2011年11月30日水曜日

CAGプロモーターとCBAプロモーター

外来遺伝子を細胞種非依存的に過剰発現させるためによく使われる、約1.6kb長の「CAGプロモーター」と「CBAプロモーター」は、どちらも「CMVエンハンサーとchicken beta-actinプロモーターのハイブリッドプロモーター」を指しているのですが、果たして確かに同一のものかと調べてみると、やはり同じということになるようです。

すると次の疑問は、CAGとCBAがそれぞれ何を表しているかということになるのですが、CBAに関しては、そのものずばり”Chicken Beta-Actin"が大多数で、中には少数派ながら”CMV/chicken-Beta-Actin"というのもちらほら見受けられます。

CAGはちょっと難しくて、CはCMV、Aはactinかなと思うのですが、Gは何かと考えると、beta-actinプロモーターの下流に挿入されているbeta-globinのイントロンのことを指しているのではないかと解釈できます。ただもともとのpCAGGSベクターのマップを見てみると、CMVエンハンサーの下流にあえて「CAGプロモーター」と書かれているあたり、実はCAGのCはCMVでなく、ChickenのCという別解釈もあるなと。

さらにpCAGGSの「CAGGS」ってどの要素を指しているのかと考えてみると、一つ目のGはbeta-Globin intron、二つ目のGはbeta-Globin polyAならば、最後のSはなんだろう。SV40 ori/polyAかもしれません。

なんだか分子生物学者が酒を飲みながらする話のようですね。

(追記)「CBAプロモーター」と記載されたプロモーターの中には、「CAGプロモーター」のbeta-globinイントロンの代わりにgrowth hormoneのイントロンが使われているものもあったりするので、両者は厳密には違うのかもしれませんね。

2011年11月26日土曜日

最近の反省2

Paxinosの有名なアトラス”The Mouse Brain"。最近思うところがあって第3版を買ったのですが、以前の第2版にはなかった水平断切片の写真も載っていて、情報量が本質的に増えています。付属のDVDにはpdf版のファイルも含まれていて、論文の図やスライドを作るときなどに便利です。

実はこの第3版はもう4年も前に出たものなので、今頃そんな寝ぼけたことを言っているとノンキ坊主と笑われそうです。こういうものは研究室に古い版があると、わざわざ新しいものを買わないことが多いですが、やはり新しい物はそれなりに良くなっているものだなと思いました。

2011年11月25日金曜日

最近の反省

あまり良いアイデアが浮かばないときは、勉強不足ということが多いですね。

2011年11月24日木曜日

知る人ぞ知る・・・その2

バンコードで作ったベルトを使って、トレーの開閉ができなかった古いCDプレーヤーを修理しました。

機種はDENONのDCD-1610です。上フタとフロントパネルを外して、2カ所ある伸びきったゴムベルトを、オレンジ色のバンコードベルトに交換したら、きちんと開閉するようになりました。

家にあるアンプにつないで鳴らすと、なかなかいい音がしますね。これもトレーが開かないだけでジャンク扱いになっていたかもしれないと思うと、もったいないです。





2011年11月23日水曜日

最近のレーザーは...

高出力かつコンピュータ制御が当たり前になり、レーザーのことを知らなくてもパソコンのキーを叩くだけで使えるようになったというのは、ある意味すごいことだなと思っています。その使用感を例えれば、排気量の大きなエンジンを積んだ自動変速の車で、高速道路を飛ばしているような感覚ですね。良くいえば簡単で爽快、悪くいえば退屈です。

自分がマニュアル操作の古いレーザーで経験が積むことができたのは、今となっては幸運でした。プリズムのノブを回してモードロックがかかったときには妙な快感(?)がありましたし、パワーの損失を抑えて画像の明るさと解像度を上げるため、光路の設計と調整には様々な工夫を凝らしました。そういう経験から、ずいぶん多くのことを学んだなと思っています。

2011年11月21日月曜日

知る人ぞ知る・・・

バンドー化学の「バンコード」。やっと東急ハンズで入手しました。熱で両端を接着して好きな長さのゴムベルトが作れるんですが、これでトレーが開かなくなった昔のCDプレイヤーがよみがえりそうです。

(補足)接着のときハンダゴテを使ったら温度が低くてあまりきれいに溶けませんでした。ネットで紹介されているノギスを使う方法もなんだかイマイチ...。私の場合、ターボライターであぶって、手でもって接着した方が速くきれいに接着できました。

2011年11月15日火曜日

思い出の品

高校生の頃に秋葉原で買って、京都で下宿してからは実家でお蔵入りになっていたアンプ(もちろん電気生理用ではなくオーディオのです。ソニー製)を買い取りに出したら、結構よい値段がつきました。

20年以上前のいわゆる「バブル期」の製品は、物量を惜しみなく投入して性能を追究したものが多かったですね。いい時代でした。今は安くて軽いものがもてはやされる時代ですが、経済性や効率の陰で、本物の良さまで忘れ去られてしまっている気もします。

