であれ)

「才能がある勤勉なアプレンティスは、自分の成功に自己満足してはなりません。ソフトウェア開発の領域で二流よりかなり上になるのはとても簡単です。なぜなら、あまりに多くの人々が二流より少し上にいることに満足するからです。アプレンティスが想像さえできない熟練レベルで活動しているような他のチーム、組織、ジャーニーマン、それに熟練職人を探し求め、それらについて学ぶことで、あなたは二流に留まろうとする体質と戦わねばなりません。」

「あなたより優れた開発者に囲まれるようにしてください。あなたが最低のメンバーであり、成長する余地があるより強力なチームを見つけてください。・・・これはPat Methenyが若手のミュージシャンに与えた助言から引用しています『あなたが属するあらゆる楽団で最も下手でありなさい』」(アプレンティスシップ・パターン)

2012年6月20日水曜日

論文6/20/12

Science
Awake Hippocampal Sharp-Wave Ripples Support Spatial Memory
Shantanu P. Jadhav et al.

Neuron
Maternal Loss of Ube3a Produces an Excitatory/Inhibitory Imbalance through Neuron Type-Specific Synaptic Defects
Michael L. Wallace, Alain C. Burette, Richard J. Weinberg, Benjamin D. Philpot  

Nature Neuroscience
Thalamic control of cortical statesJames F A Poulet, Laura M J Fernandez, Sylvain Crochet and Carl C H Petersen

Activity recall in a visual cortical ensemble
Shengjin Xu, Wanchen Jiang, Mu-ming Poo and Yang Dan

Oscillatory dynamics in the hippocampus support dentate gyrus-CA3 coupling
Thomas Akam, Iris Oren, Laura Mantoan, Emily Ferenczi and Dimitri M Kullmann

Control of timing, rate and bursts of hippocampal place cells by dendritic and somatic inhibition
Sébastien Royer, Boris V Zemelman, Attila Losonczy, Jinhyun Kim, Frances Chance, Jeffrey C Magee and György Buzsáki

A toolbox of Cre-dependent optogenetic transgenic mice for light-induced activation and silencing
Linda Madisen, Tianyi Mao, Henner Koch, Jia-min Zhuo, Antal Berenyi, Shigeyoshi Fujisawa, Yun-Wei A Hsu, Alfredo J Garcia III, Xuan Gu, Sebastien Zanella, Jolene Kidney, Hong Gu, Yimei Mao, Bryan M Hooks, Edward S Boyden, György Buzsáki, Jan Marino Ramirez, Allan R Jones, Karel Svoboda, Xue Han, Eric E Turner and Hongkui Zeng

Nature
Opposite effects of fear conditioning and extinction on dendritic spine remodelling
Cora Sau Wan Lai, Thomas F. Franke & Wen-Biao Gan

Repetitive motor learning induces coordinated formation of clustered dendritic spines in vivo
Min Fu, Xinzhu Yu, Ju Lu & Yi Zuo

Corticostriatal plasticity is necessary for learning intentional neuroprosthetic skills
Aaron C. Koralek, Xin Jin, John D. Long II, Rui M. Costa & Jose M. Carmena

Optogenetic stimulation of a hippocampal engram activates fear memory recall Xu Liu, Steve Ramirez, Petti T. Pang, Corey B. Puryear, Arvind Govindarajan et al.

Choice-specific sequences in parietal cortex during a virtual-navigation decision task
Christopher D. Harvey, Philip Coen & David W. Tank

Multiple dynamic representations in the motor cortex during sensorimotor learning
D. Huber, D. A. Gutnisky, S. Peron, D. H. O’Connor, J. S. Wiegert et al.

Preferential electrical coupling regulates neocortical lineage-dependent microcircuit assembly
Yong-Chun Yu, Shuijin He, She Chen, Yinghui Fu, Keith N. Brown et al.

Clonally related visual cortical neurons show similar stimulus feature selectivity
Ye Li, Hui Lu, Pei-lin Cheng, Shaoyu Ge, Huatai Xu et al.

Brain-wide neuronal dynamics during motor adaptation in zebrafish
Misha B. Ahrens, Jennifer M. Li, Michael B. Orger, Drew N. Robson, Alexander F. Schier et al.

Gain control by layer six in cortical circuits of vision
Shawn R. Olsen, Dante S. Bortone, Hillel Adesnik & Massimo Scanziani

Recurrent network activity drives striatal synaptogenesis
Yevgenia Kozorovitskiy, Arpiar Saunders, Caroline A. Johnson, Bradford B. Lowell & Bernardo L. Sabatini







2012年6月19日火曜日

考え抜かれた上での単純さ

私が目指し、また愛するものはそういうものですね。「単純」だからといって簡単だとは限りません。

2012年6月15日金曜日

圧巻のセミナー

今日のMJS博士のBSIセミナーは圧巻でした。あれだけ感動的かつ衝撃的なトークは、私が一年間に聞くすべてのトークの中で一度あるかどうかですね。

2012年6月12日火曜日

プロジェクトのマネジメント

Scott Berkunの『アート・オブ・プロジェクトマネジメントーマイクロソフトで培われた実践手法』(オライリー)という本は、この手の本にしては面白い本でした。もともとソフトウェア開発のプロジェクトのための本ですが(特に本の前半部分はそう)、後半部分は、チームで働くあらゆるプロジェクトにあてはめることができそうです。

特に、第10章メンバーの邪魔をしない方法:プロセス、電子メール、打ち合わせ、第12章リーダーシップが信頼に基づく理由、第13章ものごとを成し遂げる方法、第16章社内の力関係と政治、などの章は面白かったです。部下をもつ多くの人に読んでほしいですね。

2012年6月9日土曜日

マウス用VRシステム

株式会社ソリッドレイ研究所のホームページに、インタビュー記事が掲載されました。当研究室のマウス用バーチャルリアリティシステムも紹介されています。

これで私も晴れて『ルパン3世』のモンキー・パンチ先生と並ぶ、VRユーザーということになれそうです(?)

2012年6月8日金曜日

UDPネットワークプログラミング

VC++からLabViewにデータを転送するプログラムで、floatの構造体をそのままsendtoで送ろうとしていましたが、(いくらLabViewといえども)これでは受信側で解読できないのは当たり前です。ちゃんとsprintfで文字列に変換し、バッファに詰めてから送りましょう。

2012年6月7日木曜日

文献管理の方法 その2

以前PubmedのMy NCBI collecitionのことについて書いたのですが、ログインとページ更新の動作がなぜか異様に遅いのと、pdfファイルの管理ができないことに不満をもっていました。

その後、良いなと思った方法は、FirefoxのプラグインであるZoteroとフリーのオンライン文献管理ソフトであるMendelayを同期させて使う方法です。特に最近iPadを使う機会が増えてきたので、文献もやっぱりクラウド管理が便利ですね。

Pubmedで検索して気になった論文を見つけたらジャーナルのページに飛んで、FirefoxのツールバーにあるZoteroのボタンを押すだけで、文献の書誌情報、ジャーナルのページのスナップショット、およびpdfファイルがZoteroのライブラリに保存されます。前もって設定しておけば、Mendeleyを開くたびにZoteroとMendelayとの間で同期を取ってくれるので、使っているうちに、こうした情報が自動的にMendelayのライブラリにアップデートされます。「文献を管理している」という実感がほとんどないのが、ズボラな私にぴったりですね。必要なことは検索してボタンを押すだけです。

Zoteroの良いところはブラウザと統合されているためにWebからの情報の取得が簡単なところで、Mendeleyの良いところはローカルに保存したpdfファイルをドラッグ&ドロップするだけで自動的に書誌情報を抽出してくれたり、アカウントにアップロードしたファイルに複数のデバイスからアクセスできたりと、電子的な文献の実体であるpdfファイルの扱いが容易なところです(実際、MendeleyがあればiPadで論文を読もうかという気にもなります)。私は今のところ、いいとこどり的に併用していますが、好みによってはどちらか一方でもいいのかもしれません。

2012年6月4日月曜日

論文6/4/12

Science
Neural Correlates of a Magnetic Sense
Le-Qing Wu et al.

The Geometric Structure of the Brain Fiber Pathways
Van J. Wedeen et al.

Hierarchical Genetic Organization of Human Cortical Surface Area
Chi-Hua Chen et al.

Long-Range-Projecting GABAergic Neurons Modulate Inhibition in Hippocampus and Entorhinal Cortex
Sarah Melzer et al.

Glucocorticoids Can Induce PTSD-Like Memory Impairments in Mice
Nadia Kaouane et al.

Generation of a Synthetic Memory Trace
Aleena R. Garner et al.

Sexual Deprivation Increases Ethanol Intake in Drosophila
G. Shohat-Ophir et al.

Neuron
Functional Split between Parietal and Entorhinal Cortices in the Rat
J.R. Whitlock, G. Pfuhl, N. Dagslott, M.-B. Moser, and E.I. Moser

Only Coherent Spiking in Posterior Parietal Cortex Coordinates Looking and Reaching
H.L. Dean, M.A. Hagan, and B. Pesaran

Computerized Cognitive Training Restores Neural Activity within the Reality Monitoring Network in Schizophrenia
K. Subramaniam, T.L. Luks, M. Fisher, G.V. Simpson, S. Nagarajan, and S. Vinogradov

Distinct Neuronal Coding Schemes in Memory Revealed by Selective Erasure of Fast Synchronous Synaptic Transmission
Wei Xu, Wade Morishita, Paul S. Buckmaster, Zhiping P. Pang, Robert C. Malenka, Thomas C. Südhof

Deafening Drives Cell-Type-Specific Changes to Dendritic Spines in a Sensorimotor Nucleus Important to Learned Vocalizations
Katherine A. Tschida, Richard Mooney

Clustered Dynamics of Inhibitory Synapses and Dendritic Spines in the Adult Neocortex
Jerry L. Chen, Katherine L. Villa, Jae Won Cha, Peter T.C. So, Yoshiyuki Kubota, Elly Nedivi

Elimination of Inhibitory Synapses Is a Major Component of Adult Ocular Dominance Plasticity
Daniëlle van Versendaal, Rajeev Rajendran, M. Hadi Saiepour, Jan Klooster, Laura Smit-Rigter, Jean-Pierre Sommeijer, Chris I. De Zeeuw, Sonja B. Hofer, J. Alexander Heimel, Christiaan N. Levelt

Distinct Cortical Circuit Mechanisms for Complex Forelimb Movement and Motor Map Topography
Thomas C. Harrison, Oliver G.S. Ayling, Timothy H. Murphy

Sensory Experience Restructures Thalamocortical Axons during Adulthood
Marcel Oberlaender, Alejandro Ramirez, Randy M. Bruno

Thalamocortical Inputs Show Post-Critical-Period Plasticity
Xin Yu, Seungsoo Chung, Der-Yow Chen, Shumin Wang, Stephen J. Dodd, Judith R. Walters, John T.R. Isaac, Alan P. Koretsky

PNAS
Gene regulation via excitation and BDNF is mediated by induction and phosphorylation of the Etv1 transcription factor in cerebellar granule cells
Haruka Abe, Makoto Okazawa, and Shigetada Nakanishi

J. Neurosci
Running Speed Alters the Frequency of Hippocampal Gamma Oscillations Omar J. Ahmed and Mayank R. Mehta

2012年6月3日日曜日

周到な準備の重要性

「木を切り倒すのに6時間もらえるなら、私は最初の4時間を斧を研ぐことに費やすだろう」エイブラハム・リンカーン

"If I had six hours to chop down a tree, I'd spent the first four hours sharpening the axe."
 -- Abraham Lincoln