2011年11月9日水曜日

2011年11月6日日曜日

ギリシャの危機

テレビのニュースでよく映る、アテネ中心部のシンタグマ広場前の国会議事堂。私たちも2年前の夏に訪れたとき、付近を歩いて散策しました。

ギリシャは長い歴史に美しい海と島々をもつ素晴らしい国だと思うんですが、あのときのホテルやレストランで働く人々、みんな混乱の中で生活されているかと思うと、心が痛みますね。

ギリシャの財政がここまで危機的状況になった顛末を読むと、どこかでいろいろと思い当たることが・・・これが日本の将来の姿でないといいのですが。

2011年11月4日金曜日

やっぱり研究者は・・・

継続的に質の高い仕事を出していかないといけないなと、当たり前のことを再認識した一日でした。

論文11/4/11

Science
Chemical and Genetic Engineering of Selective Ion Channel-Ligand Interactions
Christopher J. Magnus et al.

A Gustotopic Map of Taste Qualities in the Mammalian Brain Xiaoke Chen1, Mariano Gabitto1, Yueqing Peng, Nicholas J. P. Ryba, Charles S. Zuker

Diurnal and Seasonal Mood Vary with Work, Sleep, and Daylength Across Diverse Cultures
Scott A. Golder et al.

An Expanded Palette of Genetically Encoded Ca2+ Indicators
Yongxin Zhao et al.

Early Gamma Oscillations Synchronize Developing Thalamus and Cortex Marat Minlebaev1,2, Matthew Colonnese, Timur Tsintsadze, Anton Sirota, Roustem Khazipov

Cerebellum Shapes Hippocampal Spatial Code
Christelle Rochefort, Arnaud Arabo1, Marion André, Bruno Poucet, Etienne Save, Laure Rondi-Reig

Clonal Production and Organization of Inhibitory Interneurons in the Neocortex
Keith N. Brown, She Chen, Zhi Han, Chun-Hui Lu, Xin Tan, Xin-Jun Zhang, Liya Ding, Alejandro Lopez-Cruz, Dieter Saur, Stewart A. Anderson, Kun Huang, Song-Hai Shi

Bidirectional Control of Social Hierarchy by Synaptic Efficacy in Medial Prefrontal Cortex
Fei Wang, Jun Zhu, Hong Zhu, Qi Zhang, Zhanmin Lin, Hailan Hu

Neuron
Loss of Sensory Input Causes Rapid Structural Changes of Inhibitory Neurons in Adult Mouse Visual Cortex
T. Keck, V. Scheuss, R.I. Jacobsen, C.J. Wierenga, U.T. Eysel, T. Bonhoeffer, and M. Hübener

Long-Range Neuronal Circuits Underlying the Interaction between Sensory and Motor Cortex T. Mao, D. Kusefoglu, B.M. Hooks, D. Huber, L. Petreanu, and K. Svoboda

Coherent Phasic Excitation during Hippocampal Ripples N. Maier, Á . Tejero-Cantero, A.L. Dorrn, J. Winterer, P.S. Beed, G. Morris, R. Kempter, J.F.A. Poulet, C. Leibold, and D. Schmitz

Multisensory Integration of Natural Odors and Sounds in the Auditory Cortex
Lior Cohen, Gideon Rothschild, Adi Mizrahi

Nature Neuroscience
Fast-spiking interneurons have an initial orientation bias that is lost with vision
Sandra J Kuhlman, Elaine Tring and Joshua T Trachtenberg

Hippocampal CA1 pyramidal cells form functionally distinct sublayers
Kenji Mizuseki, Kamran Diba, Eva Pastalkova and György Buzsáki

Anisotropic encoding of three-dimensional space by place cells and grid cells
Robin Hayman, Madeleine A Verriotis, Aleksandar Jovalekic, André A Fenton and Kathryn J Jeffery

A critical period for auditory thalamocortical connectivity
Tania Rinaldi Barkat, Daniel B Polley and Takao K Hensch

A circadian clock in hippocampus is regulated by interaction between oligophrenin-1 and Rev-erbα
Pamela Valnegri, Malik Khelfaoui, Olivier Dorseuil, Silvia Bassani, Celine Lagneaux, Antonella Gianfelice, Roberta Benfante, Jamel Chelly, Pierre Billuart, Carlo Sala and Maria Passafaro

Hemisphere-specific optogenetic stimulation reveals left-right asymmetry of hippocampal plasticity
Michael M Kohl, Olivia A Shipton, Robert M Deacon, J Nicholas P Rawlins, Karl Deisseroth and Ole Paulsen

Scale: a chemical approach for fluorescence imaging and reconstruction of transparent mouse brain
Hiroshi Hama, Hiroshi Kurokawa, Hiroyuki Kawano, Ryoko Ando, Tomomi Shimogori, Hisayori Noda, Kiyoko Fukami, Asako Sakaue-Sawano and Atsushi Miyawaki