こういう考え方は好きです。世の中には、斧の切れ味なんて考えずに「とにかく6時間斧を振れ」と指示するのが好きな人もいますからね。

2012年6月1日金曜日

日本の科学のダメなところ

その弊害を身をもって知ったというか、ちょっと反省もしています。これではいけません。

2012年5月30日水曜日

2012年5月25日金曜日

実験システムのクローン

同じ実験系の2台目を作るということは、「単に1台目をそっくりそのままコピーすれば良い」というような理想論で片付く問題ではないことが、往々にしてあります。

例えば、1台目を作ったときに買ったコンピュータが、ハード面(プロセッサやマザーボードなど)あるいはソフト面(OSなど)において現在は入手不可能になっているために、「そっくりそのままコピーする」ということが、そもそも不可能な場合があります。

それで、現在手に入るもので組み立てるしかないのですが、新しいマシンにプログラムを単にコピーしても、微妙な互換性の問題で全く同じ動作が保証されなかったりします( 何だかちょっと人間ぽいというか、双子やきょうだいでも性格が違うようなもんですかね)。

なぜかと聞かれても、実は原因はよくわからないことも多いのですが、こういう問題をあれこれと試行錯誤で解決できるというのも、研究者の実力のうちです。

2012年5月23日水曜日

論文5/22/12

Nature Reviews Neuroscience
The origin of extracellular fields and currents — EEG, ECoG, LFP and spikes
György Buzsáki, Costas A. Anastassiou & Christof Koch

J. Neurosci
A Cre-Dependent GCaMP3 Reporter Mouse for Neuronal Imaging In Vivo
Hatim A. Zariwala, Bart G. Borghuis, Tycho M. Hoogland, Linda Madisen, Lin Tian, Chris I. De Zeeuw, Hongkui Zeng, Loren L. Looger, Karel Svoboda, and Tsai-Wen Chen

Hippocampal Dynamics Predict Interindividual Cognitive Differences in Rats
Vincent Hok, Ehsan Chah, Richard B. Reilly, and Shane M. O'Mara

Cell
Large-Scale Cellular-Resolution Gene Profiling in Human Neocortex Reveals Species-Specific Molecular Signatures
H. Zeng, E.H. Shen, J.G. Hohmann, S.W. Oh, A. Bernard, J.J. Royall, K.J. Glattfelder, S.M. Sunkin, J.A. Morris, A.L. Guillozet-Bongaarts, K.A. Smith, A.J. Ebbert, B. Swanson, L. Kuan, D.T. Page, C.C. Overly, E.S. Lein, M.J. Hawrylycz, P.R. Hof, T.M. Hyde, J.E. Kleinman, and A.R. Jones

Evolution of Human-Specific Neural SRGAP2 Genes by Incomplete Segmental Duplication
M.Y. Dennis, X. Nuttle, P.H. Sudmant, F. Antonacci, T.A. Graves, M. Nefedov, J.A. Rosenfeld, S. Sajjadian, M. Malig, H. Kotkiewicz, C.J. Curry, S. Shafer, L.G. Shaffer, P.J. de Jong, R.K. Wilson, and E.E. Eichler

Young Dentate Granule Cells Mediate Pattern Separation, whereas Old Granule Cells Facilitate Pattern Completion
T. Nakashiba, J.D. Cushman, K.A. Pelkey, S. Renaudineau, D.L. Buhl, T.J. McHugh, V.R. Barrera, R. Chittajallu, K.S. Iwamoto, C.J. McBain, M.S. Fanselow, and S. Tonegawa

Curr. Opin.Neurobiol.
Real neuroscience in virtual worlds
Daniel A. Dombeck, Michael B. Reiser

Genetically encoded neural activity indicators
Loren L Looger, Oliver Griesbeck

Functional imaging in freely moving animals
Jason ND Kerr, Axel Nimmerjahn

Sequence learning and the role of the hippocampus in rodent navigation
David J Foster, James J Knierim

Learning and Memory 
Role of the dorsal hippocampus in object memory load
Sara Sannino, Fabio Russo, Giulia Torromino, Valentina Pendolino, Paolo Calabresi, and Elvira De Leonibus

2012年5月21日月曜日

金環日食見ました

7時32分から約5分間の金環日食、うちでは家族でみました。

天気予報は曇りでしたが、実際は薄雲がかかるくらいで、フィルター越しに見るにはかえって都合がよかったかもしれません。金環食になる直前から、辺りが夕方のように少し暗くなって、ちょっと神秘的な感じがしました。

2012年5月17日木曜日

ボーダーを越える

毎日少しづつ同じ方向に進んでいけば、いつかはボーダーを越える、すなわち質的に不連続な変化が起こる、ということです。

2012年5月11日金曜日

ImageJのROIをmatlabで読み込む

ImageJ上で囲んだROIの輪郭を、その後の解析や可視化のためにmatlabに読み込みたいときがあると思いますが、そのようなときに使えるのがこのmファイルです。

ROIのファイルかアーカイブへのパスを指定すると、バイナリファイルに書かれたROI情報をmatlabのstructureとして読み込んでくれます。

ただし、freehandで描いたROIをmatlabのplotで表示するときには、bounding boxのオフセット値を調整しないと正しい位置に表示されないみたいで、ちょっと小細工が必要でした。

2012年5月8日火曜日

タケノコ代替品

日本ではタケノコがおいしい季節ですが、アメリカに住んでたときにタケノコが食べたくなったときは、食感ちょっと似ているアーティチョークを食べていました。

2012年5月4日金曜日

良くない引用の例

著者自身の過去の論文を、研究の内容が今と昔で全然違っているのに、「方法」のところで引用(しかも免疫染色とかウエスタンとか誰でもできる実験の部分で)している研究者をときどき見かけますが、本当に真面目で優秀な研究者からはバカにされるので、こういうことはやめましょう。

2012年4月30日月曜日

Hebbの名著

『行動の機構』(The Organization of Behavior)、岩波文庫の日本語訳はしばらく絶版になっていましたが、最近(2011年4月)また復刊したんですね。知りませんでした。

出版物の「消費」(=読み捨て)傾向がますます加速する中で、本当に良い本がすぐ絶版になってしまうのは残念なことです。

同じく岩波文庫から出ていたベルナールの『実験医学序説』も古典の名著で、私も京都にいたときに一冊買ったのですが、どうやら今ではこれも入手できないみたいです。内容的には「医学的現象の因果律を信じ、実験で実証せよ」みたいなことが書かれているのですが、ベルナールの師匠マジャンディに関するエピソード(かつて一緒に実験したこととかね)も人間臭くて面白かったです。

ついでに岩波文庫『ロダンの言葉抄』も現在では入手困難になっているんですね。これは真の芸術家が芸術について語った珠玉の言葉が集められている、とんでもない名著なんですが、大変残念です。日本の出版界、大丈夫でしょうか。

2012年4月29日日曜日

懐かしい同窓会

今日は連休中ということもあり、出身中学校の同窓会に出席してきました。

前回の同窓会は10年前にあったそうですが、当時遠くに住んでいたこともあって出席できなかったので、今日、再会した友達はほとんどが「会うのは卒業以来」でした。

みんな当時の面影があって、懐かしかったですね。過ぎた時間の重みを感じました。お世話になった先生方にも会えてよかったです。自分の原点を見直すことができた気がして、また仕事がんばろうと思った一日でした。

2012年4月28日土曜日

時は金なり、あるいは8時間完全燃焼

「エクストリームプログラミングの技法を巡ってはさまざまな論争が起きているが、その火種の一つは、チームの開発者の労働時間を原則週40時間として、それ以上働くべきではないと主張されていることだ。・・・Bob Martinはこれを「8時間完全燃焼」に言い換えたんだ。これは、どうがんばっても8時間以上働き続けるのは無理なくらい容赦なく働くべき、という考え方だ。・・・毎日、職場に使える時間はわずか8時間だ。やって、やって、やるしかない、という気構えで作業にとりかかる。開始と終了の時刻に厳しく制約が課されていると、時間をきちんと管理して、より有効に使う習慣が自然と身に付いてくるだろう。・・・詰め込みによって作業に与えられた時間はわずかしかなく、それによって時間の価値がとても高くなるので、通常は作業の生産性が極めて高くなる。8時間完全燃焼は、早め早めに段どって作業をうまく凝縮させる方法だ。・・・」(Chad Fowler)

2012年4月24日火曜日

データバックアップ用の外付けHDD

最近はWindowsでもMacでも読み書きできるように、出荷時にすでにFAT32形式でフォーマットされているものもありますが、FAT32では4GB以上のファイルを書き込むことができないので(最近のイメージングデータは一つのファイルで数GBになるものもあります)、データバックアップ用にはNTFS形式で再フォーマットしておくのが吉です。

2012年4月21日土曜日

アンチパターン

・・・とは、プロジェクトが失敗に至るパターンを分類したものです。主にソフトウェア開発のプロジェクトで使われる言葉ですが、バイオ研究の現場でも、いろいろ思い当たる場面は多いのではないでしょうか。命名にウイット(あるいはアイロニー)が効いているのは、やはりバイオでなくIT独特の文化というか、個人的にはそういうのは好きです。

ちなみに構想はされても、最終的に開発・リリースされなかったソフトウェアのことは、ベーパーウェア(vaporware)なんて呼ばれたりします。 バイオ研究のグラント申請などでも、いつのまにか「蒸気」になっちゃうものもありますね。

2012年4月16日月曜日

論文4/16/12

Hippocampus
Greater running speeds result in altered hippocampal phase sequence dynamics
Andrew P. Maurer, Sara N. Burke, Peter Lipa, William E. Skaggs and Carol A. Barnes

Learning and Memory
Visual landmarks facilitate rodent spatial navigation in virtual reality environments
Isaac A. Youngstrom and Ben W. Strowbridge

4月からの新体制

4月から新しい研究員が加わり、プロジェクトの構成員は私以下、ポスドク1、テクニシャン1の体制になりました。よく考えると、サイズ的にはいわゆる日本の「若手テニュアトラック」型の研究グループと同じですね。

多くの方々の尽力により、おかげさまで今のところリソースにも共同研究者にも恵まれていますので、こうした”sheltered independence”的環境で研究できるうちに、研究者としての実力を蓄えようと思っています。

2012年4月12日木曜日

赤ちゃん研究員、再び

うちの子は今日も再び出動でした。付き添いで参加する私も職業柄、実験室の設備を見せていただいたり、タスクの説明を聞いたりするのは面白いですね。

実験の後には、研究員の方から、「目が大きいので、眼球運動の自動追跡がしやすかった」と、ありがたいお褒め(?)の言葉をいただきました。

今日は天気もすこぶる良かったので、お昼休みは家族3人で外で桜を見ながらお弁当を食べました。午後は自分の実験でも良い結果が得られて、言うこと無しの一日でした。

2012年4月11日水曜日

良い道具は良い

悪いもの、古いもの、間違ったものでは決してできないことが可能になります。しかも、いとも簡単に。一度使ったら、もう以前のものには戻れません。

2012年4月2日月曜日

2012年4月1日日曜日

新年度の抱負2012

気がついたら帰国して3年が過ぎていたので、そろそろ成果を出してジョブマーケットに出ようと思っています。

2012年3月28日水曜日

赤ちゃん研究員デビュー

私の勤めている研究所には、赤ちゃんの言語発達を調べている研究チームがあります。

今日は、うちの子供が「赤ちゃん研究員」として、そのチームの調査に参加することになっていたので、家族そろって出勤しました。親子で脳研究です。

調査は、2種類の音に対する視線の反応をビデオで記録するというものでした。良いデータが取れているといいです。

2012年3月26日月曜日

イメージングの極意

報道によれば、映画監督のジェームズ・キャメロン氏が特注の一人乗りの潜水艇で世界最深のマリアナ海溝の海底(深さ10911メートル)まで潜水し、試料の採取と3D動画の撮影をしたのだとか。