2011年11月2日水曜日

時間蠅たちは一本の矢がお好き2

とにかく毎日忙しいですね。一日があっという間です。

論文11/2/11

Cell
Driving Opposing Behaviors with Ensembles of Piriform Neurons
G.B. Choi, D.D. Stettler, B.R. Kallman, S.T. Bhaskar, A. Fleischmann, and R. Axel

Dynamics of Retrieval Strategies for Remote Memories
I. Goshen, M. Brodsky, R. Prakash, J. Wallace, V. Gradinaru, C. Ramakrishnan, and K. Deisseroth

Nature Methods
Miniaturized integration of a fluorescence microscope
Kunal K Ghosh, Laurie D Burns, Eric D Cocker, Axel Nimmerjahn, Yaniv Ziv, Abbas El Gamal and Mark J Schnitzer

J. Neurosci
Dopaminergic Modulation of the Striatal Microcircuit: Receptor-Specific Configuration of Cell Assemblies Luis Carrillo-Reid, Salvador Hernández-López, Dagoberto Tapia, Elvira Galarraga, and José Bargas

Nature
Deep sequencing reveals 50 novel genes for recessive cognitive disorders Hossein Najmabadi, Hao Hu, Masoud Garshasbi, Tomasz Zemojtel, Seyedeh Sedigheh Abedini, Wei Chen et al.

Molecular organization of vomeronasal chemoreception Yoh Isogai, Sheng Si, Lorena Pont-Lezica, Taralyn Tan, Vikrant Kapoor, Venkatesh N. Murthy & Catherine Dulac

Neocortical excitation/inhibition balance in information processing and social dysfunction Ofer Yizhar, Lief E. Fenno, Matthias Prigge, Franziska Schneider, Thomas J. Davidson, Daniel J. O’Shea, Vikaas S. Sohal, Inbal Goshen, Joel Finkelstein, Jeanne T. Paz, Katja Stehfest, Roman Fudim, Charu Ramakrishnan, John R. Huguenard, Peter Hegemann & Karl Deisseroth

Diffraction-unlimited all-optical imaging and writing with a photochromic GFP Tim Grotjohann, Ilaria Testa, Marcel Leutenegger, Hannes Bock, Nicolai T. Urban, Flavie Lavoie-Cardinal, Katrin I. Willig, Christian Eggeling, Stefan Jakobs & Stefan W. Hell

Theta-paced flickering between place-cell maps in the hippocampus Karel Jezek, Espen J. Henriksen, Alessandro Treves, Edvard I. Moser & May-Britt Moser

Corridors of migrating neurons in the human brain and their decline during infancy Nader Sanai, Thuhien Nguyen, Rebecca A. Ihrie, Zaman Mirzadeh, Hui-Hsin Tsai, Michael Wong, Nalin Gupta, Mitchel S. Berger, Eric Huang, Jose-Manuel Garcia-Verdugo, David H. Rowitch & Arturo Alvarez-Buylla

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals Kerstin Lindblad-Toh, Manuel Garber, Or Zuk, Michael F. Lin, Brian J. Parker, Stefan Washietl et al.

Perception of sniff phase in mouse olfaction Matthew Smear, Roman Shusterman, Rodney O’Connor, Thomas Bozza & Dmitry Rinberg

Motor antagonism exposed by spatial segregation and timing of neurogenesis
Marco Tripodi, Anna E. Stepien & Silvia Arber

Verbal and non-verbal intelligence changes in the teenage brain Sue Ramsden, Fiona M. Richardson, Goulven Josse, Michael S. C. Thomas, Caroline Ellis, Clare Shakeshaft, Mohamed L. Seghier & Cathy J. Price

Spatio-temporal transcriptome of the human brain
Hyo Jung Kang, Yuka Imamura Kawasawa, Feng Cheng, Ying Zhu, Xuming Xu et al.

Grid cells without theta oscillations in the entorhinal cortex of bats
Michael M. Yartsev, Menno P. Witter & Nachum Ulanovsky

Somatic retrotransposition alters the genetic landscape of the human brain J. Kenneth Baillie, Mark W. Barnett, Kyle R. Upton, Daniel J. Gerhardt, Todd A. Richmond, Fioravante De Sapio, Paul Brennan, Patrizia Rizzu, Sarah Smith, Mark Fell, Richard T. Talbot, Stefano Gustincich, Thomas C. Freeman, John S. Mattick, David A. Hume, Peter Heutink, Piero Carninci, Jeffrey A. Jeddeloh & Geoffrey J. Faulkner

2011年11月1日火曜日

There is no place like home

軽井沢で1泊2日で行われた研究所のリトリートから帰ってきました。所内の知り合いもさらに増え、ポスター発表では有意義な議論もできて良かったです。こういう泊まり込みの会では、夜に皆で飲みながら話ができるところもいいですね。

こんなふうに楽しかったリトリートですが、それでも帰ってきて家族の顔をみると、やっぱり自分の家が一番と思うのでした。