どんな景色が見えたのかと想像するだけで、これはすごいです。工夫を凝らして、誰も行ったことのないところで映像を撮る、というのは、まさにイメージングの極意ですね。

2012年3月17日土曜日

巨大なトラックボール

ポインティングデバイスとしてのトラックボールは、直径が55mmもあれば「大型」ということらしいですが、かつて(1995年)マイクロソフトは、まだマウスをうまく操作できない子供用に、"EasyBall"と呼ばれる直径100mmの巨大なトラックボールを発売していました(ちなみに日本では発売されなかったみたいですが)。

2012年3月15日木曜日

2012年3月14日水曜日

経験から学ぶ

実験は繰り返し何度もやっているうちに、もっと上手なやり方や新しい事実など、いろいろなことがわかってくるものです。同じ食べ物でもずっと食べていると微妙な味の良し悪しがわかってくるようなものかもしれません。実際に仕事をする人間だけがわかる面白さですね。

2012年3月12日月曜日

極私的長篇小説ベスト3

日本に帰って来てからは小説など読む時間がとれなくなってしまっているのが、(人生の楽しみ、あるいは生活の潤いという点で)ちと残念ですが、アメリカにいるときは、日本語恋しさもあって、よく読んでいました。以下は(無人島に行くなら持っていきたい)極私的長篇小説ベスト3です。でも将来はまた変わるかもしれません。

1)ドストエフスキー『カラマーゾフの兄弟』あるいは『罪と罰』
2)オーウェル『1984年』
3)村上春樹『ねじまき鳥クロニクル』
次点)リルケ『マルテの手記』

『カラマーゾフ』と『罪と罰』はベスト1と2にしてもいいのですが、一作家一作品ということであれば、作品のスケールでいえば『カラマーゾフ』、娯楽性ということであれば『罪と罰』をとりたいと思います。『カラマーゾフ』は金太郎アメのように、どこを切っても小説ですね。『罪と罰』では、主人公ラスコーリニコフと判事ポルフィーリィの対決、そしてラスコがソーニャによって救われるあたりが読みどころです。

それから、『カラマーゾフ』には「大審問官」、『1984年』には「寡頭制集産主義の理論と実践」、そして『ねじまき鳥』には「間宮中尉の長い話」という、それぞれの作品の中にあって、あたかも作品全体の主要テーマが凝縮されたかのように独立性をもった一部分が含まれています。時間がないけど作品の世界に浸りたいときは、ここだけパラパラめくって読むこともありますね。

2012年3月11日日曜日

震災から1年

人生観が変わるような「あの日」の出来事から、1年が経ちました。

長かった1年ですね。この1年間、仕事でも生活でも大きな変化がありました。家族が健康で、毎日研究ができる、という当たり前のことに感謝したいと思います。

2012年3月8日木曜日

仕事と遊び

実験で使っているソフトウェアのユーザー会に参加しました。社長さんも面白い人なんですが、やはり遊び心のある会社はよいなと思っております。

2012年3月7日水曜日

Windows7でディスプレイが表示されないとき

モニタの設定や解像度の変更で、間違って何も表示されなくなってしまった場合、リセットボタンか電源を切って再起動し、F8キーを押して詳細ブートオプションから「低解像度ビデオを有効にする」を選択してWindowsを起動すると、めでたく再設定が可能になります。

2012年3月6日火曜日

本末転倒な日々

いろんな方面からの雑務に追われていて、なかなか研究に集中できないですね。これでは本末転倒です。

2012年3月1日木曜日

研究温故知新

私は読書でも古典好きなんですが、論文も古い名作を読むのは好きですね。

最近の論文では細分化されてしまってわかりにくくなっている問題の原型が、古い論文の中にかなりはっきりと読み取れることがあります。昔の偉大な研究者に対する尊敬の念がわき起こる瞬間です。

2012年2月29日水曜日

もうすぐ震災から1年

日本医師会が震災1年を前に、津波映像の放送を自粛するように報道各局に申し入れしたそうですが、これには賛成ですね。

津波が押し寄せる映像とか、原発が爆発する映像とか、繰り返し何度も見て楽しいものではありません。9・11テロで世界貿易センタービルが倒壊する映像を見て、アメリカ人がどのような感情をもったのか、私もようやく実感をもって理解できた気がします。

2012年2月25日土曜日

文献管理の方法

ダウンロードしたpdfファイルをiPapersのようなソフトウェアで管理することも試しましたが、長続きしませんでした。今はPubmedで検索して、気になる論文はそのままMy NCBIのcollectionsに分類しています。これはそこそこ便利な機能ではあるのですが、なぜか動作が重いのが玉にキズです。

私は昔ながらの人間なのか、コンピュータのスクリーンで本や論文を読むと、あまり内容が頭に入った気がしません。なので、ちゃんと勉強するつもりで読む論文は、かならず印刷して読んでいますね。ちょっと矛盾した言い方だけど、「情報というモノの存在感」というのでしょうか、印刷物の紙の質感とか、ぱっと見たときのページのレイアウトとか、一瞬で全体に目を通すことができるとか(=瞬間的に膨大な情報量を得て、かつ直感的な取捨選択が行える)、あるいは読みながら書き込みができたり、折ってポケットに入れて持ち運べたりだとか、紙媒体のもつそういう便利さが、私にとって情報のリアリティにつながっているのかもしれません。

2012年2月24日金曜日

実験がうまくいかないとき

人にいろいろ聞くのもいいと思いますが、自分の実験には参考にならない余計な情報が入りこんで、かえって迷走する危険性もあります。「誰々はこう言っていた」という情報に通じるのもよいですが、そこに自分というものがなくては、研究で飯を食っているプロとしてはちょっと恥ずかしい。

対処法はそれぞれだと思いますが、私は参考になりそうな論文を探してじっくり読んだり、自分の結果をよく見直して、トラブルの原因を示す小さなサインをその中に探す方が好きですね。よく見ていると、ここが怪しそうだなというのがなんとなく直感で見えてきます。自分の「内なる声」とでもいうのでしょうか?結局は自らの経験に学ぶのが、一番勉強になるように思います。

2012年2月22日水曜日

論文2/22/12

Science
Visualizing Long-Term Memory Formation in Two Neurons of the Drosophila Brain
Chun-Chao Chen et al.

Locally Synchronized Synaptic Inputs
Naoya Takahashi et al.

Nature Neuroscience
Semaphorin 3E–Plexin-D1 signaling controls pathway-specific synapse formation in the striatum
Jun B Ding, Won-Jong Oh, Bernardo L Sabatini and Chenghua Gu

Visual map development depends on the temporal pattern of binocular activity in mice
Jiayi Zhang, James B Ackman, Hong-Ping Xu and Michael C Crair

Nature
Topoisomerase inhibitors unsilence the dormant allele of Ube3a in neurons
Hsien-Sung Huang, John A. Allen, Angela M. Mabb, Ian F. King, Jayalakshmi Miriyala, Bonnie Taylor-Blake, Noah Sciaky, J. Walter Dutton, Hyeong-Min Lee, Xin Chen, Jian Jin, Arlene S. Bridges, Mark J. Zylka, Bryan L. Roth & Benjamin D. Philpot

2012年2月19日日曜日

Windows7が正常にシャットダウンしないとき

実験データ取得用に最近新しく買ったコンピュータのトラブルでしたが、デバイスマネージャーからオーディオドライバ(Realtek High Definition Audio)を無効にしたら、なぜか正常に終了するようになりました。ちょっと応急処置的ですが、このマシンは別に音が出なくても困らないので、これでも良いのかもしれません。

(追記)シャットダウンできない症状がまた復活したので、パソコンにプレインストールされていたMcAfeeのセキュリティソフトをアンインストールしたら、正常にシャットダウンするようになりました。こっちが本当の原因かもしれません。(4月10日)

2012年2月18日土曜日

大河ドラマの音楽、その後

『平清盛』、私は悪くないと思うんですが、視聴率があまりよろしくないようですな。極私的には、画面を見てるとついつい音楽の方に注意が向いてしまって、なんだか吉松隆の音楽に芝居がついているような気分になってきます。

鳥羽上皇役の三上博史は狂気の演技で、多くの出演者の中にあって一人だけ異彩を放っています。さすがに寺山修司の『草迷宮』でデビューしただけのことはあります。清盛役の松山ケンイチ君は、粗野で豪快な武士の役を一生懸命演じていますが、ああいう役は往年の三船敏郎が得意としていました。『七人の侍』の菊千代ですね。

2012年2月17日金曜日

論文2/17/12

J. Neurophys.

Nonlinearity of two-photon Ca2+ imaging yields distorted measurements of tuning for V1 neuronal populations
Ian Nauhaus, Kristina J. Nielsen, and Edward M. Callaway

PNAS
Homeostatic plasticity mechanisms are required for juvenile, but not adult, ocular dominance plasticity
Adam Ranson, Claire E. J. Cheetham, Kevin Fox, and Frank Sengpiel

Nature Methods
Fast two-photon in vivo imaging with three-dimensional random-access scanning in large tissue volumes
Gergely Katona, Gergely Szalay, Pál Maák, Attila Kaszás, Máté Veress, Dániel Hillier, Balázs Chiovini, E Sylvester Vizi, Botond Roska and Balázs Rózsa

Cell

Local Zones of Endoplasmic Reticulum Complexity Confine Cargo in Neuronal Dendrites
T. Cui-Wang, C. Hanus, T. Cui, T. Helton, J. Bourne, D. Watson, K.M. Harris, and M.D. Ehlers

Generation of Chimeric Rhesus Monkeys
M. Tachibana, M. Sparman, C. Ramsey, H. Ma, H.-S. Lee, M.C.T. Penedo, and S. Mitalipov

Modular Genetic Control of Sexually Dimorphic Behaviors
X. Xu, J.K. Coats, C.F. Yang, A. Wang, O.M. Ahmed, M. Alvarado, T. Izumi, and N.M. Shah

J. Neurosci.
Weak and Nondiscriminative Responses to Conspecifics in the Rat Hippocampus
Moritz von Heimendahl, Rajnish P. Rao, and Michael Brecht

2012年2月15日水曜日

研究の「自己評価」

年度末といえば報告書の季節です。

ある研究費の報告書に、成果の「自己評価」という欄があるのですが、これ、どうやって記入したらよいものやら、意外と難しい。

やっぱりプロとして研究している以上、自信をもってオールAをつけるべきでしょうかね。それとも自己批判能力の欠けたオメデタイ人だと思われないよう、「謙虚に」ひとつふたつBを混ぜておくか。

でも自分でB評価つけるくらいなら、その前にしっかり研究しろって思いません?

2012年2月8日水曜日

私の好きな邦画作品

NHK朝の連ドラ『カーネーション』に出演中の尾野真千子さん。映画デビューは河瀬直美監督の『萌の朱雀』なんですが、この作品、今から約10年ほど前の、私の最も好きな邦画作品の一つでした(もう一本は是枝裕和の『幻の光』)。とても淡々として静かで美しい作品です。ピアノの主題曲も良かったですね。

当時、京都に住んでたこともあって、ロケ地の奈良県の西吉野村を訪れたことも懐かしい思い出です。

でも、そんな私が、アメリカで暮らすようになってはじめて、1950年代という日本映画の黄金時代と、黒澤、溝口、小津という監督たちの凄さを「発見」することになるのでした。現代の日本では彼らの作品に触れる機会は少ないですからね。

2012年2月7日火曜日

国産バンザイ

海外の光学部品メーカーのT社のパーツ、同じ型番のパーツでも最近いきなり仕様が変わったものがあり、普通に使っている分にはまあ問題はないのですが、付属のネジが短くなったのか、これまでネジ止めできていたはずのものが止まらなくなって、ちょっと困りました。なんだか丈の短い安いシャツのような話です。

架台を組むときなどに使うアルミフレームは、T社より国産のM社のほうがずいぶん安いですね。半額くらいじゃないでしょうか。パーツのバリエーションも多いですね。多すぎてかえって迷うくらいです。

2012年2月2日木曜日

私の好きな絵本作家

うちで、こどもに読み聞かせるために図書館でよく借りてくる絵本は、レオ・レオニ、ディック・ブルーナ、五味太郎あたりです。

特に五味さんの作品は、無邪気でユーモアがあって奔放で、すごいと思いますね。親の私が読んでて爆笑してしまいます。『その気になった!』とか面白かったです。

2012年1月31日火曜日

National Instruments社のDAQデバイスがうまく認識されないとき

Windowsのデバイスマネージャではデバイスが表示されるのに、Measurement & Automation Explorerでセルフテストをするとエラー-88705がでる場合、Windowsの管理ツールで"NI Device Loader Windows Service"が起動時に毎回作動するように手動で設定すると、うまくいきます。詳しくはこちら

2012年1月29日日曜日

人生初めての体験

実家の近くにある某動物園。すでに開園して30年以上の時間が経っているんですが、今日、妻と子供を連れて、はじめて行って来ました。

いろんな動物見れて楽しかったけど(その他もツッコミどころ満載)、冷たい風がピューピュー吹いて、めちゃくちゃ寒かったです。

こういうものは近所すぎると存在が当たり前すぎて、かえって行かないものなのかも。京都の人がお寺にいったことないようなものか??

いや〜、それにしても人生の謎を一つ解いた、感慨深い一日でした。

2012年1月22日日曜日

仕事の割り込みによる能率の低下

「・・・コンピュータとは違って、我々の脳には「スタック退避」や「スタックのリロード」といった命令が備わっていません。代わりに記憶の全項目をいわばひとつひとつ呼び戻さなくてはいけないのです。つまり仕事に没入しているときに割り込みで中断させられたとすると、また元通り没入するのに平均20分かかるというわけです。20分ですよ。1日のうちに何回割り込みがかかるか考えてみてください。1回の割り込みで復帰に20分を要するなら、1日のかなりの部分が無駄に費やされていることになります。これこそがプログラマが一般に割り込み(特にプログラマ以外の人による割り込み)を嫌がる理由の説明となるのではないでしょうか。」(アンディ・ハント)

2012年1月21日土曜日

またまた・・・

やっぱり、ちゃんと勉強して考えないと一流の仕事はできないなと、改めて思った一日でした。

2012年1月20日金曜日

久しぶりの京都

大学院の出身研究室の30周年記念シンポジウムで京都に行ってきました。実は日本に帰国してから初めての京都で、街も大学もずいぶん変わったなという印象です。今から思えば、この街でずいぶん長いこと暮らしていたんだなと。同窓会では懐かしい顔ぶれにたくさん会うことができて、楽しい時間を過ごしました。

2012年1月19日木曜日

Oblique Strategies

ブライアン・イーノとピーター・シュミットが作った、問題解決のための「ありがたい御信託」が書かれた100枚のカードセット"Oblique Strategies"。iPhone版やiGoogleのガジェットもあるみたいですね。私も仕事の合間の休憩に、ついついクリックしてしまいます。

2012年1月18日水曜日

結末欲求

「我々は疑いや不確実性が残っていると落ち着きません。そのため不確実な点を明らかにして未解決の問題を解決し結末に至ろうとします。しかし不確実なことは良いことでもあり得るのです。選択の可能性を残しておけるのです。「未熟な結末」を強制すると、選択の幅が狭まり、誤りを犯しやすくなります。」

アンディ・ハント『リファクタリング・ウェットウェア』

2012年1月16日月曜日

「汚い画面」の美しい音楽

「画面が汚い」と評判のNHK大河ドラマ『平清盛』ですが、吉松隆が音楽を担当していたんですね。再放送の録画を妻と見ていたら、確かに劇中随所で吉松サウンドが聞こえました。

私は、同じく吉松が音楽を担当した2003年の『ASTRO BOY 鉄腕アトム』も楽しみに見ていましたが、毎週吉松の音楽がテレビで聞けるのは、ファンとしてはうれしい限りです。

2012年1月15日日曜日

ルールは達人を破滅させる

「・・・ドレイファスの研究においても、これが実証されています。まず、航空会社のベテランパイロットに自らの知識に基づく「ベストプラクティス」を初心者向けのルールにするよう依頼しました。ベテランたちはルールにまとめあげることに成功し、初心者はそのルールに基づいて自分たちのパフォーマンスを改善することができました。
 ところがその研究では、達人パイロットをも自らの作ったルールに従わせてみたのです。その結果どうなったかというと、達人たちのパフォーマンスは著しく低下してしまったのです。
 共同作業の場合も同様です。厳しい規則を押しつける開発方法論や社風は、チーム内の達人にどのような影響を与えるでしょうか。達人のパフォーマンスを初心者レベルに引きずり下ろしてしまいます。競合に打ち勝つための「達人の技」がすべて失われてしまうことになるのです。」

「方法論の対象を初心者に定めると、経験豊かなチームメンバーは劣悪な環境で仕事しなければならなくなるので、所属するチームもしくは組織を去ってしまうのです。」

アンディ・ハント『リファクタリング・ウェットウェア』

2012年1月7日土曜日

1兆フレーム/秒の世界

フェムト秒超短パルスレーザーって、1秒間に1兆フレームの超・超・超・超高速撮影をすると、ちゃんとパルス状に見えるんですね。

こういうことをやってのける人たちは、スゴいです。

2012年1月6日金曜日

論文1/6/12

Science
Entorhinal Cortex Layer III Input to the Hippocampus Is Crucial for Temporal Association Memory Junghyup Suh, Alexander J. Rivest, Toshiaki Nakashiba, Takashi Tominaga, Susumu Tonegawa

Inhibitory Plasticity Balances Excitation and Inhibition in Sensory Pathways and Memory Networks
T. P. Vogels, H. Sprekeler, F. Zenke, C. Clopath, W. Gerstner

Npas4 Regulates a Transcriptional Program in CA3 Required for Contextual Memory Formation
Kartik Ramamoorthi, Robin Fropf, Gabriel M. Belfort, Helen L. Fitzmaurice, Ross M. McKinney, Rachael L. Neve, Tim Otto, Yingxi Lin

nature
A disinhibitory microcircuit for associative fear learning in the auditory cortex Johannes J. Letzkus, Steffen B. E. Wolff, Elisabeth M. M. Meyer, Philip Tovote, Julien Courtin, Cyril Herry & Andreas Lüthi

Neuron
Genetic Influences on Cortical Regionalization in the Human Brain
C.-H. Chen, M.S. Panizzon, L.T. Eyler, T.L. Jernigan, W. Thompson, C. Fennema-Notestine, A.J. Jak, M.C. Neale, C.E. Franz, S. Hamza, M.J. Lyons, M.D. Grant, B. Fischl, L.J. Seidman, M.T. Tsuang, W.S. Kremen, and A.M. Dale

Functional Network Organization of the Human Brain
J.D. Power, A.L. Cohen, S.M. Nelson, G.S. Wig, K.A. Barnes, J.A. Church, A.C. Vogel, T.O. Laumann, F.M. Miezin, B.L. Schlaggar, and S.E. Petersen

Increased Size and Stability of CA1 and CA3 Place Fields in HCN1 Knockout Mice
S.A. Hussaini, K.A. Kempadoo, S.J. Thuault, S.A. Siegelbaum, and E.R. Kandel

A Cre-Dependent, Anterograde Transsynaptic Viral Tracer for Mapping Output Pathways of Genetically Marked Neurons
L. Lo and D.J. Anderson

Activity-Dependent Clustering of Functional Synaptic Inputs on Developing Hippocampal Dendrites
T. Kleindienst, J. Winnubst, C. Roth-Alpermann, T. Bonhoeffer, and C. Lohmann

Functional Specialization of Mouse Higher Visual Cortical Areas M.L. Andermann, A.M. Kerlin, D.K. Roumis, L.L. Glickfeld, and R.C. Reid

Functional Specialization of Seven Mouse Visual Cortical Areas
J.H. Marshel, M.E. Garrett, I. Nauhaus, and E.M. Callaway


Nature Neuroscience
GABAergic circuits mediate the reinforcement-related signals of striatal cholinergic interneurons
Daniel F English, Osvaldo Ibanez-Sandoval, Eran Stark, Fatuel Tecuapetla, György Buzsáki, Karl Deisseroth, James M Tepper and Tibor Koos

Optetrode: a multichannel readout for optogenetic control in freely moving mice
Polina Anikeeva, Aaron S Andalman, Ilana Witten, Melissa Warden, Inbal Goshen, Logan Grosenick, Lisa A Gunaydin, Loren M Frank and Karl Deisseroth


2012年1月5日木曜日

論文1/5/12

PNAS
Characterization and adaptive optical correction of aberrations during in vivo imaging in the mouse cortex
Na Ji, Takashi R. Sato, and Eric Betzig

Rapid experience-dependent plasticity of synapse function and structure in ferret visual cortex in vivo
Hongbo Yu, Ania K. Majewska, and Mriganka Sur

Nature Methods
mGRASP enables mapping mammalian synaptic connectivity with light microscopy
Jinhyun Kim, Ting Zhao, Ronald S Petralia, Yang Yu, Hanchuan Peng, Eugene Myers and Jeffrey C Magee

Optical recording of action potentials in mammalian neurons using a microbial rhodopsin
Joel M Kralj, Adam D Douglass, Daniel R Hochbaum, Dougal Maclaurin and Adam E Cohen

PLoS Biology
MicroRNA-Driven Developmental Remodeling in the Brain Distinguishes Humans from Other Primates
Mehmet Somel, Xiling Liu, Lin Tang, Zheng Yan, Haiyang Hu, Song Guo, Xi Jiang, Xiaoyu Zhang, Guohua Xu, Gangcai Xie, Na Li, Yuhui Hu, Wei Chen, Svante Pääbo, Philipp Khaitovich

Nature Reviews Neuroscience
Virtual reality in neuroscience research and therapy
Corey J. Bohil, Bradly Alicea & Frank A. Biocca

Current opinion in Neurobiology
Models of place and grid cell firing and theta rhythmicity
Neil Burgess, John O’Keefe

Interneuron networks in the hippocampus
Dimitri M Kullmann

New methods for localizing and manipulating neuronal dynamics in behaving animals
Michale S Fee, Michael A Long

Cell
Grid Cells Use HCN1 Channels for Spatial Scaling
L.M. Giocomo, S.A. Hussaini, F. Zheng, E.R. Kandel, M.-B. Moser, and E.I. Moser

Frontiers in Cellular Neuroscience

Quantitative Comparison of Genetically Encoded Ca2+ Indicators in Cortical Pyramidal Cells and Cerebellar Purkinje Cells
Yoshiyuki Yamada, Takayuki Michikawa, Mitsuhiro Hashimoto, Kazuki Horikawa, Takeharu Nagai, Atsushi Miyawaki, Michael Häusser and Katsuhiko Mikoshiba

Current Biology

Acquiring ''the Knowledge'' of London's Layout Drives Structural Brain Changes
K. Woollett and E.A. Maguire

J.Neurosci
Neural Correlates of Object-in-Place Learning in Hippocampus and Prefrontal Cortex Jangjin Kim, Sébastien Delcasso, and Inah Lee